PDB-4ptn: Crystal Structure of YagE, a KDG aldolase protein in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ptn

タイトル

Crystal Structure of YagE, a KDG aldolase protein in complex with Magnesium cation coordinated L-glyceraldehyde

要素

Probable 2-keto-3-deoxy-galactonate aldolase YagE

キーワード

LYASE / tim barrel / NAL superfamily / Aldolase class I / Metal coordination / STEREOSPECIFICITY

機能・相同性

機能・相同性情報

2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase / aldonic acid catabolic process / 2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase activity / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Manoj Kumar, P. / Baskar, V. / Manicka, S. / Krishnaswamy, S.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of YagE, a putative DHDPS-like protein from Escherichia coli K12.
著者: Manicka, S. / Peleg, Y. / Unger, T. / Albeck, S. / Dym, O. / Greenblatt, H.M. / Bourenkov, G. / Lamzin, V. / Krishnaswamy, S. / Sussman, J.L.

履歴

登録	2014年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月8日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 3.0	2023年11月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ptn.cif.gz	247.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ptn.ent.gz	197.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ptn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ptn_validation.pdf.gz	514.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ptn_full_validation.pdf.gz	524.8 KB	表示
XML形式データ	4ptn_validation.xml.gz	48.7 KB	表示
CIF形式データ	4ptn_validation.cif.gz	69.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/4ptn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/4ptn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2v8zC 2v9dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4oe7-d 3n2x-d 4u4m-d 4onv-d 3nev-d 2v9d-d 2v8z-d 3eb2-d 6rb7-d 3s5n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable 2-keto-3-deoxy-galactonate aldolase YagE

B: Probable 2-keto-3-deoxy-galactonate aldolase YagE

C: Probable 2-keto-3-deoxy-galactonate aldolase YagE

D: Probable 2-keto-3-deoxy-galactonate aldolase YagE

ヘテロ分子

149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.200, 155.070, 55.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-597- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 12 - 309 / Label seq-ID: 30 - 327

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質	Probable 2-keto-3-deoxy-galactonate aldolase YagE / Probable KDGal aldolase YagE 分子量: 37013.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0268, JW0261, yagE / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P75682, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離
#3: 糖	ChemComp-GXV / L-glyceraldehyde / Glyceraldehyde / (2S)-2,3-dihydroxypropanal / L-グリセルアルデヒドタイプ: L-saccharide / 分子量: 90.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆O₃

#1: タンパク質

Probable 2-keto-3-deoxy-galactonate aldolase YagE / Probable KDGal aldolase YagE

分子量: 37013.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0268, JW0261, yagE / プラスミド: pET28A / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P75682, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離

#3: 糖

ChemComp-GXV / L-glyceraldehyde / Glyceraldehyde / (2S)-2,3-dihydroxypropanal / L-グリセルアルデヒド

タイプ: L-saccharide / 分子量: 90.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆O₃

-
非ポリマー , 5種, 543分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.95 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6.5 詳細: 15%PEG 3350, 100mM Hepes pH 6.5, 200mM MgCl2, Microbatch under oil, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.976 Å

検出器

検出器: CCD / 日付: 2012年5月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.99→48.94 Å / Num. obs: 83868 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 18.14

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.99-2.04		0.531	4.13	1	89.4
2.04-2.09		0.435	5.79	1	99.7
2.09-2.16		0.359	6.91	1	99.7
2.16-2.22		0.296	8.05	1	99.7
2.22-2.29		0.255	9.16	1	99.7
2.29-2.38		0.215	10.58	1	99.9
2.38-2.47		0.179	12.14	1	99.7
2.47-2.57		0.149	14.05	1	99.9
2.57-2.68		0.13	15.73	1	99.9
2.68-2.81		0.121	16.57	1	99.8
2.81-2.96		0.102	18.94	1	99.7
2.96-3.14		0.08	22.68	1	99.9
3.14-3.36		0.062	27.81	1	99.8
3.36-3.63		0.049	33.28	1	99.8
3.63-3.97		0.043	36.83	1	99.7
3.97-4.44		0.037	40.92	1	99.7
4.44-5.13		0.034	42.02	1	99.9
5.13-6.28		0.038	37.05	1	99.9
6.28-8.89		0.029	42.74	1	99.9
	8.89	0.021	48.89	1	98.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	8.22 Å	48.94 Å
Translation	8.22 Å	48.94 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.99→48.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 3.242 / SU ML: 0.091 / SU R Cruickshank DPI: 0.1726 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20332	4194	5 %	RANDOM
R_work	0.17438	-	-	-
obs	0.17583	79674	99.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.539 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.2 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.3 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→48.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9043	0	90	525	9658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	9357
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	9134
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.761	1.975	12696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.348	3	20984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.16	5	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.926	24.392	378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.083	15	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.864	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	10564
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	2050
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.347	1.491	4768
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.346	1.491	4767
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.852	2.227	5954
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.252	1.745	4589
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	18658	0.09
1	2	B	18658	0.09
2	1	A	19121	0.06
2	2	C	19121	0.06
3	1	A	18616	0.09
3	2	D	18616	0.09
4	1	B	18726	0.09
4	2	C	18726	0.09
5	1	B	19023	0.07
5	2	D	19023	0.07
6	1	C	18741	0.08
6	2	D	18741	0.08

LS精密化シェル

解像度: 1.987→2.039 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	276	-
R_work	0.233	5241	-
obs	-	-	89.55 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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