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- PDB-4pck: Crystal structure of the P22S mutant of N-terminal CS domain of h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pck
タイトルCrystal structure of the P22S mutant of N-terminal CS domain of human Shq1
要素Protein SHQ1 homolog
キーワードPROTEIN BINDING / CS domain / Shq1 / dyskerin / Cbf5 / telomerase / H/ACA / P22S
機能・相同性
機能・相同性情報


box H/ACA snoRNP assembly / negative regulation of rRNA processing / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / Telomere Extension By Telomerase / protein-RNA complex assembly / unfolded protein binding / positive regulation of apoptotic process / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Shq1 protein domain / Protein Shq1 / : / SHQ1 protein, Shq1 domain / SHQ1-like, CS domain / CS domain / CS domain profile. / Immunoglobulin-like - #790 / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like ...Shq1 protein domain / Protein Shq1 / : / SHQ1 protein, Shq1 domain / SHQ1-like, CS domain / CS domain / CS domain profile. / Immunoglobulin-like - #790 / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein SHQ1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å
Model detailsCrystal structure of the P22S mutant of human Shq1 CS domain
データ登録者Singh, M. / Wang, Z. / Cascio, D. / Feigon, J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM048123 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1022379 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FC0302ER63421 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure and Interactions of the CS Domain of Human H/ACA RNP Assembly Protein Shq1.
著者: Singh, M. / Wang, Z. / Cascio, D. / Feigon, J.
履歴
登録2014年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein SHQ1 homolog
B: Protein SHQ1 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2723
ポリマ－25,1802
非ポリマー921
水1086
1
A: Protein SHQ1 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6822
ポリマ－12,5901
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein SHQ1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5901
ポリマ－12,5901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.690, 58.690, 146.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Protein SHQ1 homolog


分子量: 12590.111 Da / 分子数: 2 / 断片: CS domain (UNP residues 1-96) / 変異: P22S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHQ1 / プラスミド: pET46 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6PI26
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 0.02 M magnesium chloride hexahydrate, 22% w/v Poly(acrylic acid sodium salt) 5100, 15% v/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月3日
放射モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50.83 Å / Num. obs: 11757 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.92 % / Biso Wilson estimate: 51.63 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 0.985 / Net I/σ(I): 19.07 / Num. measured all: 57944
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.4-2.460.7630.6052.5343168938780.6898.3
2.46-2.530.8050.5722.6139428338150.64497.8
2.53-2.60.8230.5023.0438908368130.56897.2
2.6-2.680.9350.3624.2241188128070.40599.4
2.68-2.770.9350.2915.1739347727660.32699.2
2.77-2.870.9490.2526.0536777417360.28299.3
2.87-2.980.9770.1539.436947487410.17299.1
2.98-3.10.9930.113.0333017056860.11397.3
3.1-3.240.9960.08116.0232206816590.0996.8
3.24-3.40.9970.06619.5432016426320.07498.4
3.4-3.580.9980.0525.7930626186020.05597.4
3.58-3.80.9990.03831.6329015885750.04297.8
3.8-4.060.9990.03234.5925745595340.03695.5
4.06-4.380.9990.02841.4524025194940.03295.2
4.38-4.80.9990.02745.0924324844710.0397.3
4.8-5.370.9990.02644.6522124564440.0397.4
5.37-6.20.9990.02939.4715913803500.03392.1
6.2-7.590.9990.02842.2216623503410.03197.4
7.59-10.740.9990.02159.5711712732570.02494.1
10.740.9990.01961.046441731560.02290.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.86 Å50.83 Å
Translation3.86 Å50.83 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHASER2.5.5位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4PBD

4pbd


解像度: 2.401→50.827 Å / FOM work R set: 0.6981 / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2836 1176 10.01 %
Rwork0.2245 10568 -
obs0.2303 11744 97.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 166.12 Å2 / Biso mean: 68.94 Å2 / Biso min: 38.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.401→50.827 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1690 0 6 6 1702
Biso mean--76.64 50.62 -
残基数----210
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071754
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1442375
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042250
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005309
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.741624
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.401-2.51060.41251460.32551311145798
2.5106-2.64290.36791440.29971296144098
2.6429-2.80850.39161470.29471317146499
2.8085-3.02530.33391460.27961322146899
3.0253-3.32970.33661430.23861285142897
3.3297-3.81140.2851480.21061332148098
3.8114-4.80140.23921470.1771314146196
4.8014-50.83840.23181550.21491391154695
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.1482 Å / Origin y: 17.421 Å / Origin z: 12.1995 Å
111213212223313233
T0.3791 Å2-0.0036 Å20.0579 Å2-0.3964 Å20.047 Å2--0.9176 Å2
L1.4353 °20.6744 °22.1713 °2-0.2744 °21.197 °2--2.2161 °2
S0.0755 Å °0.0576 Å °-0.4414 Å °-0.0311 Å °0.0966 Å °-0.1982 Å °0.2796 Å °0.2102 Å °-0.2077 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-13 - 95
2X-RAY DIFFRACTION1allB-12 - 95
3X-RAY DIFFRACTION1allC1
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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