PDB-2hvv: Crystal structure of dCMP deaminase from Streptococcus mutans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hvv

タイトル

Crystal structure of dCMP deaminase from Streptococcus mutans

要素

deoxycytidylate deaminase

キーワード

HYDROLASE / 3-layer (alpha-beta)-sandwich

機能・相同性

機能・相同性情報

dCMP deaminase activity / : / pyrimidine nucleotide metabolic process / nucleotide binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus mutans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Hou, H.F. / Gao, Z.Q. / Li, L.F. / Liang, Y.H. / Su, X.D. / Dong, Y.H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of Streptococcus mutans 2'-deoxycytidylate deaminase and its complex with substrate analog and allosteric regulator dCTP x Mg2+.
著者: Hou, H.F. / Liang, Y.H. / Li, L.F. / Su, X.D. / Dong, Y.H.

履歴

登録	2006年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hvv.cif.gz	74 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hvv.ent.gz	53.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hvv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2hvv_validation.pdf.gz	462.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hvv_full_validation.pdf.gz	477 KB	表示
XML形式データ	2hvv_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	2hvv_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/2hvv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/2hvv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hvwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5c2o-1 4p9d-d 4p9c-2 5zug-d 4p9c-1 2hvw-1 940 3rxz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: deoxycytidylate deaminase

B: deoxycytidylate deaminase

ヘテロ分子

41.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: deoxycytidylate deaminase

B: deoxycytidylate deaminase

ヘテロ分子

A: deoxycytidylate deaminase

B: deoxycytidylate deaminase

ヘテロ分子

A: deoxycytidylate deaminase

B: deoxycytidylate deaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
126 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.233, 113.233, 113.233
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-518- HOH

#1: タンパク質	deoxycytidylate deaminase 分子量: 20414.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア) 遺伝子: comEB / プラスミド: PET28a(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DSE5, dCMP deaminase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-Cl, PH8.5, 15% glycerol, 1.5M Ammonium Sulfate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: BSRF

/ ビームライン: 3W1A / 波長: 1.2829, 1.2835, 1.2000

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月15日

放射

モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.2829	1
2	1.2835	1
3	1.2	1

Reflection

D res high: 3 Å / D res low: 50 Å / % possible obs: 100

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs
13.5	1	7.6	134379	0.121	1.08	9975
13.5	2	7.5	134413	0.117	1.1	9975
12.4	3	6.4	123396	0.141	1.01	9961

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.46	50	100	1	0.051	1.156	12.7
5.13	6.46	100	1	0.083	1.157	13.4
4.48	5.13	100	1	0.075	1.153	13.5
4.07	4.48	100	1	0.087	1.026	13.6
3.78	4.07	100	1	0.116	1.049	13.6
3.56	3.78	100	1	0.17	1.042	13.6
3.38	3.56	100	1	0.213	0.959	13.6
3.23	3.38	100	1	0.341	0.996	13.6
3.11	3.23	100	1	0.522	1.269	13.6
3	3.11	100	1	0.798	0.966	13.6
6.46	50	100	2	0.046	1.856	12.7
5.13	6.46	100	2	0.077	1.34	13.4
4.48	5.13	100	2	0.07	1.118	13.5
4.07	4.48	100	2	0.087	1.067	13.6
3.78	4.07	100	2	0.115	1.034	13.6
3.56	3.78	100	2	0.166	0.969	13.6
3.38	3.56	100	2	0.215	0.93	13.6
3.23	3.38	100	2	0.335	0.915	13.6
3.11	3.23	100	2	0.506	0.876	13.6
3	3.11	100	2	0.793	0.88	13.6
6.46	50	100	3	0.047	1.088	11.7
5.13	6.46	100	3	0.082	1.051	12.3
4.48	5.13	100	3	0.083	1.064	12.4
4.07	4.48	100	3	0.099	1.02	12.5
3.78	4.07	100	3	0.128	0.945	12.6
3.56	3.78	100	3	0.195	0.957	12.5
3.38	3.56	100	3	0.281	1.114	12.5
3.23	3.38	100	3	0.395	0.984	12.5
3.11	3.23	100	3	0.588	0.945	12.5
3	3.11	100	3	0.882	0.973	12.5

反射

解像度: 3→50 Å / Num. all: 9958 / Num. obs: 9958 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.7 % / R_merge(I) obs: 0.108 / Χ²: 1.047 / Net I/σ(I): 7.1

反射シェル

解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 8.7 % / R_merge(I) obs: 0.681 / Num. unique all: 972 / Χ²: 0.757 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	1.2829	4.77	-6.95
1	3 wavelength	2	1.2	4.1	-2.48
1	3 wavelength	3	1.2835	4.49	-8.92

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Zn	53.992	0.344	0.918	0.255	0.915
2	Zn	58.811	0.2	0.848	0.066	0.982
3	Zn	60	0.119	0.615	0.187	1.038
4	Zn	52.523	0.154	0.858	0.18	0.939

Phasing dm

FOM : 0.82 / FOM acentric: 0.83 / FOM centric: 0.78 / 反射: 6263 / Reflection acentric: 5507 / Reflection centric: 756

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
10-46.226	0.94	0.95	0.92	298	207	91
6.3-10	0.91	0.92	0.86	863	709	154
5-6.3	0.87	0.89	0.78	1044	915	129
4.4-5	0.88	0.88	0.82	1055	945	110
3.8-4.4	0.8	0.81	0.71	1860	1683	177
3.5-3.8	0.68	0.69	0.61	1143	1048	95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.06	位相決定
RESOLVE	2.06	位相決定
CNS	1.1	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	983	9.9 %	RANDOM
R_work	0.223	-	-	-
all	0.229	9958	-	-
obs	0.226	9574	96.7 %	-

溶媒の処理

B_sol: 51.908 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.976 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2240	0	44	34	2318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007566	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.48094	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.944	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.175	2.5

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	water.param
X-RAY DIFFRACTION	3	ion.param
X-RAY DIFFRACTION	4	SO4.param

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