PDB-4p26: Structure of the P domain from a GI.7 Norovirus variant in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p26

タイトル

Structure of the P domain from a GI.7 Norovirus variant in complex with A-type 2 HBGA

要素

P domain of VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / P domain / Capsid protein / Norovirus / HBGA / A type 2 / Type 2 HBGA / Secretor

機能・相同性

機能・相同性情報

Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Viral coat protein subunit / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Norovirus Hu/GI.7/TCH-060/USA/2003 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Shanker, S. / Czako, R. / Sankaran, B. / Atmar, R. / Estes, M. / Prasad, B.V.V.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)		米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)		米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)		米国

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Structural analysis of determinants of histo-blood group antigen binding specificity in genogroup I noroviruses.
著者: Shanker, S. / Czako, R. / Sankaran, B. / Atmar, R.L. / Estes, M.K. / Prasad, B.V.

履歴

登録	2014年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月21日	Group: Database references
改定 2.0	2019年11月27日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / citation / entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site_gen Item: _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id ..._atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 3.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_symm_contact / refine_hist / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.1	2020年8月5日	Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule_features / struct_conn / Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.2	2023年9月27日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p26.cif.gz	483.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p26.ent.gz	401 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p26.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4p26_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4p26_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	4p26_validation.xml.gz	52.9 KB	表示
CIF形式データ	4p26_validation.cif.gz	76.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/4p26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/4p26	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4p12SC 4p1vC 4p25C 4p2nC 4p3iC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pun-d 4p3i-2 4p1v-2 4rdk-d 6n6q-3 5zvc-d 6c9d-1 5lfe-d 3nma-d 5hzb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: P domain of VP1

B: P domain of VP1

C: P domain of VP1

D: P domain of VP1

ヘテロ分子

133 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: P domain of VP1

B: P domain of VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: P domain of VP1

D: P domain of VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.580, 63.260, 90.430
Angle α, β, γ (deg.)	99.25, 97.82, 119.62
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質

P domain of VP1

分子量: 32617.451 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Norovirus Hu/GI.7/TCH-060/USA/2003 (ウイルス)
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G8FL04

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide with branches / 参照: Blood group A H type 2 antigen, beta anomer

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2[DGalpNAca1-3]DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,4,3/[a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5_2NCC/3=O]/1-2-3-4/a4-b1_b2-c1_b3-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-GalpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 973 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Sodium Formate 0.1M Bis Tris Propane 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97935 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→34.024 Å / Num. obs: 87902 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 9.1

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.1_1168) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4P12

4p12

解像度: 1.9→34.024 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 18.48 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.189	4403	5.01 %	Random
R_work	0.1597	-	-	-
obs	0.1612	87893	96.81 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.024 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8743	0	150	973	9866

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	9151
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.315	12541
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.563	3326
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	1419
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1645

