PDB-3bzb: Crystal structure of uncharacterized protein CMQ451C from the pri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bzb

タイトル

Crystal structure of uncharacterized protein CMQ451C from the primitive red alga Cyanidioschyzon merolae

要素

Uncharacterized protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / uncharacterized protein / red alga / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG

機能・相同性

Lysine methyltransferase / Lysine methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / cytoplasm / Alpha Beta / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Cyanidioschyzon merolae (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.79 Å

データ登録者

McCoy, J.G. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein CMQ451C from the primitive red alga Cyanidioschyzon merolae.
著者: McCoy, J.G. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N.

履歴

登録	2008年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

Remark 999

SEQUENCE THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb3bzb.ent.gz	69.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/3bzb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/3bzb	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1hjj-d 5cs2-d 2bfk-2 3i78-d 2p8o-d 1hjl-d 1uhi-1 6tta-d 5zio-d 2p14-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.81400

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

62.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	103.783, 103.783, 105.385
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 31126.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cyanidioschyzon merolae (真核生物) 株: strain 10D / 遺伝子: CMQ451C / プラスミド: PVP16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: D0VWS8*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.26 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein solution (10 mg/mL Se-Met protein, 0.050 M Sodium chloride, 0.0003 M TCEP, 0.005 M MES pH 6.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (9% PEG 5000, 1.44 M Tetramethylammonium ...詳細: Protein solution (10 mg/mL Se-Met protein, 0.050 M Sodium chloride, 0.0003 M TCEP, 0.005 M MES pH 6.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (9% PEG 5000, 1.44 M Tetramethylammonium chloride, 0.10 M Triethanolamine pH 8.0 ). Cryoprotected with fomblin, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.26 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein solution (10 mg/mL Se-Met protein, 0.050 M Sodium chloride, 0.0003 M TCEP, 0.005 M MES pH 6.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (9% PEG 5000, 1.44 M Tetramethylammonium ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97927 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月8日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97927 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.79→46.554 Å / Num. obs: 16619 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 19.1 % / R_merge(I) obs: 0.126 / Χ²: 0.936 / Net I/σ(I): 11.232

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.79-2.9	10.1	0.705	1.487	1565	1.001	94.8
2.9-3.02	13.9	0.574		1640	0.903	99.3
3.02-3.15	17.9	0.479		1640	0.833	100
3.15-3.32	20.9	0.387		1638	0.818	100
3.32-3.53	21.6	0.248		1658	0.852	100
3.53-3.8	21.6	0.172		1655	0.917	100
3.8-4.18	21.5	0.12		1676	0.997	100
4.18-4.79	21.4	0.101		1671	1.001	100
4.79-6.03	21.2	0.091		1689	1.013	100
6.03-46.554	20.1	0.053		1787	1.028	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set

R cullis centric: 0 / 最高解像度: 4 Å / 最低解像度: 45.46 Å / Power centric: 0 / Reflection acentric: 4901

ID	R cullis acentric	Power acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	911
ANO_1	0.774	1.286	0

Phasing MAD set shell

R cullis centric: 0 / Power centric: 0

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	Power acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	15.96-45.46	0	0	60	51
ISO_1	11.65-15.96	0	0	105	45
ISO_1	9.61-11.65	0	0	147	52
ISO_1	8.37-9.61	0	0	174	52
ISO_1	7.52-8.37	0	0	194	47
ISO_1	6.88-7.52	0	0	224	55
ISO_1	6.38-6.88	0	0	243	47
ISO_1	5.97-6.38	0	0	261	53
ISO_1	5.64-5.97	0	0	282	47
ISO_1	5.35-5.64	0	0	303	47
ISO_1	5.1-5.35	0	0	308	55
ISO_1	4.89-5.1	0	0	333	56
ISO_1	4.7-4.89	0	0	347	49
ISO_1	4.53-4.7	0	0	355	46
ISO_1	4.38-4.53	0	0	372	58
ISO_1	4.24-4.38	0	0	394	49
ISO_1	4.12-4.24	0	0	400	48
ISO_1	4-4.12	0	0	399	54
ANO_1	15.96-45.46	0.487	2.666	60	0
ANO_1	11.65-15.96	0.578	2.462	105	0
ANO_1	9.61-11.65	0.663	2.104	147	0
ANO_1	8.37-9.61	0.635	1.997	174	0
ANO_1	7.52-8.37	0.598	2.121	194	0
ANO_1	6.88-7.52	0.574	2.159	224	0
ANO_1	6.38-6.88	0.631	1.878	243	0
ANO_1	5.97-6.38	0.595	1.817	261	0
ANO_1	5.64-5.97	0.718	1.376	282	0
ANO_1	5.35-5.64	0.782	1.225	303	0
ANO_1	5.1-5.35	0.787	1.111	308	0
ANO_1	4.89-5.1	0.837	0.97	333	0
ANO_1	4.7-4.89	0.879	0.816	347	0
ANO_1	4.53-4.7	0.944	0.716	355	0
ANO_1	4.38-4.53	0.929	0.644	372	0
ANO_1	4.24-4.38	0.963	0.513	394	0
ANO_1	4.12-4.24	0.964	0.455	400	0
ANO_1	4-4.12	0.973	0.366	399	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	4.938	85.875	7.141	SE	129.62	2.27
2	14.378	99.525	10.45	SE	130.24	2.29
3	4.842	57.741	1.786	SE	140.51	1.42
4	10.187	58.994	2.011	SE	150.72	1.36
5	27.027	4.527	13.268	SE	192.15	1.14

