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- PDB-3s5n: Crystal Structure of Human 4-hydroxy-2-oxoglutarate Aldolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s5n
タイトルCrystal Structure of Human 4-hydroxy-2-oxoglutarate Aldolase
要素4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase, mitochondrial4-ヒドロキシ-2-オキソグルタル酸アルドラーゼ
キーワードLYASE (リアーゼ) / aldolase / beta barrel (Βバレル) / hydroxyproline metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxyproline catabolic process / (4S)-4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / 4-ヒドロキシ-2-オキソグルタル酸アルドラーゼ / 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / oxalate metabolic process / glyoxylate metabolic process / N-acetylneuraminate lyase activity / pyruvate biosynthetic process / glyoxylate catabolic process / N-acetylneuraminate catabolic process ...4-hydroxyproline catabolic process / (4S)-4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / 4-ヒドロキシ-2-オキソグルタル酸アルドラーゼ / 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / oxalate metabolic process / glyoxylate metabolic process / N-acetylneuraminate lyase activity / pyruvate biosynthetic process / glyoxylate catabolic process / N-acetylneuraminate catabolic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / ミトコンドリアマトリックス / protein homodimerization activity / ミトコンドリア
類似検索 - 分子機能
Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Riedel, T.J. / Lowther, W.T.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structural and Biochemical Studies of Human 4-hydroxy-2-oxoglutarate Aldolase: Implications for Hydroxyproline Metabolism in Primary Hyperoxaluria.
著者: Riedel, T.J. / Johnson, L.C. / Knight, J. / Hantgan, R.R. / Holmes, R.P. / Lowther, W.T.
履歴
登録2011年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0889
ポリマ－32,6531
非ポリマー4348
水84747
1
A: 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,35236
ポリマ－130,6144
非ポリマー1,73832
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation9_554-x,-x+y,-z-1/31
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/31
Buried area15620 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area39200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.143, 142.143, 108.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase, mitochondrial / 4-ヒドロキシ-2-オキソグルタル酸アルドラーゼ / Dihydrodipicolinate synthase-like / DHDPS-like protein / 2-keto-4-hydroxyglutarate aldolase / KHG- ...Dihydrodipicolinate synthase-like / DHDPS-like protein / 2-keto-4-hydroxyglutarate aldolase / KHG-aldolase / Protein 569272


分子量: 32653.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C10orf65, DHDPSL, HOGA1 / プラスミド: pET151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q86XE5, 4-ヒドロキシ-2-オキソグルタル酸アルドラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 3350, KSCN, Bis tris Propane, TCEP, Ethelyene glycol, pH 8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→59.38 Å / Num. obs: 22814 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 41.3 % / Net I/σ(I): 28.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.267 / Mean I/σ(I) obs: 11.4 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 31.6 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å49.48 Å
Translation2.5 Å49.48 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER2.1.1位相決定
REFMAC5.5.0063精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→46.524 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 5.657 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.1 / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2458 1170 5.1 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.2136 22814 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.8 Å2 / Biso mean: 42.4164 Å2 / Biso min: 27.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.78 Å2-0.39 Å20 Å2
2---0.78 Å20 Å2
3---1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.524 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2231 0 26 47 2304
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222298
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4331.973112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6955294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.78523.58792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.61915366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1071515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211730
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5861.51464
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.16422354
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.033834
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4234.5758
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 88 -
Rwork0.308 1571 -
all-1659 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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