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万見
- PDB-4pi8: Crystal structure of catalytic mutant E138A of S. Aureus Autolysi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pi8
タイトルCrystal structure of catalytic mutant E138A of S. Aureus Autolysin E in complex with disaccharide NAG-NAM
要素Autolysin E
キーワードHYDROLASE / autolysin / peptidoglycan / glycosidase
機能・相同性Lysozyme subfamily 2 / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase-like domain / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / amidase activity / membrane => GO:0016020 / extracellular region / membrane / Autolysin E (1e-98,63%,84%,258-258) / Autolysin E (1e-98,63%,84%,258-258)
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Mihelic, M. / Renko, M. / Jakas, A. / Turk, D.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2017
タイトル: The mechanism behind the selection of two different cleavage sites in NAG-NAM polymers
著者: Mihelic, M. / Vlahovicek-Kahlina, K. / Renko, M. / Mesnage, S. / Dobersek, A. / Taler-Vercic, A. / Jakas, A. / Turk, D.
履歴
登録2014年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autolysin E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,09917
ポリマ－26,0101
非ポリマー1,08916
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area10940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.011, 69.720, 73.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Autolysin E


分子量: 26010.244 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 35-258 / 変異: E138A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: SAV2307 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q99RW6, UniProt: A0A0H3JT72*PLUS
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 496.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4MurNAc1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O_3*OC^RCO/4=O/3C][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O2>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2 M (NH4)2SO4, 2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月24日
放射モノクロメーター: Si111-DCM with sagital bender / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
Reflection数: 312334 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Χ2: 1.04 / D res high: 1.39 Å / Num. obs: 91609 / % possible obs: 99.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
2.944.15620910.019
2.42.94798810.024
2.082.4954410.031
1.862.081081810.049
1.71.861191210.091
1.581.71301210.156
1.471.581393210.27
1.391.471476810.477
反射解像度: 1.39→38.4 Å / Num. obs: 48332 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 23.374 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0344 / Rrim(I) all: 0.038 / Χ2: 1.042 / Net I/σ(I): 26.9 / Num. measured all: 312334
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.39-1.446.50.8390.592735034414864147680.56799.69
1.47-1.580.9320.274.184568513995139320.32299.5
1.58-1.70.9760.1567.284539313028130120.18599.9
1.7-1.860.9910.09111.573976211955119120.10899.6
1.86-2.080.9970.04921.023794710852108180.05899.7
2.08-2.40.9990.03132.3832410959495440.03799.5
2.4-2.940.9990.02443.6628367803479880.02999.4
2.94-4.150.9990.01955.7720706627162090.02299
4.150.9990.01762.4411720345234260.0299.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
REFMAC5.8.0069精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.39→38.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / WRfactor Rfree: 0.1771 / WRfactor Rwork: 0.1517 / FOM work R set: 0.8923 / SU B: 0.877 / SU ML: 0.035 / SU R Cruickshank DPI: 0.0515 / SU Rfree: 0.0536 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1755 2417 5 %RANDOM
Rwork0.152 45915 --
obs0.1532 48332 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.69 Å2 / Biso mean: 22.531 Å2 / Biso min: 10.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.24 Å20 Å2-0 Å2
2---0.83 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.39→38.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1789 0 53 256 2098
Biso mean--21.38 34.39 -
残基数----222
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0191915
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9021.9682578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92334207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0945232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.44425.5198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.37615368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.387158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022165
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02441
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9811.919898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9541.917897
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0792.8681122
LS精密化 シェル解像度: 1.39→1.426 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 176 -
Rwork0.247 3340 -
all-3516 -
obs--99.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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