PDB-4pql: N-Terminal domain of DNA binding protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pql

タイトル

N-Terminal domain of DNA binding protein

要素

Truncated replication protein RepA

キーワード

DNA BINDING PROTEIN

機能・相同性

Replication initiator A, N-terminal / Replication initiator protein A (RepA) N-terminus / Truncated replication protein RepA

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.444 Å

データ登録者

Schumacher, M.A. / Chinnam, N. / Tonthat, N.K.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Mechanism of staphylococcal multiresistance plasmid replication origin assembly by the RepA protein.
著者: Schumacher, M.A. / Tonthat, N.K. / Kwong, S.M. / Chinnam, N.B. / Liu, M.A. / Skurray, R.A. / Firth, N.

履歴

登録	2014年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月23日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pql.cif.gz	126.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pql.ent.gz	100.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pql.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/4pql ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/4pql	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pqkC 4pt7C 4ptaC 5kbjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5kbj-2 5wgy-d 5wgr-d 3jv3-d 5wgs-d 6m01-d 5wgt-d 3mt5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Truncated replication protein RepA

B: Truncated replication protein RepA

ヘテロ分子

32.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Truncated replication protein RepA

B: Truncated replication protein RepA

ヘテロ分子

A: Truncated replication protein RepA

B: Truncated replication protein RepA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.048, 68.968, 86.145
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Truncated replication protein RepA 分子量: 15803.173 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 2-132 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: CA347_2788 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1B3N7
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1 M Sodium citrate tribasic and 100 mM Sodium cacodylate/ Hydrochloric acid, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.44→50 Å / Num. all: 10776 / Num. obs: 10776 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 41.96 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / Χ²: 0.963 / Net I/σ(I): 12

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.44-2.48	3.5	0.319	423	0.747	1	73.2
2.48-2.53	3.6	0.354	429	0.725	1	78
2.53-2.58	3.6	0.324	466	0.718	1	81.9
2.58-2.63	3.8	0.333	510	0.745	1	88.7
2.63-2.69	3.7	0.292	525	0.787	1	94.1
2.69-2.75	3.6	0.301	564	0.784	1	97.4
2.75-2.82	3.7	0.216	540	0.772	1	99.4
2.82-2.89	3.7	0.183	556	0.892	1	98.1
2.89-2.98	3.7	0.165	568	0.893	1	98.6
2.98-3.07	3.7	0.131	552	0.97	1	98.6
3.07-3.18	3.7	0.104	565	0.938	1	97.9
3.18-3.31	3.7	0.095	567	1.034	1	97.4
3.31-3.46	3.7	0.074	553	1.031	1	97.4
3.46-3.64	3.7	0.054	552	1.085	1	97
3.64-3.87	3.7	0.043	561	1.057	1	96.7
3.87-4.17	3.8	0.033	564	1.08	1	96.2
4.17-4.59	3.7	0.029	556	1.069	1	94.6
4.59-5.25	3.7	0.033	566	1.087	1	95.3
5.25-6.62	3.7	0.038	567	1.187	1	94
6.62-50	3.5	0.029	592	1.429	1	90

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.444→43.275 Å / FOM work R set: 0.785 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2632	1076	10.01 %
R_work	0.2028	-	-
obs	0.2088	10754	93.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.31 Å² / B_iso mean: 52.42 Å² / B_iso min: 24.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.444→43.275 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2213	0	60	46	2319

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2296
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.101	3052
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	325
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	386
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.586	911

