PDB-5lns: Crystal structure of Arabidopsis thaliana Pdx1-R5P complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lns

タイトル

Crystal structure of Arabidopsis thaliana Pdx1-R5P complex

要素

Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

キーワード

LYASE / beta/alpha barrel / pyridoxal phosphate synthase / glutamine amidotransferase / vitamin B6 biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

response to non-ionic osmotic stress / response to lipid hydroperoxide / chlorophyll metabolic process / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / hyperosmotic salinity response / pyridoxal phosphate biosynthetic process / amino acid metabolic process / response to UV-B / response to salt stress ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Rodrigues, M.J. / Windeisen, V. / Zhang, Y. / Guedez, G. / Weber, S. / Strohmeier, M. / Hanes, J.W. / Royant, A. / Evans, G. / Sinning, I. ...

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis.
著者: Rodrigues, M.J. / Windeisen, V. / Zhang, Y. / Guedez, G. / Weber, S. / Strohmeier, M. / Hanes, J.W. / Royant, A. / Evans, G. / Sinning, I. / Ealick, S.E. / Begley, T.P. / Tews, I.

履歴

登録	2016年8月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年2月22日	Group: Database references
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lns.cif.gz	241.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lns.ent.gz	192.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lns.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lns_validation.pdf.gz	483.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lns_full_validation.pdf.gz	491.9 KB	表示
XML形式データ	5lns_validation.xml.gz	49 KB	表示
CIF形式データ	5lns_validation.cif.gz	71.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/5lns ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/5lns	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lnrC 5lntC 5lnuC 5lnvC 5lnwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lnw-1 5k2z-2 5lnv-1 5lnu-1 5k3v-1 5lnt-1 2zbt-1 6hx3-1 5k2z-1 6hxg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

ヘテロ分子

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

ヘテロ分子

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
414 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	176.728, 176.728, 114.646
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3 / PLP synthase subunit PDX1.3 分子量: 34215.297 Da / 分子数: 4 / 断片: PLP synthase subunit Pdx1.3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PDX13, GIP2, PDX1L3, RSR4, At5g01410, T10O8.120 / プラスミド: pET-21a-d(+) / 詳細 (発現宿主): NdeI/XhoI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8L940, pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing)
#2: 糖	ChemComp-5RP / RIBULOSE-5-PHOSPHATE / リブロ-ス5-りん酸タイプ: saccharide / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁O₈P
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 859 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.51 % / Mosaicity: 0.423 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH7.5, 0.5 M sodium citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.976 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月23日 / 詳細: torodial focusing mirrors

放射

モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.91→25 Å / Num. obs: 103410 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 21.27 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/av σ(I): 15.192 / Net I/σ(I): 24.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.91-1.94	3.7	0.308	1	100
1.94-1.96	3.7	0.275	1	100
1.96-1.99	3.7	0.238	1	100
1.99-2.02	3.7	0.213	1	100
2.02-2.06	3.7	0.195	1	99.9
2.06-2.09	3.7	0.172	1	100
2.09-2.13	3.8	0.153	1	100
2.13-2.17	3.8	0.137	1	100
2.17-2.22	3.8	0.129	1	99.9
2.22-2.26	3.8	0.123	1	100
2.26-2.32	3.8	0.106	1	100
2.32-2.37	3.8	0.099	1	100
2.37-2.44	3.8	0.09	1	100
2.44-2.51	3.8	0.085	1	100
2.51-2.59	3.8	0.077	1	100
2.59-2.68	3.9	0.068	1	100
2.68-2.79	3.8	0.061	1	100
2.79-2.92	3.9	0.059	1	100
2.92-3.07	3.9	0.052	1	100
3.07-3.26	3.9	0.046	1	100
3.26-3.52	3.9	0.039	1	100
3.52-3.87	3.9	0.036	1	100
3.87-4.43	3.9	0.031	1	100
4.43-5.57	3.8	0.027	1	99.9
5.57-25	3.7	0.026	1	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.10_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.91→24.786 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 18.93

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1886	5151	4.98 %
R_work	0.1579	-	-
obs	0.1595	103359	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.57 Å² / B_iso mean: 24.7207 Å² / B_iso min: 5.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.91→24.786 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8211	0	124	859	9194
B_iso mean	-	-	31.68	32.54	-
残基数	-	-	-	-	1099

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8651
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8	11702
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1331
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1550
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.854	3262

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.91-1.9317	0.3102	170	0.2513	3259	3429	100
1.9317-1.9544	0.2646	160	0.2318	3272	3432	100
1.9544-1.9783	0.232	191	0.2107	3273	3464	100
1.9783-2.0033	0.2504	182	0.1905	3252	3434	100
2.0033-2.0296	0.2181	184	0.1845	3278	3462	100
2.0296-2.0574	0.1809	156	0.1798	3292	3448	100
2.0574-2.0868	0.2262	164	0.1883	3279	3443	100
2.0868-2.1179	0.2526	182	0.1861	3259	3441	100
2.1179-2.151	0.2248	157	0.1776	3291	3448	100
2.151-2.1863	0.2387	162	0.1695	3319	3481	100
2.1863-2.2239	0.1954	172	0.1707	3254	3426	100
2.2239-2.2643	0.2352	179	0.1765	3295	3474	100
2.2643-2.3079	0.2305	165	0.1697	3203	3368	100
2.3079-2.3549	0.1854	174	0.1603	3341	3515	100
2.3549-2.4061	0.189	186	0.161	3246	3432	100
2.4061-2.462	0.2279	176	0.1605	3276	3452	100
2.462-2.5235	0.1912	164	0.16	3260	3424	100
2.5235-2.5917	0.2162	203	0.1664	3285	3488	100
2.5917-2.6679	0.2276	156	0.1633	3278	3434	100
2.6679-2.7539	0.1719	176	0.1531	3268	3444	100
2.7539-2.8522	0.1979	170	0.1578	3297	3467	100
2.8522-2.9662	0.2142	168	0.1624	3279	3447	100
2.9662-3.1009	0.1869	155	0.1665	3302	3457	100
3.1009-3.2641	0.189	181	0.1618	3251	3432	100
3.2641-3.4681	0.1805	147	0.1506	3307	3454	100
3.4681-3.735	0.1661	185	0.1405	3274	3459	100
3.735-4.1094	0.1474	180	0.1274	3261	3441	100
4.1094-4.7005	0.1356	165	0.1184	3297	3462	100
4.7005-5.9088	0.1375	177	0.1428	3256	3433	100
5.9088-24.7883	0.1665	164	0.149	3204	3368	97

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