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 5802

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
9.3-100	72.1	0.523	501
7.31-9.3	66.5	0.828	509
6.35-7.31	66.7	0.819	509
5.75-6.35	68.7	0.82	503
5.32-5.75	66.1	0.823	505
5-5.32	69	0.819	501
4.74-5	68	0.872	510
4.53-4.74	68.7	0.849	510
4.35-4.53	73.6	0.852	504
4.2-4.35	73.9	0.799	501
4-4.2	79.7	0.682	749

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.79→46.554 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / WR_factor R_free: 0.275 / WR_factor R_work: 0.217 / SU B: 29.187 / SU ML: 0.259 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.546 / ESU R Free: 0.326 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.261	842	5.083 %	RANDOM
R_work	0.209	-	-	-
obs	0.212	16565	98.901 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.398 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.783 Å²	1.391 Å²	0 Å²
2-	-	2.783 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.174 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.79→46.554 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3014	0	0	13	3027

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	3079
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.191	1.955	4196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.166	5	379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.716	22.794	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.668	15	477
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.779	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	486
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2333
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1337
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	2027
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.153	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.07	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.381	1.5	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.715	2	3110
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.013	3	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.751	4.5	1086

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.79-2.863	0.317	55	0.357	1032	1222	88.953
2.863-2.941	0.418	69	0.333	1092	1189	97.645
2.941-3.026	0.355	76	0.28	1069	1150	99.565
3.026-3.119	0.218	49	0.247	1060	1114	99.551
3.119-3.221	0.253	57	0.238	1049	1109	99.729
3.221-3.334	0.308	58	0.218	984	1043	99.904
3.334-3.46	0.235	50	0.207	978	1030	99.806
3.46-3.601	0.21	49	0.194	939	988	100
3.601-3.761	0.225	55	0.192	878	933	100
3.761-3.944	0.231	46	0.186	850	896	100
3.944-4.157	0.176	43	0.192	837	881	99.886
4.157-4.409	0.221	40	0.18	760	800	100
4.409-4.712	0.222	46	0.143	735	781	100
4.712-5.089	0.216	24	0.16	696	720	100
5.089-5.573	0.249	27	0.207	641	668	100
5.573-6.227	0.386	26	0.229	583	609	100
6.227-7.185	0.366	34	0.238	516	550	100
7.185-8.786	0.266	16	0.194	449	465	100
8.786-12.366	0.215	11	0.177	361	372	100
12.366-46.554	0.355	11	0.337	214	229	98.253