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4444-2.5556	0.2957	106	0.2497	957	1063	76
2.5556-2.6903	0.3004	127	0.257	1137	1264	89
2.6903-2.8589	0.3175	139	0.2666	1250	1389	98
2.8589-3.0795	0.3119	140	0.2403	1259	1399	99
3.0795-3.3893	0.2978	140	0.2205	1270	1410	98
3.3893-3.8795	0.2572	140	0.1967	1253	1393	97
3.8795-4.8867	0.203	140	0.1612	1259	1399	96
4.8867-43.2815	0.2588	144	0.1882	1293	1437	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0261	1.5874	1.0587	1.7063	-1.8312	6.7915	0.2547	-0.2925	0.0402	0.5018	0.3974	1.294	0.5668	-0.3536	-0.5515	0.4548	-0.036	-0.0003	0.3569	0.0595	0.5829	-12.1218	35.2389	20.0116
2	7.8201	1.9397	1.7108	9	0.2236	7.3839	-0.4391	-0.7028	-0.3198	0.2196	1.0564	-0.7308	0.2517	0.6181	-0.7244	0.3758	0.0574	-0.0455	0.3489	-0.0792	0.4611	-8.2671	27.1219	10.8039
3	1.3881	0.5191	-1.172	1.593	-0.6251	1.5888	-0.0494	-0.099	0.0214	-0.1048	0.035	0.0356	0.0519	-0.0334	-0.0289	0.3328	0.0687	0.0209	0.3246	-0.0279	0.3454	-13.5901	23.6685	-9.9006
4	2.1375	-0.0544	0.1902	2.2532	0.8691	1.9374	-0.0942	-0.1474	-0.1102	-0.2841	-0.2135	-0.2935	-0.1228	0.3935	0.3574	0.3225	0.0218	0.0928	0.5427	-0.0393	0.4361	0.2848	32.5599	-16.7136
5	2.8655	-0.0429	-0.8417	3.6341	-1.4299	3.9155	0.0121	0.0429	-0.2775	-0.7917	-0.3284	-0.886	0.7596	1.0429	-0.1156	0.4018	0.0455	0.0183	0.443	0.0194	0.498	0.0726	15.3267	-11.0374
6	4.1956	-1.0759	-0.9716	1.3628	0.1118	1.55	0.3067	0.5633	-0.0463	-0.0208	-0.0323	-0.2662	-0.0283	0.3262	-0.2104	0.493	0.0043	0.0307	0.4529	-0.2087	0.4344	-7.7605	14.4227	-19.352
7	3.1548	0.8491	-1.0805	3.8509	-1.2698	3.124	-0.3228	0.5772	-0.5127	-0.2474	0.4237	0.1289	0.8663	0.2581	-0.5667	0.5058	0.0043	0.063	0.5205	-0.096	0.3329	-8.3598	24.5877	-22.4046
8	1.5209	-0.9708	-1.3491	1.0082	0.0839	2.5263	0.1957	0.8475	-0.4578	0.54	0.3794	0.4602	-0.2004	2.3044	-0.2378	0.8973	-0.0569	0.148	1.508	-0.2138	0.8219	6.9168	25.8073	-25.7523
9	4.1454	1.3885	-0.1395	0.7336	-0.603	1.317	0.144	0.2217	0.385	0.1472	-0.0594	0.1864	-0.0042	0.0507	-0.0967	0.3408	-0.0445	-0.0034	0.298	-0.0227	0.2705	-12.3513	29.1646	-18.706
10	5.3755	0.621	0.358	4.446	0.1512	4.3926	-0.3228	0.4553	-0.2788	-0.3294	-0.0911	1.862	-0.3761	-1.8723	0.2939	0.4067	0.0647	-0.0393	0.7673	-0.0332	0.7402	-31.5618	28.1849	-11.7456
11	1.742	-1.4198	1.0469	2.643	0.8265	2.4851	-0.2228	-0.2642	0.2527	-0.3683	-0.0109	0.9064	0.2741	0.5086	0.3296	0.6508	0.0155	-0.0178	0.9217	-0.105	0.8211	-38.1715	26.8589	1.1925
12	1.4278	-1.4705	-0.1238	2.6433	-1.4844	1.0704	0.0174	-0.1591	0.1296	-0.3473	-0.0589	-0.0842	0.1519	-0.0756	0.1962	0.4066	0.0236	-0.0058	0.3888	-0.0168	0.4098	-18.0959	31.5896	-7.3115
13	3.7343	0.3067	-0.1476	2.4891	0.2993	3.2528	-0.0589	-0.0299	-0.1845	-0.0177	-0.0486	0.2168	0.6036	-0.1398	0.1295	0.4792	-0.0673	0.0442	0.2837	0.0163	0.3946	-25.3619	15.7707	4.6352
14	3.0555	0.6457	2.4735	8.2508	-0.9242	4.9161	0.1938	0.3972	-1.259	-0.4465	0.5051	1.6055	2.1377	-0.8768	-0.6855	0.8407	-0.1734	-0.029	0.754	0.0715	0.7395	-38.2229	9.7189	11.8918
15	4.9444	0.0538	-0.5766	0.8329	-0.3003	1.5486	0.4557	-0.4978	0.8557	0.2116	-0.2399	-0.1304	0.0437	0.3012	-0.2028	0.2537	-0.0052	-0.0109	0.3307	0.0015	0.3429	-19.2919	18.6269	11.5488
16	3.4619	0.5651	-3.1816	2.8646	-2.266	6.418	0.4222	-0.7774	-0.7227	0.3255	-0.9157	-0.3196	-0.784	1.2489	0.7163	0.4218	-0.0364	-0.0156	0.7754	0.0452	0.6286	1.7449	24.1755	2.1391

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 7 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 8 through 13 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 14 through 52 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 53 through 67 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 68 through 78 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 79 through 91 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 92 through 98 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 99 through 106 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 107 through 116 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 117 through 127 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 128 through 132 )	A
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 3 through 25 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 26 through 98 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 99 through 106 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 107 through 116 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 117 through 132 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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