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- PDB-4p42: Extended-Synaptotagmin 2, SMP - C2A - C2B Domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p42
タイトルExtended-Synaptotagmin 2, SMP - C2A - C2B Domains
要素Extended synaptotagmin-2
キーワードLIPID TRANSPORT / endocytosis / signal transduction / membrane contact site / lipid binding
機能・相同性
機能・相同性情報


endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering / endoplasmic reticulum-plasma membrane contact site / organelle membrane contact site / Glycosphingolipid transport / phosphatidylcholine binding / calcium-dependent phospholipid binding / phosphatidylethanolamine binding / lipid transport / phosphatidylinositol binding / cytoplasmic side of plasma membrane ...endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering / endoplasmic reticulum-plasma membrane contact site / organelle membrane contact site / Glycosphingolipid transport / phosphatidylcholine binding / calcium-dependent phospholipid binding / phosphatidylethanolamine binding / lipid transport / phosphatidylinositol binding / cytoplasmic side of plasma membrane / endocytosis / cadherin binding / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Extended synaptotagmin, C2A domain / Extended synaptotagmin, C2B domain / Extended synaptotagmin, C-terminal C2 domain / : / Synaptotagmin, SMP domain / Synaptotagmin-like mitochondrial-lipid-binding domain / Synaptotagmin-like mitochondrial-lipid-binding domain / Synaptotagmin-like mitochondrial lipid-binding proteins (SMP) domain profile. / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) ...Extended synaptotagmin, C2A domain / Extended synaptotagmin, C2B domain / Extended synaptotagmin, C-terminal C2 domain / : / Synaptotagmin, SMP domain / Synaptotagmin-like mitochondrial-lipid-binding domain / Synaptotagmin-like mitochondrial-lipid-binding domain / Synaptotagmin-like mitochondrial lipid-binding proteins (SMP) domain profile. / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Extended synaptotagmin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Schauder, C.M. / Wu, X. / Reinisch, K.M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structure of a lipid-bound extended synaptotagmin indicates a role in lipid transfer.
著者: Schauder, C.M. / Wu, X. / Saheki, Y. / Narayanaswamy, P. / Torta, F. / Wenk, M.R. / De Camilli, P. / Reinisch, K.M.
履歴
登録2014年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22014年7月16日Group: Database references
改定 2.02023年12月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / refine / refine_hist / struct_keywords / symmetry
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_keywords.text / _symmetry.Int_Tables_number

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extended synaptotagmin-2
B: Extended synaptotagmin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,1146
ポリマ－108,4212
非ポリマー2,6944
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10890 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area41480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.332, 88.382, 167.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Extended synaptotagmin-2 / E-Syt2 / Chr2Syt


分子量: 54210.277 Da / 分子数: 2 / 断片: SMP-C2A-C2B Domains (UNP residues 191-662) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESYT2, FAM62B, KIAA1228 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: A0FGR8
#2: 化合物 ChemComp-EGC / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-{2-[4-(1,1,3,3-TETRAMETHYL-BUTYL)-PHENOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOX Y}-ETHOXY)-ETHANOL / TRITON X-100


分子量: 602.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58O10 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.43 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 1500, MIB Buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792, 1.907
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
21.9071
反射解像度: 2.44→47.14 Å / Num. obs: 41769 / % possible obs: 98.86 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 2.4

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1452) / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.44→47.14 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 21.8 / 位相誤差: 26.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2556 2000 4.79 %
Rwork0.2102 --
obs0.2124 41769 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→47.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7143 0 138 212 7493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037421
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84610025
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1862886
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0311141
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031260
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.44-2.50010.31471400.2832795X-RAY DIFFRACTION100
2.5001-2.56770.33441420.27152810X-RAY DIFFRACTION100
2.5677-2.64330.33421400.26642787X-RAY DIFFRACTION100
2.6433-2.72860.33011410.2662797X-RAY DIFFRACTION100
2.7286-2.82610.3291410.26362820X-RAY DIFFRACTION100
2.8261-2.93920.31731410.25852802X-RAY DIFFRACTION100
2.9392-3.0730.32321410.26162809X-RAY DIFFRACTION100
3.073-3.2350.27581420.25312830X-RAY DIFFRACTION100
3.235-3.43760.30591440.23722828X-RAY DIFFRACTION100
3.4376-3.70290.26521420.21692846X-RAY DIFFRACTION100
3.7029-4.07540.24671430.19342842X-RAY DIFFRACTION100
4.0754-4.66460.19951440.15632877X-RAY DIFFRACTION100
4.6646-5.87520.21281460.16252888X-RAY DIFFRACTION100
5.8752-47.14960.18951530.18633038X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51720.2533-0.1444.6294-1.39891.65480.06150.1430.0041-0.37830.04920.01150.01350.0626-0.07330.3232-0.0314-0.01050.4054-0.00310.3211-64.2322-72.210817.7065
21.57030.9199-0.58671.0059-0.28740.91710.0868-0.0241-0.00960.1361-0.07370.08050.0719-0.1957-0.03850.32570.0378-0.01860.3480.01770.3072-100.518-91.129544.9088
35.1283-1.16621.53772.81270.00492.47990.0540.02490.1574-0.1121-0.1039-0.2305-0.28390.29240.06010.4393-0.06720.02920.3702-0.04910.2954-80.9004-83.810157.1123
43.11181.3354-1.94891.6951-1.05472.8163-0.11970.1837-0.1266-0.08360.0806-0.08310.0634-0.06910.05780.3870.0145-0.06110.3135-0.03430.3364-81.0253-102.540432.5641
55.4547-0.21081.20041.0401-0.43263.00070.31160.5253-0.571-0.4532-0.15670.18480.07620.12420.01440.35820.1569-0.0660.4013-0.05730.4125-91.9379-109.87810.8495
64.4124-4.64091.64847.1649-2.67062.53120.61020.7535-0.0864-0.5901-0.7054-0.3650.53990.66660.02760.41610.142-0.02630.5913-0.04880.3797-87.9265-111.7924.7066
75.7588-1.0973-4.18821.98410.78296.57360.02250.0845-0.0144-0.0007-0.16690.06150.1477-0.27020.14970.24830.0333-0.03360.2960.03660.3268-110.6455-94.885219.6595
84.4285-1.3707-2.43451.8171.5224.21520.09660.29070.1153-0.1184-0.1862-0.0231-0.0462-0.29190.09850.3030.0327-0.0180.32770.04920.2893-109.9061-91.502116.7047
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 163 through 311 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 312 through 507)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 508 through 630 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 164 through 331 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 332 through 424 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 425 through 492 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 493 through 544 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 545 through 630 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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