[日本語] English
万見
- PDB-4p6y: Crystal structure of the M42 aminopeptidase TmPep1050 from Thermo... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p6y
タイトルCrystal structure of the M42 aminopeptidase TmPep1050 from Thermotoga maritima
要素Aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / Aminopeptidase / M42 family / large self-assembled dodecamer / tetrahedral structure / metalloprotease / metal-binding hydrolase / hyperthermophilic
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / aminopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M42, domain 2 / Peptidase M42, domain 2 / : / M42 glutamyl aminopeptidase / Peptidase M42 / Zn peptidases / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Aminopeptidase / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich ...Peptidase M42, domain 2 / Peptidase M42, domain 2 / : / M42 glutamyl aminopeptidase / Peptidase M42 / Zn peptidases / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Aminopeptidase / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dutoit, R. / Demarez, M. / Van Elder, D. / Bauvois, C.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Fonds de la Recherche Scientifique (FNRS)IISN 4.4505.00 ベルギー
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the M42 aminopeptidase TmPep1050 from Thermotoga maritima
著者: Dutoit, R. / Brandt, N. / Durisotti, V. / Oudjama, Y. / Demarez, M. / Van Elder, D. / Bauvois, C.
#1: ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2012
タイトル: Functional characterization of two M42 aminopeptidases erroneously annotated as cellulases.
著者: Dutoit, R. / Brandt, N. / Legrain, C. / Bauvois, C.
履歴
登録2014年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aminopeptidase
B: Aminopeptidase
C: Aminopeptidase
D: Aminopeptidase
E: Aminopeptidase
F: Aminopeptidase
G: Aminopeptidase
H: Aminopeptidase
I: Aminopeptidase
J: Aminopeptidase
K: Aminopeptidase
L: Aminopeptidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)433,32412
ポリマ－433,32412
非ポリマー00
水40,0472223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area52260 Å2
ΔGint-207 kcal/mol
Surface area114090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.260, 114.570, 114.040
Angle α, β, γ (deg.)114.46, 91.71, 105.69
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Aminopeptidase / Endoglucanase / Endoglucanase M


分子量: 36110.297 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_1050, THEMA_09110, Tmari_1054 / プラスミド: pCEC43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0E0, cellulase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.75 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.75
詳細: TmPep1050 (390 uM) in 50 mM MOPS pH 7.2 with 0.5 M ammonium sulfate and 1 mM cobalt chloride, was mixed 2:2 with well buffer (2.1M malic acid pH 6.75) with 500 uL well buffer in the well of ...詳細: TmPep1050 (390 uM) in 50 mM MOPS pH 7.2 with 0.5 M ammonium sulfate and 1 mM cobalt chloride, was mixed 2:2 with well buffer (2.1M malic acid pH 6.75) with 500 uL well buffer in the well of the crystallization tray

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→44.05 Å / Num. obs: 237152 / % possible obs: 93.54 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 32.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08925 / Net I/σ(I): 8.56
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / % possible all: 84.76

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1539) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YLO

1ylo


解像度: 2.2→44.045 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2474 11854 5 %Random selection
Rwork0.2118 ---
obs0.2136 237090 93.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→44.045 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29969 0 0 2223 32192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00930442
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25441103
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.40611341
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0544744
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2260.35522790.31065294X-RAY DIFFRACTION67
2.226-2.25220.35083940.30717506X-RAY DIFFRACTION93
2.2522-2.27970.33754000.29147599X-RAY DIFFRACTION95
2.2797-2.30850.33344020.28337651X-RAY DIFFRACTION96
2.3085-2.33890.3054090.26647785X-RAY DIFFRACTION96
2.3389-2.3710.31484030.27617654X-RAY DIFFRACTION96
2.371-2.40480.32334040.27427665X-RAY DIFFRACTION96
2.4048-2.44070.31594090.26587776X-RAY DIFFRACTION96
2.4407-2.47890.30614070.26147728X-RAY DIFFRACTION96
2.4789-2.51950.32134010.27117628X-RAY DIFFRACTION95
2.5195-2.56290.31424070.26537717X-RAY DIFFRACTION96
2.5629-2.60950.33254070.26757734X-RAY DIFFRACTION96
2.6095-2.65970.30324030.25997656X-RAY DIFFRACTION96
2.6597-2.7140.30224000.25457597X-RAY DIFFRACTION95
2.714-2.7730.2894010.25557637X-RAY DIFFRACTION95
2.773-2.83750.29373960.24987525X-RAY DIFFRACTION94
2.8375-2.90840.2924020.24377630X-RAY DIFFRACTION95
2.9084-2.98710.30933980.25547558X-RAY DIFFRACTION94
2.9871-3.07490.28154010.23797625X-RAY DIFFRACTION94
3.0749-3.17420.27343940.24457486X-RAY DIFFRACTION93
3.1742-3.28760.25563910.22447425X-RAY DIFFRACTION93
3.2876-3.41920.2453890.22157384X-RAY DIFFRACTION92
3.4192-3.57470.24283900.19717411X-RAY DIFFRACTION92
3.5747-3.76310.23333840.19787308X-RAY DIFFRACTION91
3.7631-3.99870.21983900.17057394X-RAY DIFFRACTION92
3.9987-4.30720.18543950.16017507X-RAY DIFFRACTION94
4.3072-4.74020.16973980.15357563X-RAY DIFFRACTION94
4.7402-5.4250.18524010.15497624X-RAY DIFFRACTION95
5.425-6.83090.20474050.18037687X-RAY DIFFRACTION96
6.8309-44.05340.18093940.16577482X-RAY DIFFRACTION93

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る