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万見
- PDB-4pqk: C-Terminal domain of DNA binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pqk
タイトルC-Terminal domain of DNA binding protein
要素Maltose ABC transporter periplasmic protein, Truncated replication protein RepA
キーワードDNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / membrane
類似検索 - 分子機能
Replication initiator protein A, C-terminal domain / Replication initiator protein A C-terminal domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotriose / Truncated replication protein RepA / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.401 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Chinnam, N. / Tonthat, N.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Mechanism of staphylococcal multiresistance plasmid replication origin assembly by the RepA protein.
著者: Schumacher, M.A. / Tonthat, N.K. / Kwong, S.M. / Chinnam, N.B. / Liu, M.A. / Skurray, R.A. / Firth, N.
履歴
登録2014年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose ABC transporter periplasmic protein, Truncated replication protein RepA
B: Maltose ABC transporter periplasmic protein, Truncated replication protein RepA
C: Maltose ABC transporter periplasmic protein, Truncated replication protein RepA
D: Maltose ABC transporter periplasmic protein, Truncated replication protein RepA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,8688
ポリマ－219,8504
非ポリマー2,0184
水00
1
A: Maltose ABC transporter periplasmic protein, Truncated replication protein RepA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4672
ポリマ－54,9631
非ポリマー5041
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Maltose ABC transporter periplasmic protein, Truncated replication protein RepA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4672
ポリマ－54,9631
非ポリマー5041
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Maltose ABC transporter periplasmic protein, Truncated replication protein RepA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4672
ポリマ－54,9631
非ポリマー5041
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Maltose ABC transporter periplasmic protein, Truncated replication protein RepA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4672
ポリマ－54,9631
非ポリマー5041
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.220, 93.668, 100.806
Angle α, β, γ (deg.)107.67, 108.30, 84.93
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Maltose ABC transporter periplasmic protein, Truncated replication protein RepA


分子量: 54962.527 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 71-191 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: K-12 substr. MC4100 / 遺伝子: malE, BN896_3748 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: U6NJU2, UniProt: B1B3N6, UniProt: P0AEX9*PLUS
#2: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotriose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 8000, 0.1 M MES pH 6.5 and 0.2 Calcium Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. all: 28157 / Num. obs: 28157 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 73.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Χ2: 0.521 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.4-3.462.10.24112460.677187
3.46-3.522.10.22813510.598188.4
3.52-3.592.10.21713370.556190.2
3.59-3.662.10.213390.605191.6
3.66-3.742.10.20214330.637194.6
3.74-3.832.20.18613850.605195.7
3.83-3.922.20.18914550.596196.4
3.92-4.032.30.17714420.596197.2
4.03-4.152.30.16914370.592196.8
4.15-4.282.30.1614890.667197.6
4.28-4.442.30.16214130.57197.9
4.44-4.612.40.14514400.557197.4
4.61-4.822.40.13514170.547195.9
4.82-5.082.50.12614590.542196.4
5.08-5.42.50.11414240.474196.2
5.4-5.812.50.10714290.507196.4
5.81-6.42.50.09514270.46195.5
6.4-7.322.60.08214080.383195.2
7.32-9.212.70.06314180.307195.4
9.21-502.80.05714080.252195.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.401→46.625 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7431 / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 33.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2754 1963 10.01 %
Rwork0.237 --
obs0.2409 19619 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 162.74 Å2 / Biso mean: 69.4185 Å2 / Biso min: 25.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.401→46.625 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14740 0 136 0 14876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00915214
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21520664
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0552318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072649
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4685478
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4008-3.48580.364320.258328731915
3.4858-3.580.3575500.239645150124
3.58-3.68530.3396700.241962369334
3.6853-3.80420.3042870.2279388042
3.8042-3.94010.25121090.2438970107952
3.9401-4.09780.27911290.23041169129862
4.0978-4.28420.25741470.23571320146769
4.2842-4.50990.27961620.22911462162478
4.5099-4.79220.26941830.21491637182087
4.7922-5.16170.29331930.22641742193594
5.1617-5.68040.2712000.23521794199495
5.6804-6.50040.271990.25711800199996
6.5004-8.18260.27352010.25351802200396
8.1826-46.6290.26322010.23781806200796

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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