PDB-4pcl: X-ray crystal structure of an O-methyltransferase from Anaplasma ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pcl

タイトル

X-ray crystal structure of an O-methyltransferase from Anaplasma phagocytophilum bound to SAM and a Manganese ion.

要素

O-methyltransferase family protein

キーワード

TRANSFERASE / O-methyltransferase SAM mangenese / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

Vaccinia Virus protein VP39 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : / S-ADENOSYLMETHIONINE / :

機能・相同性情報

生物種

Anaplasma phagocytophilum str. HGE1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Fairman, J.W. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: An O-Methyltransferase Is Required for Infection of Tick Cells by Anaplasma phagocytophilum.
著者: Oliva Chavez, A.S. / Fairman, J.W. / Felsheim, R.F. / Nelson, C.M. / Herron, M.J. / Higgins, L. / Burkhardt, N.Y. / Oliver, J.D. / Markowski, T.W. / Kurtti, T.J. / Edwards, T.E. / Munderloh, U.G.

履歴

登録	2014年4月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月20日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pcl.cif.gz	194.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pcl.ent.gz	153.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pcl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4pcl_validation.pdf.gz	941.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pcl_full_validation.pdf.gz	942.1 KB	表示
XML形式データ	4pcl_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	4pcl_validation.cif.gz	32.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/4pcl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/4pcl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oa5C 4oa8C 4pcaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1msk-d 3e2k-1 2hnk-1 4oa8-d 3h4t-d 4imh-2 5ttk-1 2wjz-3 2xns-2 1gpw-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-AnphA.01233.a TargetTrack: AnphA.01233.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: O-methyltransferase family protein

B: O-methyltransferase family protein

ヘテロ分子

51.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: O-methyltransferase family protein

ヘテロ分子

A: O-methyltransferase family protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
51.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: O-methyltransferase family protein

ヘテロ分子

B: O-methyltransferase family protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
51.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	123.870, 123.870, 121.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-424- HOH

#1: タンパク質	O-methyltransferase family protein 分子量: 25210.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anaplasma phagocytophilum str. HGE1 (バクテリア) 遺伝子: HGE1_02637 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S6G476
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.8 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 400 nl of protein solution plus 400 nl of precipitant solution. Precipitant was Wizard 3/4 well A5 - 0.2 M ammonium chloride, 20% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月12日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 46968 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.64 % / B_iso Wilson estimate: 22.18 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_rim(I) all: 0.07 / Χ²: 0.963 / Net I/σ(I): 18.36 / Num. measured all: 265323

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.85-1.9		5.71	0.846	0.536	3.5	19313	3418	3382	0.589	98.9
1.9-1.95			0.903	0.427	4.36	19063	3365	3347	0.469	99.5
1.95-2.01			0.936	0.328	5.51	18403	3240	3215	0.361	99.2
2.01-2.07			0.956	0.267	6.65	18035	3186	3167	0.294	99.4
2.07-2.14			0.971	0.221	8.13	17497	3080	3065	0.243	99.5
2.14-2.21			0.983	0.166	10.5	16866	2972	2957	0.183	99.5
2.21-2.29			0.988	0.143	11.66	16332	2880	2873	0.158	99.8
2.29-2.39			0.99	0.122	13.52	15757	2786	2776	0.134	99.6
2.39-2.49			0.993	0.104	15.6	15122	2665	2659	0.115	99.8
2.49-2.62			0.994	0.089	17.66	14490	2555	2550	0.098	99.8
2.62-2.76			0.996	0.075	20.62	13827	2448	2442	0.082	99.8
2.76-2.93			0.997	0.064	23.73	13003	2303	2288	0.07	99.3
2.93-3.13			0.998	0.05	29.22	12237	2188	2167	0.056	99
3.13-3.38			0.998	0.043	33.05	11478	2051	2030	0.048	99
3.38-3.7			0.999	0.037	38.59	10489	1889	1879	0.04	99.5
3.7-4.14			0.999	0.033	42.16	9521	1724	1718	0.037	99.7
4.14-4.78			0.999	0.029	46.37	8403	1536	1533	0.032	99.8
4.78-5.85			0.999	0.03	44.33	7114	1318	1310	0.033	99.4
5.85-8.27			0.999	0.029	44.25	5488	1056	1031	0.032	97.6
	8.27		0.999	0.024	49.88	2885	639	579	0.027	90.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9pre_1665)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→37.838 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2085	2358	5.02 %	random
R_work	0.1703	44606	-	-
obs	0.1722	46964	99.32 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.33 Å² / B_iso mean: 29.8372 Å² / B_iso min: 10.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→37.838 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3247	0	80	384	3711
B_iso mean	-	-	32.75	37.07	-
残基数	-	-	-	-	426

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3494
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.133	4758
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	563
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	599
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.148	1303

