PDB-3rxz: Crystal structure of putative polysaccharide deacetylase from Myc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rxz

タイトル

Crystal structure of putative polysaccharide deacetylase from Mycobacterium smegmatis

要素

Polysaccharide deacetylase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / carbohydrate esterase family 4

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Michalska, K. / Tesar, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative polysaccharide deacetylase from Mycobacterium smegmatis
著者: Michalska, K. / Tesar, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rxz.cif.gz	460.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rxz.ent.gz	381.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rxz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rxz_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rxz_full_validation.pdf.gz	451.3 KB	表示
XML形式データ	3rxz_validation.xml.gz	49.5 KB	表示
CIF形式データ	3rxz_validation.cif.gz	65.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/3rxz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/3rxz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3cl7-1 3s6o-d 3cl6-2 3cl6-1 1z7a-1 1z7a-2 3cl8-2 4p9d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC100122

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polysaccharide deacetylase

B: Polysaccharide deacetylase

C: Polysaccharide deacetylase

D: Polysaccharide deacetylase

ヘテロ分子

134 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.212, 59.592, 130.387
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.35, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Polysaccharide deacetylase 分子量: 33415.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEG_4373 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: A0R0G0
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.01 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M imidazole/HCl, 30% PEG8K, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97903 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月14日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→50 Å / Num. all: 81570 / Num. obs: 81277 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 31.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 2.01→2.05 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.648 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
Auto-Rickshaw		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
直接法		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
BUSTER	2.8.0	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
RESOLVE		位相決定
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.01→29.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9386 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9243 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2114	1216	1.5 %	thin resolution shells
R_work	0.175	-	-	-
all	0.1756	81256	-	-
obs	0.1756	81256	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.6123 Å²	0 Å²	5.145 Å²
2-	-	-13.554 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.9417 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.284 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→29.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8916	0	8	366	9290

