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万見
- PDB-5k3v: apo-PDX1.3 (Arabidopsis) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k3v
タイトルapo-PDX1.3 (Arabidopsis)
要素Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / pyridoxal 5'-phosphate / vitamin B6 / chromophore / ribose 5-phosphate / LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


response to non-ionic osmotic stress / response to lipid hydroperoxide / chlorophyll metabolic process / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / hyperosmotic salinity response / pyridoxal phosphate biosynthetic process / amino acid metabolic process / response to UV-B / response to salt stress ...response to non-ionic osmotic stress / response to lipid hydroperoxide / chlorophyll metabolic process / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / hyperosmotic salinity response / pyridoxal phosphate biosynthetic process / amino acid metabolic process / response to UV-B / response to salt stress / endomembrane system / response to oxidative stress / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS/SNZ / PdxS/SNZ N-terminal domain / SOR/SNZ family / PdxS/SNZ family signature. / PdxS/SNZ family profile. / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Robinson, G.C. / Kaufmann, M. / Roux, C. / Fitzpatrick, T.B.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A-141117/1 スイス
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structural definition of the lysine swing in Arabidopsis thaliana PDX1: Intermediate channeling facilitating vitamin B6 biosynthesis.
著者: Robinson, G.C. / Kaufmann, M. / Roux, C. / Fitzpatrick, T.B.
履歴
登録2016年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,47720
ポリマ－136,3454
非ポリマー1,13216
水9,026501
1
B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子

B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子

B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)412,43060
ポリマ－409,03412
非ポリマー3,39648
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
crystal symmetry operation7_444x-2/3,y-1/3,z-1/31
crystal symmetry operation8_444-y-2/3,x-y-1/3,z-1/31
crystal symmetry operation9_444-x+y-2/3,-x-1/3,z-1/31
2
A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子

B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子

B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子

B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)412,43060
ポリマ－409,03412
非ポリマー3,39648
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555x+2/3,y+1/3,z+1/31
crystal symmetry operation5_455-y-1/3,x-y+1/3,z+1/31
crystal symmetry operation6_445-x+y-1/3,-x-2/3,z+1/31
Buried area49470 Å2
ΔGint-650 kcal/mol
Surface area105060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.220, 178.220, 116.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROILEILEAA22 - 29422 - 294
21PROPROILEILEBB22 - 29422 - 294
12SERSERASNASNAA21 - 29521 - 295
22SERSERASNASNCC21 - 29521 - 295
13SERSERASNASNAA21 - 29521 - 295
23SERSERASNASNDD21 - 29521 - 295
14PROPROILEILEBB22 - 29422 - 294
24PROPROILEILECC22 - 29422 - 294
15PROPROILEILEBB22 - 29422 - 294
25PROPROILEILEDD22 - 29422 - 294
16LYSLYSLEULEUCC20 - 29620 - 296
26LYSLYSLEULEUDD20 - 29620 - 296

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3 / PLP synthase subunit PDX1.3


分子量: 34086.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PDX13, GIP2, PDX1L3, RSR4, At5g01410, T10O8.120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8L940, pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05 M MES.OH pH 6.5, 0.7 M ammonium sulfate, 5% 1,4-dioxane, 0.01 M Tris.HCl pH 7.0, 0.1 M potassium chloride, and 0.005 M dithiothreitol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97858 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97858 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.461→92.949 Å / Num. obs: 236195 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.14 / Net I/av σ(I): 3.648 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.461-1.543.94.6910.2197.8
1.54-1.634.43.1010.2199.1
1.63-1.7541.9260.4198.7
1.75-1.894.41.0920.7199.4
1.89-2.0740.4831.6198.4
2.07-2.314.60.243.1199.8
2.31-2.674.10.1325.3198.2
2.67-3.274.80.0916.6199.9
3.27-4.624.40.0748.1198.2
4.62-46.4754.70.0413198.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.89 Å46.47 Å
Translation3.89 Å46.47 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NV2

2nv2


解像度: 1.9→92.949 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.247 / SU ML: 0.091 / SU R Cruickshank DPI: 0.1262 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.117
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2033 5406 5 %RANDOM
Rwork0.1767 ---
obs0.178 101932 98.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.26 Å2 / Biso mean: 31.379 Å2 / Biso min: 13.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.18 Å2-0.59 Å20 Å2
2---1.18 Å20 Å2
3---3.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→92.949 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8222 0 57 501 8780
Biso mean--44.14 35.13 -
残基数----1104
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0198569
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.028445
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7231.96711590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.39319329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.02751142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.03423.512373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.498151481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5231585
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.21327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.029931
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021918
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6112.8964501
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6092.8954500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7164.3255647
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A338800.06
12B338800.06
21A340860.06
22C340860.06
31A340300.06
32D340300.06
41B336460.07
42C336460.07
51B337900.06
52D337900.06
61C342160.05
62D342160.05
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 390 -
Rwork0.273 7530 -
all-7920 -
obs--98.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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