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8501-1.8878	0.2624	138	0.2353	2561	2699	99
1.8878-1.9289	0.2611	136	0.2173	2566	2702	99
1.9289-1.9737	0.228	137	0.2046	2584	2721	100
1.9737-2.0231	0.227	137	0.1976	2576	2713	99
2.0231-2.0778	0.226	130	0.2023	2585	2715	100
2.0778-2.1389	0.2396	116	0.1946	2609	2725	99
2.1389-2.208	0.2462	140	0.176	2595	2735	99
2.208-2.2869	0.2172	140	0.1762	2615	2755	100
2.2869-2.3784	0.2379	143	0.1758	2604	2747	100
2.3784-2.4866	0.2375	155	0.1739	2593	2748	100
2.4866-2.6177	0.2134	145	0.1762	2605	2750	100
2.6177-2.7817	0.23	152	0.1743	2622	2774	100
2.7817-2.9964	0.2128	144	0.1754	2626	2770	99
2.9964-3.2978	0.1956	131	0.1645	2635	2766	99
3.2978-3.7746	0.1749	127	0.1648	2693	2820	99
3.7746-4.7541	0.1767	138	0.1358	2726	2864	100
4.7541-37.8457	0.1928	149	0.1601	2811	2960	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6433	1.8453	-1.507	4.5705	-2.9158	1.983	0.0221	-0.3598	-0.2389	0.1883	-0.0585	-0.2336	0.2112	-0.1089	0.2209	0.4814	-0.2192	-0.0533	0.3601	0.046	0.201	41.7457	44.8039	-14.1155
2	1.5946	1.1985	-0.1401	1.1878	0.2191	0.4328	0.0869	-0.2473	-0.1493	0.2208	-0.2292	0.0156	0.1927	-0.1334	-0.0493	0.4005	-0.2667	0.0134	0.3298	-0.0304	0.1785	31.4457	41.7061	-20.5272
3	0.3569	0.215	-0.1757	0.3113	-0.1417	0.0968	0.0157	-0.2173	-0.1747	0.1645	-0.1148	-0.0248	0.16	-0.0727	-0.0698	0.5182	-0.524	0.1514	0.6044	-0.0241	0.2823	22.2818	35.6529	-15.7256
4	1.5039	0.6044	0.6733	3.1214	0.5734	0.3332	-0.0006	-0.0578	0.0073	-0.0402	-0.0944	0.3663	-0.0196	-0.0713	0.0922	0.374	-0.3216	-0.0108	0.5212	-0.1133	0.3422	15.3626	32.7729	-29.1354
5	1.3445	0.7729	0.0495	2.4581	0.5485	1.0288	0.0502	-0.1641	-0.0766	0.0874	-0.255	0.2488	0.1156	-0.2959	0.1928	0.3099	-0.1301	-0.015	0.2311	-0.0421	0.2027	25.8828	38.0331	-33.0534
6	2.8638	-1.2141	0.5236	5.675	-0.0024	2.7373	-0.0331	0.3926	-0.2514	-0.2806	0.3104	-0.0912	0.4693	0.1014	-0.256	0.3311	-0.0918	-0.0688	0.2198	0.0028	0.2917	43.3548	27.7873	-38.2892
7	1.6753	0.9315	0.4974	1.4724	0.5487	1.4203	0.0382	-0.0102	-0.1404	-0.1734	-0.0607	-0.0367	-0.0108	0.0468	0.023	0.338	-0.11	-0.0305	0.139	-0.0018	0.178	33.733	39.9385	-38.4451
8	1.2719	0.0703	-0.4362	2.5067	0.944	2.1587	-0.0021	-0.3375	0.0181	0.4189	-0.0392	0.5712	-0.3065	-0.3749	0.0822	0.2462	0.0452	0.0378	0.2403	0.0208	0.2095	22.417	2.2271	15.7833
9	5.3272	-0.8862	-0.07	4.9455	1.38	3.2429	0.0988	-0.1224	0.2106	0.3386	-0.0668	0.2297	-0.394	-0.3517	0.0029	0.1784	0.0204	0.0257	0.1736	0.0393	0.1537	27.3249	8.386	9.7419
10	0.3043	0.6345	0.1694	1.483	-0.1509	1.752	-0.0332	-0.1986	0.2637	0.5705	-0.0699	-0.2553	-0.679	0.0519	-0.0198	0.3768	-0.0128	-0.0658	0.183	-0.0116	0.2211	34.8188	16.9974	12.4829
11	2.4808	0.9951	-2.2812	6.5634	0.7046	2.5228	0.027	-0.2763	0.0699	0.2555	-0.0933	-0.4437	-0.3529	0.1644	0.0621	0.4381	-0.0708	-0.1085	0.1822	-0.0427	0.271	37.9847	19.7322	14.4654
12	3.5427	0.1959	-1.5045	2.2115	1.0374	2.5931	0.0336	0.0204	0.4973	0.0265	-0.0673	-0.3985	-0.6606	0.1992	-0.0015	0.2631	-0.0397	-0.0501	0.1503	0.0385	0.2829	37.184	20.6453	0.8752
13	3.6388	-0.7502	0.7768	1.7264	-0.0744	0.1999	-0.0585	0.2817	0.1828	0.0209	0.0029	0.0221	-0.2737	-0.1685	0.0845	0.1647	0.0663	0.0207	0.2502	0.0503	0.1573	25.376	16.013	-5.6072
14	3.2608	-0.7921	-0.4163	2.9389	0.1206	2.6075	-0.0001	0.0353	0.0638	-0.101	0.0173	0.0109	-0.1482	0.0273	-0.0083	0.0765	0.0176	0.0026	0.1457	0.02	0.1393	27.3851	10.3492	-8.1914

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 30 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 77 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 78 through 116 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 117 through 127 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 128 through 165 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 166 through 180 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 181 through 218 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 6 through 30 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 31 through 55 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 56 through 103 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 104 through 116 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 117 through 138 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 139 through 180 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 181 through 218 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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