+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4p9d | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of dCMP deaminase from the cyanophage S-TIM5 in complex with dTMP and dTTP. | ||||||
![]() | Deoxycytidylate deaminase | ||||||
![]() | HYDROLASE / deoxycytidylate deaminase / dCMP deaminase / cytidine deaminase / S-TIM5 cyanophage | ||||||
機能・相同性 | ![]() dCMP deaminase activity / : / pyrimidine nucleotide metabolic process / nucleotide binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Marx, A. / Alian, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The First Crystal Structure of a dTTP-bound Deoxycytidylate Deaminase Validates and Details the Allosteric-Inhibitor Binding Site. 著者: Marx, A. / Alian, A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 176 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 139.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.7 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 3.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 15191.383 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 6種, 64分子 










#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-TTP / #5: 化合物 | ChemComp-TMP / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
Has protein modification | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.9 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2M Potassium formate, 20% (w/v) PEG 3350, 5mM Magnesium chloride and 5mM dTTP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9322 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→67.02 Å / Num. obs: 17452 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 99.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→67.022 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|