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- PDB-4pf5: Crystal structure of Concanavalin A complexed with a synthetic de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pf5
タイトルCrystal structure of Concanavalin A complexed with a synthetic derivative of high-mannose chain
要素Concanavalin-A
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / High mannose
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-M3N / : / Concanavalin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Lafite, P. / Daniellou, R.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2015
タイトル: Synthesis of High-Mannose Oligosaccharide Analogues through Click Chemistry: True Functional Mimics of Their Natural Counterparts Against Lectins?
著者: Francois-Heude, M. / Mendez-Ardoy, A. / Cendret, V. / Lafite, P. / Daniellou, R. / Ortiz Mellet, C. / Garcia Fernandez, J.M. / Moreau, V. / Djedaini-Pilard, F.
履歴
登録2014年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / diffrn_radiation_wavelength ...chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Concanavalin-A
B: Concanavalin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,11110
ポリマ－51,2452
非ポリマー8668
水4,125229
1
A: Concanavalin-A
B: Concanavalin-A
ヘテロ分子

A: Concanavalin-A
B: Concanavalin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,22220
ポリマ－102,4904
非ポリマー1,73316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_444x-y-1/3,-y-2/3,-z-2/31
Buried area9860 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area33670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.901, 125.901, 181.972
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細Homo-4-mer

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要素

#1: タンパク質 Concanavalin-A / Con A


分子量: 25622.385 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 164-281, 30-148 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P02866
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 糖 ChemComp-M3N / 4-(hydroxymethyl)-1-(alpha-D-mannopyranosyl)-1H-1,2,3-triazole / 4-(hydroxymethyl)-1-(alpha-D-mannosyl)-1H-1,2,3-triazole / 4-(hydroxymethyl)-1-(D-mannosyl)-1H-1,2,3-triazole / 4-(hydroxymethyl)-1-(mannosyl)-1H-1,2,3-triazole


タイプ: D-saccharide / 分子量: 261.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N3O6
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Sodium Acetate, 1,4-dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→93.529 Å / Num. all: 35512 / Num. obs: 35512 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 29.12 Å2 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.176 / Rsym value: 0.166 / Net I/av σ(I): 2.791 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 316169
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.04-2.158.90.5941.24593851480.2110.5943.1100
2.15-2.288.80.4191.74273248480.150.4194.2100
2.28-2.449.10.371.94146645800.1310.375.3100
2.44-2.6390.3182.13828642680.1120.3186.6100
2.63-2.8890.2412.63530739290.0850.2418.3100
2.88-3.238.90.1723.63179835670.0610.17210.8100
3.23-3.728.90.1384.22820731670.0490.13813.4100
3.72-4.568.80.1214.42376626880.0430.12115.2100
4.56-6.458.80.1144.41857721110.0410.11415.3100
6.45-46.7658.40.1024.71009212060.0380.10214.599.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.04→41.985 Å / FOM work R set: 0.8359 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 1998 5.63 %
Rwork0.1781 33492 -
obs0.1808 35490 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.56 Å2 / Biso mean: 34.12 Å2 / Biso min: 16.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→41.985 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3611 0 48 229 3888
Biso mean--38.05 38.4 -
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083755
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2125123
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055592
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005658
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3371307
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.04-2.0910.28911400.210323602500
2.091-2.14760.27051420.221123812523
2.1476-2.21080.28781410.223823702511
2.2108-2.28210.25191420.20623612503
2.2821-2.36370.23231420.195823842526
2.3637-2.45830.2671410.200123602501
2.4583-2.57020.26671420.196923782520
2.5702-2.70560.2431420.191723842526
2.7056-2.87510.23391440.195223942538
2.8751-3.09710.2241400.181523672507
3.0971-3.40860.25491440.18124042548
3.4086-3.90150.2271440.16323982542
3.9015-4.91430.16731450.142424392584
4.9143-41.99390.20251490.166925122661

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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