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.2496	150	0.1931	2776	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9216-1.9442	0.2419	132	0.1868	2723	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9442-1.9679	0.2303	173	0.1823	2736	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9679-1.9928	0.2207	140	0.1786	2736	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9928-2.019	0.2498	157	0.1764	2772	X-RAY DIFFRACTION	96
2.019-2.0467	0.2331	140	0.1772	2781	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0467-2.0759	0.2297	122	0.1751	2764	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0759-2.1069	0.2232	157	0.1714	2774	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1069-2.1398	0.1836	138	0.1683	2735	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1398-2.1749	0.2059	130	0.161	2777	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1749-2.2124	0.2103	141	0.163	2760	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2124-2.2526	0.2027	145	0.1629	2793	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2526-2.296	0.1907	142	0.1698	2741	X-RAY DIFFRACTION	97
2.296-2.3428	0.1917	158	0.1678	2853	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3428-2.3937	0.2257	140	0.1693	2721	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3937-2.4494	0.2293	153	0.1693	2801	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4494-2.5106	0.2182	172	0.1732	2774	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5106-2.5785	0.2072	144	0.1735	2743	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5785-2.6543	0.2234	144	0.1689	2828	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6543-2.74	0.2042	135	0.1733	2818	X-RAY DIFFRACTION	97
2.74-2.8379	0.2043	132	0.1655	2772	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8379-2.9514	0.2123	158	0.1667	2781	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9514-3.0857	0.2075	136	0.1659	2821	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0857-3.2482	0.1816	148	0.1497	2807	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2482-3.4516	0.1648	154	0.1437	2800	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4516-3.7178	0.1641	166	0.1448	2827	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7178-4.0913	0.1358	165	0.1369	2781	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0913-4.682	0.123	155	0.1222	2799	X-RAY DIFFRACTION	98
4.682-5.8939	0.1589	131	0.1435	2851	X-RAY DIFFRACTION	98
5.8939-34.0295	0.188	145	0.177	2845	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6657	-0.0712	0.3858	2.465	-0.0789	1.632	0.0367	0.0809	0.1348	0.0161	-0.0674	0.1208	-0.2153	-0.0197	-0.0016	0.1149	-0.0213	0.0145	0.1044	0.0234	0.0792	18.7362	27.3602	57.9715
2	2.266	-0.3468	-0.3838	1.0229	0.094	1.2111	-0.002	-0.3258	0.0216	0.1553	0.0097	-0.0849	0.0332	0.1911	-0.0046	0.1502	-0.0169	-0.0198	0.1329	0.0117	0.0624	30.9224	18.154	67.7657
3	1.9902	-0.0766	-0.2111	1.4936	0.0902	2.1541	-0.0069	-0.1774	-0.1766	0.0663	-0.0241	-0.1837	0.1355	0.2365	0.0089	0.0866	0.0217	-0.0252	0.1121	0.0241	0.1168	39.9905	9.9839	60.059
4	1.8273	-0.3327	-0.9845	1.3037	0.2469	0.6812	-0.0552	-0.1823	-0.1422	0.1506	0.0346	0.0219	0.0556	0.1022	0.0335	0.1158	-0.0122	-0.0006	0.1074	0.0213	0.089	20.1564	13.3712	65.786
5	3.2542	0.4654	0.0649	1.9427	0.0062	2.4215	0.0462	-0.0642	0.3305	0.0159	-0.0617	0.1812	-0.1517	-0.2498	0.0204	0.1276	0.0119	0.0271	0.074	0.0053	0.1187	9.8165	28.0573	63.3036
6	2.6574	0.278	-1.4837	3.2894	1.7453	4.8027	0.0402	-0.0542	0.0221	0.1522	-0.0597	0.2745	0.024	-0.416	0.0099	0.1	0.0263	-0.0108	0.1378	0.017	0.1388	4.2174	25.3963	62.6548
7	0.7861	0.5627	0.2995	1.6882	0.7802	1.4633	0.0029	0.0322	0.0773	-0.0149	-0.0064	-0.0125	-0.0847	0.0404	0.0018	0.0714	-0.0128	0.0104	0.0847	0.0125	0.0709	31.5384	31.1785	44.9923
8	1.6289	-0.6154	0.29	2.4905	-1.0999	2.6012	0.0119	0.1301	-0.214	-0.148	-0.0311	-0.0175	0.2288	0.0513	0.0666	0.0726	-0.0001	0.0067	0.1023	-0.0333	0.0949	35.1017	15.0516	38.7819
9	0.5565	0.2469	-0.1604	2.1596	0.2265	0.9854	-0.0015	0.0702	0.0773	-0.2213	0.0017	-0.153	-0.1513	0.1261	-0.0037	0.0903	-0.0221	0.0104	0.1307	0.0068	0.1079	40.1745	33.8077	42.6574
10	0.6775	0.0763	0.165	3.2611	0.2366	1.7067	-0.0152	-0.1337	0.3311	0.1595	0.0172	0.0293	-0.1081	-0.024	0.016	0.1414	-0.049	0.0019	0.0882	-0.022	0.0928	31.218	37.9142	52.3054
11	0.9342	0.1277	-0.2355	1.0806	-0.1361	0.7097	-0.0013	-0.0969	0.1556	0.1438	-0.0042	-0.0422	-0.0627	0.0385	0.0079	0.1516	-0.0365	-0.0014	0.1024	-0.016	0.1672	38.0859	47.3711	61.0227
12	4.5788	-0.3407	0.7871	2.0145	0.3405	0.7949	-0.015	0.0375	0.6725	-0.0389	-0.0503	-0.0012	-0.2198	0.0377	0.0593	0.2	-0.0182	0.0195	0.1295	-0.0273	0.2023	33.8147	54.046	58.5576
