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- PDB-4pem: Crystal Structure of S1G mutant of Penicillin G Acylase from Kluy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pem
タイトルCrystal Structure of S1G mutant of Penicillin G Acylase from Kluyvera citrophila
要素
  • Penicillin G acylase Alpha
  • Penicillin G acylase Beta
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Ntn Hydrolase / PGA / Slow processing Mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / antibiotic biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Penicillin G acylase, C-terminal / Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 ...Penicillin G acylase, C-terminal / Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob / Penicillin amidase type, A-knob / ペニシリンアミダーゼ / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin G acylase
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyvera cryocrescens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ramasamy, S. / Varshney, N.K. / Brannigan, J.A. / Wilkinson, A.J. / Suresh, C.G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of S1G mutant of Penicillin G Acylase from Kluyvera citrophilla
著者: Varshney, N.K. / Ramasamy, S. / Brannigan, J.A. / Wilkinson, A.J. / Suresh, C.G.
履歴
登録2014年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Penicillin G acylase Alpha
B: Penicillin G acylase Beta
C: Penicillin G acylase Alpha
D: Penicillin G acylase Beta
E: Penicillin G acylase Alpha
F: Penicillin G acylase Beta
G: Penicillin G acylase Alpha
H: Penicillin G acylase Beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)379,8419
ポリマ－379,8018
非ポリマー401
水7,710428
1
A: Penicillin G acylase Alpha
B: Penicillin G acylase Beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9903
ポリマ－94,9502
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16170 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area29690 Å2
手法PISA
2
C: Penicillin G acylase Alpha
D: Penicillin G acylase Beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9502
ポリマ－94,9502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16090 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area29720 Å2
手法PISA
3
E: Penicillin G acylase Alpha
F: Penicillin G acylase Beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9502
ポリマ－94,9502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16180 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area29680 Å2
手法PISA
4
G: Penicillin G acylase Alpha
H: Penicillin G acylase Beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9502
ポリマ－94,9502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16110 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area29690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.000, 124.561, 135.139
Angle α, β, γ (deg.)104.05, 101.37, 96.51
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13A
23G
14B
24D
15B
25F
16B
26H
17C
27E
18C
28G
19D
29F
110D
210H
111E
211G
112F
212H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROTYRTYRAA3 - 26029 - 286
21PROPROTYRTYRCC3 - 26029 - 286
12PROPROTYRTYRAA3 - 26029 - 286
22PROPROTYRTYREE3 - 26029 - 286
13PROPROTYRTYRAA3 - 26029 - 286
23PROPROTYRTYRGG3 - 26029 - 286
14THRTHRGLNGLNBB262 - 8192 - 559
24THRTHRGLNGLNDD262 - 8192 - 559
15THRTHRGLNGLNBB262 - 8192 - 559
25THRTHRGLNGLNFF262 - 8192 - 559
16THRTHRGLNGLNBB262 - 8192 - 559
26THRTHRGLNGLNHH262 - 8192 - 559
17PROPROTYRTYRCC3 - 26029 - 286
27PROPROTYRTYREE3 - 26029 - 286
18PROPROTYRTYRCC3 - 26029 - 286
28PROPROTYRTYRGG3 - 26029 - 286
19PROPROARGARGDD261 - 8201 - 560
29PROPROARGARGFF261 - 8201 - 560
110PROPROARGARGDD261 - 8201 - 560
210PROPROARGARGHH261 - 8201 - 560
111PROPROTYRTYREE3 - 26029 - 286
211PROPROTYRTYRGG3 - 26029 - 286
112PROPROARGARGFF261 - 8201 - 560
212PROPROARGARGHH261 - 8201 - 560

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

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要素

#1: タンパク質
Penicillin G acylase Alpha


分子量: 31695.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyvera cryocrescens (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A068F6N5
#2: タンパク質
Penicillin G acylase Beta


分子量: 63254.312 Da / 分子数: 4 / Mutation: S4G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyvera cryocrescens (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A068F6N5
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30%(w/v) PEG 4000, 50 mM sodium cacodylate pH 5.6 0.5 M potassium thiocyanate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.956 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.956 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→38.6 Å / Num. obs: 87317 / % possible obs: 76.5 % / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 80.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1E3A

1e3a


解像度: 2.5→38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.454 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29182 4354 5 %RANDOM
Rwork0.24823 ---
obs0.25043 82837 76.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.53 Å22.76 Å2-0.35 Å2
2--4.17 Å22.33 Å2
3----2.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25688 0 1 428 26117
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226101
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0224060
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2211.93335482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.672355277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.00753204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.25524.5561251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.614154048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.26815131
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.23731
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02130057
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.026250
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0354.36112915
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0354.36112915
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6276.5416083
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.6276.54116084
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0034.55213186
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0024.55213187
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6186.7419400
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.19635.0930714
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.18335.09630665
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A126810.05
12C126810.05
21A126860.04
22E126860.04
31A126750.04
32G126750.04
41B318050.04
42D318050.04
51B317720.04
52F317720.04
61B317580.04
62H317580.04
71C143010.06
72E143010.06
81C142620.06
82G142620.06
91D328680.04
92F328680.04
101D328390.03
102H328390.03
111E142680.05
112G142680.05
121F327920.04
122H327920.04
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 338 -
Rwork0.383 6429 -
obs--79.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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