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	15.466	4.0077	-4.033	6.309	6.9846	13.2849	-0.1896	-0.768	1.8711	1.5818	-0.0472	-0.0042	-1.3613	1.0468	0.2369	0.0772	-0.138	-0.1008	-0.0791	-0.0557	0.7785	34.1957	67.8513	-13.0905
2	15.5443	-3.4775	-4.2514	14.9473	-2.012	1.7824	0.3588	1.7308	2.1275	0.3532	-0.2008	-1.267	-2.3105	0.9028	-0.158	0.1996	-0.1166	0.1178	0.2629	0.4051	0.6164	31.8873	66.1336	-25.8257
3	4.1669	-3.1284	-1.0393	3.6508	1.8211	6.3801	0.2903	0.4584	1.195	-0.1862	-0.436	-0.2977	-0.6455	-0.2605	0.1456	0.0705	0.0552	0.0593	0.2493	0.2015	0.4687	23.3728	60.6505	-20.7744
4	7.9702	3.993	-3.867	29.474	2.912	6.6775	-0.3585	-0.8317	1.0935	1.0025	0.6148	-0.7765	-0.5334	0.5337	-0.2563	0.1604	0.108	-0.0281	0.3397	-0.0451	0.2087	23.587	56.4163	-9.183
5	5.8016	3.6747	-0.2104	6.1397	-5.2115	6.7723	-0.0588	0.2468	0.0459	0.083	-0.0811	0.757	-0.1587	0.091	0.1399	0.0968	0.1631	0.037	0.3799	0.0812	0.1931	20.5154	51.4492	-18.0095
6	17.5556	-3.995	-2.4232	7.4315	-3.3715	2.922	0.2776	0.7895	0.1199	-0.08	-0.121	0.4706	0.0697	-0.3656	-0.1566	0.1319	0.1511	0.0276	0.3823	-0.009	0.1145	20.5618	51.1431	-24.4947
7	6.4595	0.417	-4.1644	6.3867	-4.0218	4.8994	0.3943	0.8761	-0.8823	-0.3739	-0.2569	0.3464	0.5038	0.2677	-0.1374	0.0858	0.1767	0.0035	0.5864	-0.151	0.1693	28.0752	44.8384	-28.0302
8	12.8722	4.3251	4.6274	7.9735	2.7246	11.7254	0.9751	1.9596	1.0144	-0.7104	-0.7152	0.0162	-0.4392	0.0205	-0.2599	0.0619	0.1009	0.2361	0.624	0.3682	0.2255	28.666	55.968	-32.7346
9	7.6411	-10.028	-5.683	18.6201	0.931	12.0303	0.5994	2.1244	0.8835	-0.0765	-0.7285	-0.4482	1.8131	0.5711	0.1291	0.0396	0.1345	0.0399	0.9137	0.0143	0.2364	35.9812	45.2429	-34.3026
10	15.8	5.775	-0.9371	10.6371	5.8318	5.5781	0.1372	1.7064	1.4656	-1.6215	-0.2707	-0.3528	-1.2168	0.2009	0.1334	0.1491	0.1127	0.1547	0.8151	0.4508	0.3325	34.1911	56.0681	-35.0637
11	8.4824	-2.3103	1.1791	1.5224	-3.108	8.8594	-0.0505	-0.2661	-0.619	0.197	-0.1914	-0.3442	0.0117	0.7541	0.2419	0.1822	-0.0674	0.0209	0.3907	0.0043	0.2563	2.2566	61.5194	-25.4882
12	1.6272	0.7744	-0.6172	1.2001	1.5534	4.3367	0.1101	-0.2292	0.3556	-0.1014	-0.0546	0.2077	-0.6949	-0.1481	-0.0555	0.3281	-0.0172	0.0189	0.2456	-0.0219	0.2453	-7.1093	67.9815	-23.7235
13	4.3356	2.2005	-1.0698	4.4232	-5.2603	13.4962	-0.0446	-0.3357	0.0748	0.2177	0.2639	-0.2866	-0.3971	0.0805	-0.2193	0.0919	-0.0206	-0.0332	0.4369	-0.1512	0.1369	-5.9924	62.3916	-12.0822
14	15.4919	6.3127	-2.0839	8.2517	-0.6973	9.3881	0.3601	-1.1039	0.5322	0.4912	-0.1203	-0.2043	-0.6275	0.6753	-0.2397	0.1879	0.0761	-0.0331	0.403	0.0565	0.0421	-5.065	63.6412	-10.7746
15	6.1202	6.312	8.179	46.7336	-2.0882	13.6834	-0.6249	-0.9629	0.2893	1.3927	1.1132	0.5674	-1.6087	-0.363	-0.4884	0.3434	0.1449	0.2266	1.0723	-0.2367	0.3365	-17.8063	67.4473	-6.2906
16	1.7355	2.4092	0.0133	6.1749	-3.9646	6.8257	-0.1175	-0.3088	-0.0983	-0.0355	0.2551	0.543	0.1744	-0.6286	-0.1375	0.0589	-0.0066	-0.0087	0.4846	-0.005	0.2125	-18.7591	58.1437	-19.2841
17	11.6385	3.7423	1.4269	2.7067	2.4065	20.1711	-0.184	-0.297	1.6874	0.5866	0.0917	0.7772	-1.8627	-1.1637	0.0923	0.0772	0.2468	0.0931	0.4155	-0.0506	0.4377	-23.8279	70.6761	-17.6451
18	4.1972	-2.9938	-4.2272	4.5002	6.6398	11.3613	-0.4577	-0.0681	-0.4512	-0.2804	0.3719	0.345	0.5318	-0.3797	0.0859	0.2137	-0.0742	-0.0504	0.3568	0.1034	0.2668	-18.3916	54.9664	-30.7685
19	16.4671	4.0527	-10.9352	4.5198	0.3268	12.9043	-0.0923	0.5355	0.1211	-0.2659	0.3029	0.4317	-0.4856	-0.7223	-0.2106	0.1788	0.0416	-0.0882	0.3833	0.1296	0.1364	-20.2406	61.0285	-30.7806
20	25.8048	-5.6184	-10.0059	3.1361	2.0642	4.2713	0.0704	0.1509	0.8932	-0.5643	0.154	0.4519	-0.5828	-0.5381	-0.2244	0.21	0.0361	-0.0828	0.371	0.1248	0.2354	-19.5586	63.1468	-29.7774

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	29 - 50	29 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	62 - 80	62 - 80
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	81 - 109	81 - 109
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	110 - 128	110 - 128
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	139 - 149	139 - 149
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	150 - 174	150 - 174
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	175 - 192	175 - 192
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	193 - 207	193 - 207
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	216 - 228	216 - 228
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	229 - 265	229 - 265
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	29 - 67	29 - 67
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	68 - 97	68 - 97
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	98 - 119	98 - 119
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	120 - 148	120 - 148
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	149 - 162	149 - 162
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	163 - 185	163 - 185
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	186 - 196	186 - 196
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	197 - 221	197 - 221
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	222 - 240	222 - 240
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	256 - 265	256 - 265

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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