13	0.7628	-0.0762	0.1538	0.8774	-0.4396	2.0892	-0	-0.0044	0.0503	-0.089	-0.0105	-0.014	0.0262	-0.0126	0.0118	0.0856	0.015	0.0012	0.072	-0.0089	0.0816	30.0701	54.4287	101.467
14	1.7912	0.5215	-0.4608	1.9496	-0.6335	2.0049	0.0232	-0.2156	0.0749	0.1117	-0.0318	0.0848	-0.079	-0.0181	0.014	0.0747	0.0105	-0.0065	0.1209	-0.0229	0.0697	23.6931	51.2849	114.6612
15	3.3475	-0.2885	-1.1806	1.8783	-0.6142	2.3951	0.0083	-0.1123	0.4525	0.3382	0.1243	0.4426	-0.4395	-0.5642	0.0225	0.1855	0.0697	0.0156	0.1964	0.0098	0.1591	17.4322	62.7329	107.234
16	1.0181	-0.2085	-0.2738	1.3667	-0.7601	1.9876	0.0308	0.0119	0.0988	-0.0084	-0.0391	-0.0608	-0.1104	0.0629	0.0026	0.1173	0.0055	-0.008	0.0887	-0.0033	0.0762	29.6971	59.2182	93.5255
17	1.5272	0.4508	-0.4118	2.5588	0.0564	2.1553	-0.051	0.2025	0.0376	-0.2136	-0.0109	0.1658	-0.0021	-0.2252	0.0649	0.141	0.0192	-0.0119	0.1309	0.0164	0.1055	27.7621	56.9738	78.757
18	2.4122	0.7175	-0.4665	1.9649	-1.084	1.749	0.0332	0.1539	0.1804	-0.2101	-0.0386	0.1208	0.043	-0.0665	-0.0136	0.2018	0.0434	-0.016	0.1267	0.0015	0.0834	28.759	59.0201	78.0353
19	2.415	0.3351	0.0328	1.9053	0.3535	1.1918	0.0101	-0.0841	-0.0925	-0.0095	0.0178	-0.1162	0.0318	0.0677	0.0076	0.086	0.0127	-0.0027	0.0858	-0.0045	0.0811	38.286	33.6086	97.8237
20	3.5229	0.4876	-0.2064	2.9245	0.1331	3.4215	0.0298	0.2631	-0.1944	-0.1941	0.0863	0.3258	0.1162	-0.2087	-0.0859	0.1172	0.0089	-0.0565	0.1303	-0.005	0.155	13.429	31.4495	94.2955
21	3.1569	-0.8285	-1.1456	2.4144	0.5634	2.6343	-0.0671	-0.0824	-0.0479	-0.0619	-0.0333	0.0499	0.0237	0.0087	0.0795	0.0813	-0.0197	-0.023	0.0845	-0.011	0.0921	21.1563	31.2125	101.7771
22	2.2989	0.5884	-1.21	2.1223	1.8473	2.9594	0.2295	0.199	0.3985	-0.2154	-0.4358	0.6904	-0.4339	-0.3264	-0.1303	0.1167	0.0538	-0.0391	0.1989	-0.0304	0.2748	10.3939	41.3593	105.2833
23	2.3767	-0.4354	-0.2607	2.4206	-0.2603	1.5533	-0.0415	-0.0984	-0.1834	0.0765	-0.057	0.0895	0.1171	-0.1208	0.0848	0.0898	-0.0096	0.003	0.1294	-0.0075	0.098	17.4398	27.8346	105.6645
24	3.04	-0.6717	-0.0499	1.1677	0.1762	1.6685	0.1578	0.0877	-0.5199	-0.0194	-0.0326	-0.1678	0.237	-0.0618	-0.1172	0.1617	0.0246	-0.0018	0.1218	0.0029	0.1669	38.417	23.4935	99.2221
25	2.8126	0.0881	-0.6443	1.3994	0.0403	3.4059	0.0373	-0.1724	-0.0174	0.0337	-0.0673	-0.0734	-0.1898	0.3383	0.0418	0.0713	0.0088	-0.022	0.0858	-0.0223	0.0941	36.3948	35.9432	99.36
26	3.0386	0.1452	0.2554	3.0555	0.4497	3.698	0.0503	0.0486	0.0329	-0.0578	0.0426	-0.1942	-0.0069	0.2837	-0.0563	0.1126	0.0165	0.0414	0.1262	-0.0129	0.1222	52.1717	34.5436	96.2577
27	1.8765	-0.4763	0.023	2.4906	0.3654	2.4388	0.0161	-0.1101	-0.0512	-0.1345	0.0502	-0.2937	0.0903	0.2813	-0.1021	0.1025	0.0155	0.0142	0.1362	-0.0061	0.1708	54.1925	33.4811	98.1641

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 230 through 252 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 253 through 331 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 332 through 397 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 398 through 448 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 449 through 500 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 501 through 526 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 232 through 331 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 332 through 377 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 378 through 431 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 432 through 465 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 466 through 508 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 509 through 526 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 231 through 317 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 318 through 387 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 388 through 407 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 408 through 465 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 466 through 500 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 501 through 526 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 231 through 289 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 290 through 319 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 320 through 339 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 340 through 354 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 355 through 397 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 398 through 431 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 432 through 458 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 459 through 500 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 501 through 526 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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