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- PDB-1ylo: Crystal Structure of Protein of Unknown Function (Possible Aminop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ylo
タイトルCrystal Structure of Protein of Unknown Function (Possible Aminopeptidase) S2589 from Shigella flexneri 2a str. 2457T
要素hypothetical protein SF2450
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / MCSG / hypothetical protein S2589 / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


aminopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M42, domain 2 / Peptidase M42, domain 2 / : / M42 glutamyl aminopeptidase / Peptidase M42 / Zn peptidases / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Aminopeptidase / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich ...Peptidase M42, domain 2 / Peptidase M42, domain 2 / : / M42 glutamyl aminopeptidase / Peptidase M42 / Zn peptidases / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Aminopeptidase / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aminopeptidase / Aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Nocek, B.P. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of hypothetical protein from Shigella flexneri 2a.
著者: Nocek, B.P. / Binkowski, A. / Li, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2005年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein SF2450
B: hypothetical protein SF2450
C: hypothetical protein SF2450
D: hypothetical protein SF2450
E: hypothetical protein SF2450
F: hypothetical protein SF2450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,66818
ポリマ－229,8836
非ポリマー78512
水12,196677
1
A: hypothetical protein SF2450
B: hypothetical protein SF2450
C: hypothetical protein SF2450
D: hypothetical protein SF2450
E: hypothetical protein SF2450
F: hypothetical protein SF2450
ヘテロ分子

A: hypothetical protein SF2450
B: hypothetical protein SF2450
C: hypothetical protein SF2450
D: hypothetical protein SF2450
E: hypothetical protein SF2450
F: hypothetical protein SF2450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)461,33636
ポリマ－459,76612
非ポリマー1,57024
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_565-x,-y+1,z1
Buried area52710 Å2
ΔGint-1193 kcal/mol
Surface area130580 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)161.827, 161.827, 228.574
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質
hypothetical protein SF2450


分子量: 38313.859 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌)
生物種: Shigella flexneri / 株: 2a str. 2457T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83K87, UniProt: A0A0H2VWV0*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 677 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.2 %

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97945 Å
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 157807 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.11
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.753 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 8.899 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22893 7909 5 %RANDOM
Rwork0.19035 ---
obs0.1923 149870 99.65 %-
all-157779 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.515 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15738 0 12 677 16427
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02216168
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2931.97221904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.95752118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.14823.697714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.571152814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.85815162
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.22579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212138
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.27059
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.210872
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2898
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.761.510695
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.245216684
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.81536054
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7854.55196
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.152→2.208 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 557 -
Rwork0.237 10758 -
obs--96.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.629-0.59570.01580.94710.11760.42130.01490.0617-0.0336-0.04040.0041-0.01710.00410.0451-0.019-0.0607-0.0096-0.0186-0.03250.0011-0.015240.235594.826112.5097
20.16740.11350.04190.4119-0.191.31070.00540.0105-0.0042-0.05630.0003-0.0602-0.03570.0222-0.0057-0.02660.0170.005-0.0473-0.0258-0.03833.86460.60563.5025
30.97840.4720.15850.83760.0410.18980.01290.0208-0.0061-0.0013-0.0327-0.0506-0.0060.04890.0197-0.0172-0.0090.0016-0.04330.0198-0.058619.940787.2773-16.1665
40.9586-0.3854-0.1650.78990.0530.19340.0144-0.0217-0.0023-0.0008-0.0396-0.04930.00270.05190.0252-0.01890.0142-0.003-0.04290.0204-0.056119.9384-6.37713.2162
50.56830.5374-0.02050.85160.15850.44090.0099-0.05480.02670.02960.0141-0.02080.00070.0515-0.024-0.06720.00840.0168-0.0340.0039-0.0140.2196-13.9215-25.4573
60.1974-0.1505-0.04630.4332-0.19221.3096-0.0046-0.0121-0.01710.05850.0017-0.04550.02130.02610.0029-0.0323-0.0176-0.0015-0.0494-0.0231-0.033233.85220.2845-16.452
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 3454 - 348
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 3454 - 348
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 3454 - 348
4X-RAY DIFFRACTION4DD1 - 3454 - 348
5X-RAY DIFFRACTION5EE1 - 3454 - 348
6X-RAY DIFFRACTION6FF1 - 3454 - 348

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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