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.014	9220	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.12	12609	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4048	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		197	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1369	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		9220	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.88
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.72
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1176	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance		12	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		11198	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.01→2.06 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2562	64	1.16 %
R_work	0.2255	5443	-
all	0.2258	5507	-
obs	-	5507	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.07	-0.9309	-1.5089	0.7953	1.0224	1.564	-0.1148	0.1118	0.1455	0.024	0.0237	0.0251	-0.2005	0.1469	0.0911	-0.0564	0.0173	-0.037	0.0773	-0.0018	-0.0836	-10.7703	10.1788	103.8572
2	2.0469	-0.0101	0.5466	0.9642	0.0712	1.2879	-0.0603	-0.5244	0.2908	0.0322	-0.0107	0.0412	-0.2469	0.1344	0.071	-0.0445	0.0351	-0.0414	0.1059	-0.0723	-0.0939	-11.7228	12.342	114.776
3	2.809	-0.3893	-0.035	0.5655	0.624	3.1123	-0.1565	-0.0615	0.5058	-0.1524	0.16	-0.0755	-0.5588	0.4836	-0.0035	0.031	-0.0669	-0.0615	-0.0916	-0.0232	0.0316	-5.8551	20.3525	99.7831
4	0.5481	0.0041	0.005	0	-0.2944	2.4173	-0.044	-0.0735	0.044	-0.0961	0.0197	-0.0153	-0.0674	-0.3745	0.0243	-0.0335	0.0307	-0.0486	0.056	-0.056	-0.01	-18.8737	-0.073	102.8764
5	1.4578	0.0202	0.3107	0.6176	-0.0139	1.3656	-0.0915	-0.0597	0.0567	-0.0579	0.0493	-0.0503	-0.0057	0.3798	0.0422	-0.0575	0.016	-0.0076	0.0593	-0.0221	-0.07	-3.7623	4.0933	101.6008
6	2.1403	-0.3384	1.3193	0.862	-0.4215	0.8094	-0.0191	-0.2344	0.0806	0.0247	-0.1149	-0.0214	-0.0469	-0.0182	0.134	-0.1137	0.0421	0.0073	0.2196	0.0123	-0.1307	-36.2399	0.4315	119.59
7	0.5471	0.2815	0.4629	0.4331	0.3036	0.6101	-0.0003	-0.502	0.0059	-0.0115	-0.0383	0.0955	0.0269	-0.4765	0.0386	-0.1828	0.0568	0.018	0.2858	-0.0187	-0.1711	-47.5645	-0.9117	120.8686
8	1.9879	0.725	-0.0923	0.7389	-0.7098	1.3021	-0.0226	-0.5264	0.2195	0.16	-0.2021	0.0455	-0.2681	-0.1891	0.2246	-0.1032	0.1181	-0.0262	0.2669	-0.133	-0.1596	-33.347	8.7381	125.7405
9	-0.0209	-0.7585	0.1004	0.8648	-0.3918	0.2615	-0.026	0.015	0.0591	-0.1559	0.0427	0.0395	-0.0099	-0.0038	-0.0167	-0.0976	0.0128	-0.0145	0.2402	0.0391	-0.1194	-35.9487	-4.4485	104.2895
10	1.7605	0.0695	0.4708	0.8987	0.2906	1.288	0.0584	-0.5132	-0.1211	0.0382	-0.0334	-0.0754	0.0524	-0.2146	-0.025	-0.1116	0.0269	0.0034	0.1961	0.0546	-0.1313	-29.5333	-5.2912	122.501
11	1.7812	0.207	0.1811	0.3323	-0.1941	1.8012	-0.0073	0.386	-0.4161	0.0677	0.0761	0.0203	0.2677	-0.2726	-0.0687	-0.0643	-0.0205	0.0187	0.0025	-0.0679	-0.0289	-46.5305	-15.4583	84.5572
12	1.9368	-0.0648	-0.263	0.3962	0.5356	1.2045	0.0118	0.4462	0.0076	-0.0895	-0.0114	0.0639	0.0131	-0.329	-0.0004	-0.0876	0.0016	-0.0211	0.1677	-0.0224	-0.0758	-58.6801	-7.3218	84.232
13	0.7083	-0.1519	-0.7151	0.6996	0.0817	0.1718	-0.0271	-0.0584	-0.1804	0.0141	-0.028	0.1297	0.0295	-0.3641	0.0551	-0.0672	-0.0271	-0.0008	0.1537	-0.0238	-0.0226	-59.7169	-10.527	97.6193
14	2.5299	-0.1343	0.511	0.4023	0.3035	0.0752	-0.0092	0.0497	0.0028	-0.0089	-0.0062	0.0532	0.0176	0.0158	0.0155	-0.0447	-0.0473	-0.0293	0.0959	-0.0021	-0.0833	-38.695	-9.2089	93.2055
15	2.2279	-0.2435	0.1177	0.6616	0.0516	0.9721	-0.0212	-0.2238	-0.5066	0.0461	0.0352	0.0317	0.3011	-0.1114	-0.0141	-0.0512	-0.0237	-0.0049	-0.0204	0.0196	0.0038	-46.4567	-20.489	97.4971
16	1.3082	0.5417	0.326	1.3357	0.0988	1.3116	-0.0871	0.4304	-0.0556	-0.0806	-0.0551	0.1456	-0.0601	0.0662	0.1422	-0.0996	0.0157	-0.0045	0.0743	-0.0449	-0.0691	-18.8555	-0.5131	78.2957
17	1.8451	0.1051	0.3493	0.7576	-0.1454	1.5565	-0.1949	0.5291	0.0806	-0.0907	0.123	-0.1533	-0.153	0.1871	0.0718	-0.092	-0.0409	0.008	0.1873	0.0189	-0.126	-15.3643	3.824	70.229
18	0.9283	0.4344	-0.119	2.043	0.5165	0.5938	-0.1116	0.5539	-0.0719	-0.2287	0.1138	0.1035	0.0518	-0.0921	-0.0022	-0.106	-0.0279	0.0117	0.2978	-0.0422	-0.176	-29.706	-3.5065	65.7395
19	3.4562	0.2512	0.8892	0	-0.0849	1.176	-0.0403	0.0043	-0.0039	0.0569	-0.023	0.0686	-0.0757	-0.1218	0.0633	-0.0095	0.0113	0.034	-0.0081	-0.0397	-0.0581	-22.568	-5.7179	87.7433
20	2.3254	0.1266	-0.0116	0.9129	0.0104	1.5509	-0.0366	0.5534	-0.4809	-0.0886	0.0615	-0.1188	0.1824	-0.0936	-0.025	-0.0969	0.014	0.0367	0.0462	-0.1152	-0.0537	-20.8357	-12.0217	74.7219

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|8 - A\|47}	A	8 - 47
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|48 - A\|113}	A	48 - 113
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|114 - A\|189}	A	114 - 189
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|190 - A\|226}	A	190 - 226
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|227 - A\|292}	A	227 - 292
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{B\|7 - B\|46}	B	7 - 46
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|47 - B\|144}	B	47 - 144
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|145 - B\|192}	B	145 - 192
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|193 - B\|216}	B	193 - 216
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{B\|217 - B\|292}	B	217 - 292
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{C\|7 - C\|100}	C	7 - 100
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{C\|101 - C\|144}	C	101 - 144
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{C\|145 - C\|182}	C	145 - 182
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{C\|183 - C\|217}	C	183 - 217
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{C\|218 - C\|292}	C	218 - 292
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{D\|7 - D\|62}	D	7 - 62
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{D\|63 - D\|144}	D	63 - 144
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{D\|145 - D\|185}	D	145 - 185
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{D\|186 - D\|226}	D	186 - 226
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{D\|227 - D\|292}	D	227 - 292

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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