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- PDB-3bzb: Crystal structure of uncharacterized protein CMQ451C from the pri... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3bzb | ||||||
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Title | Crystal structure of uncharacterized protein CMQ451C from the primitive red alga Cyanidioschyzon merolae | ||||||
![]() | Uncharacterized protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / uncharacterized protein / red alga / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG | ||||||
Function / homology | Lysine methyltransferase / Lysine methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McCoy, J.G. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of uncharacterized protein CMQ451C from the primitive red alga Cyanidioschyzon merolae. Authors: McCoy, J.G. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
History |
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Remark 999 | SEQUENCE THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE ...SEQUENCE THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 87.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 70.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 431.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 436.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 20.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 31126.635 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Protein solution (10 mg/mL Se-Met protein, 0.050 M Sodium chloride, 0.0003 M TCEP, 0.005 M MES pH 6.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (9% PEG 5000, 1.44 M Tetramethylammonium ...Details: Protein solution (10 mg/mL Se-Met protein, 0.050 M Sodium chloride, 0.0003 M TCEP, 0.005 M MES pH 6.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (9% PEG 5000, 1.44 M Tetramethylammonium chloride, 0.10 M Triethanolamine pH 8.0 ). Cryoprotected with fomblin, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 8, 2007 / Details: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) Double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97927 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.79→46.554 Å / Num. obs: 16619 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 19.1 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Χ2: 0.936 / Net I/σ(I): 11.232 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set | R cullis centric: 0 / Highest resolution: 4 Å / Lowest resolution: 45.46 Å / Power centric: 0 / Reflection acentric: 4901
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Phasing MAD set shell | R cullis centric: 0 / Power centric: 0
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 5802 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.398 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.79→46.554 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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