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- PDB-1xfo: Crystal Structure of an archaeal aminopeptidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xfo
タイトルCrystal Structure of an archaeal aminopeptidase
要素Frv operon protein FrvX
キーワードHYDROLASE / aminopeptidase / self-compartmentalizing / metalloprotease / dinuclear
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / aminopeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M42, domain 2 / Peptidase M42, domain 2 / : / M42 glutamyl aminopeptidase / Peptidase M42 / Zn peptidases / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Aminopeptidase / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich ...Peptidase M42, domain 2 / Peptidase M42, domain 2 / : / M42 glutamyl aminopeptidase / Peptidase M42 / Zn peptidases / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Aminopeptidase / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tetrahedral aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Russo, S. / Baumann, U.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a dodecameric tetrahedral shaped aminopeptidase
著者: Russo, S. / Baumann, U.
履歴
登録2004年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Frv operon protein FrvX
B: Frv operon protein FrvX
C: Frv operon protein FrvX
D: Frv operon protein FrvX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,56512
ポリマ－158,0424
非ポリマー5238
水11,620645
1
A: Frv operon protein FrvX
B: Frv operon protein FrvX
C: Frv operon protein FrvX
D: Frv operon protein FrvX
ヘテロ分子

A: Frv operon protein FrvX
B: Frv operon protein FrvX
C: Frv operon protein FrvX
D: Frv operon protein FrvX
ヘテロ分子

A: Frv operon protein FrvX
B: Frv operon protein FrvX
C: Frv operon protein FrvX
D: Frv operon protein FrvX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)475,69636
ポリマ－474,12612
非ポリマー1,57024
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area55030 Å2
ΔGint-1197 kcal/mol
Surface area129960 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)158.340, 158.340, 114.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-412-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 6 - 353 / Label seq-ID: 10 - 357

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
詳細The physiological dodecamer is generated by the three fold axis at: 1/3, 2/3, z

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要素

#1: タンパク質
Frv operon protein FrvX / Frvx aminopeptidase


分子量: 39510.496 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O59196
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 400, sodium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→40 Å / Num. all: 110425 / Num. obs: 110425 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.193 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 63.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VHE

1vhe


解像度: 1.96→29.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 6.51 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2093 2427 2.2 %RANDOM
Rwork0.18282 ---
all0.18341 110402 --
obs0.18341 107975 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.662 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å20.25 Å20 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→29.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10514 0 8 645 11167
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02210711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3161.96514499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3651349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.09324.494445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.228151911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2981554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027904
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.24889
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.27416
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.2721
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0270.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3673.56965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.552310850
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.56844287
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9665.53649
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2610 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.250.5
2Bmedium positional0.140.5
3Cmedium positional0.180.5
4Dmedium positional0.170.5
1Amedium thermal0.262
2Bmedium thermal0.282
3Cmedium thermal0.262
4Dmedium thermal0.312
LS精密化 シェル解像度: 1.958→1.998 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 100 -
Rwork0.223 3752 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7604-0.4817-0.65491.97930.51721.4388-0.0418-0.01430.0272-0.01320.0095-0.2520.01430.21430.0323-0.25210.01620.0199-0.10020.0257-0.109543.03197.58524.833
20.964-0.20070.54780.61620.21921.4961-0.03740.10350.2223-0.1176-0.0049-0.1356-0.1620.12160.0423-0.0913-0.04650.0592-0.13430.1179-0.055227.264120.8490.673
30.84560.05490.40641.5845-0.41530.7677-0.030.2766-0.0362-0.20260.0362-0.14270.00250.1609-0.0062-0.10030.00480.13740.0024-0.0232-0.145133.8786.004-8.923
41.4993-0.6273-0.58261.32060.15130.88120.0051-0.13460.10270.1122-0.0093-0.1125-0.07790.10190.0042-0.1953-0.025-0.0408-0.1786-0.0263-0.207617.817102.83456.413
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 3535 - 357
2X-RAY DIFFRACTION2BB6 - 35310 - 357
3X-RAY DIFFRACTION3CC6 - 35310 - 357
4X-RAY DIFFRACTION4DD6 - 35310 - 357

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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