PDB-5hzb: Crystal structure of GII.10 P domain in complex with 2-fucosyllac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hzb

タイトル

Crystal structure of GII.10 P domain in complex with 2-fucosyllactose (2'FL)

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Norovirus capsid / P domain / HMO / human milk / 2-fucosyllactose / Virus

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus GII.10 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.553 Å

データ登録者

Hansman, G.S. / Koromyslova, A.D. / Singh, B.K.S.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Norovirus Inhibition by Human Milk Oligosaccharides.
著者: Weichert, S. / Koromyslova, A. / Singh, B.K. / Hansman, S. / Jennewein, S. / Schroten, H. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2016年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月27日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hzb.cif.gz	232.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hzb.ent.gz	182.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hzb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hzb_validation.pdf.gz	845.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hzb_full_validation.pdf.gz	846.1 KB	表示
XML形式データ	5hzb_validation.xml.gz	30.4 KB	表示
CIF形式データ	5hzb_validation.cif.gz	46.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/5hzb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/5hzb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5hzaC 3onuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z4w-d 5hza-d 3ony-2 4z4t-d 4z4v-d 4z4y-d 3pa2-d 5bsy-d 5zvc-d 4z4u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

ヘテロ分子

69.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.680, 78.900, 71.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.290, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	LYS	LYS	chain A	A	A	225 - 538	2 - 315
2	SER	SER	chain B	B	B	224 - 538	1 - 315

#1: タンパク質

Capsid protein

分子量: 34506.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Norovirus GII.10 (ウイルス) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F4T5

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2DGalpb1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b2-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 719 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.82 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Sodium Nitrate, Bis-Tris Propane, PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID30B / 波長: 0.976 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→42.81 Å / Num. obs: 94121 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / B_iso Wilson estimate: 16.73 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.034 / R_sym value: 0.04 / Net I/σ(I): 15.47

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.55-1.65	0.282	2.59	1	93.9
1.65-1.76	0.182	4.22	1	96.6
1.76-1.9	0.117	6.76	1	93.6
1.9-2.08	0.08	11.14	1	80.9
2.08-2.33	0.054	16.49	1	88.9
2.33-2.69	0.035	23.18	1	95.7
2.69-3.29	0.023	32.28	1	95.7
3.29-4.64	0.018	43.87	1	89.8
4.64-44.052	0.015	46.67	1	95.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.43 Å	42.81 Å
Translation	5.43 Å	42.81 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3onu

3onu

解像度: 1.553→42.808 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.2 / 位相誤差: 18.97

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1953	7571	4.98 %
R_work	0.1636	-	-
obs	0.1652	94095	75.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 65.91 Å² / B_iso mean: 22.5959 Å² / B_iso min: 9.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.553→42.808 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4765	0	49	719	5533
B_iso mean	-	-	29.41	32.75	-
残基数	-	-	-	-	621

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5003
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.089	6861
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	776
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	903
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.621	1796

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2762	X-RAY DIFFRACTION	4.167	TORSIONAL
1	2	B	2762	X-RAY DIFFRACTION	4.167	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5532-1.5709	0.251	227	0.259	4290	4517	67
1.5709-1.5893	0.2569	241	0.2364	4927	5168	76
1.5893-1.6087	0.2319	242	0.2243	4590	4832	72
1.6087-1.6291	0.2438	261	0.2204	4860	5121	77
1.6291-1.6505	0.252	264	0.2091	5063	5327	79
1.6505-1.6731	0.2116	256	0.1959	4951	5207	79
1.6731-1.697	0.2221	263	0.1884	5076	5339	79
1.697-1.7224	0.2309	256	0.1955	4963	5219	78
1.7224-1.7493	0.2121	271	0.1857	5061	5332	79
1.7493-1.778	0.192	265	0.1711	5131	5396	80
1.778-1.8086	0.2125	276	0.1698	5046	5322	81
1.8086-1.8415	0.1772	270	0.1616	5124	5394	80
1.8415-1.8769	0.1999	256	0.1836	4881	5137	75
1.8769-1.9153	0.3211	184	0.2526	3467	3651	55
1.9153-1.9569	0.2495	174	0.2422	3496	3670	55
1.9569-2.0024	0.2219	237	0.1815	4608	4845	72
2.0024-2.0525	0.2172	248	0.1818	4635	4883	72
2.0525-2.108	0.2371	207	0.1838	3841	4048	61
2.108-2.17	0.1867	256	0.1701	5023	5279	79
2.17-2.2401	0.2007	248	0.184	4694	4942	74
2.2401-2.3201	0.2096	214	0.1823	4285	4499	67
2.3201-2.413	0.2142	265	0.1531	5291	5556	83
2.413-2.5228	0.2021	276	0.1583	5295	5571	83
2.5228-2.6558	0.1813	280	0.163	5098	5378	80
2.6558-2.8222	0.1908	261	0.1707	4742	5003	75
2.8222-3.04	0.1917	276	0.1547	5288	5564	83
3.04-3.3458	0.2044	284	0.1564	5320	5604	84
3.3458-3.8297	0.1879	245	0.1424	4953	5198	77
3.8297-4.824	0.1465	274	0.1193	5097	5371	80
4.824-42.8246	0.1531	294	0.134	5455	5749	86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2571	-0.069	0.0464	0.0575	-0.0213	0.7446	-0.04	0.0497	0.0149	-0.0077	-0.0334	0.0157	-0.1161	0.0786	-0.0006	0.1467	-0.0118	-0.0133	0.1039	0.0026	0.1245	8.5214	8.8102	11.2471
2	0.4185	-0.0202	-0.067	0.2188	-0.2084	0.4025	-0.0299	0.0088	0.0355	0.0139	0.018	0.0329	-0.1174	-0.0684	-0	0.149	0.0085	-0.0057	0.1025	-0.0034	0.1178	1.2699	9.0418	17.1073
3	0.3683	0.027	-0.0584	0.2852	-0.1132	0.2594	-0.0279	0.0662	-0.0962	-0.0719	0.0084	-0.0218	0.0256	0.105	0.0441	0.1474	-0.014	0.0368	0.2009	-0.0186	0.1126	15.857	-2.4309	-5.7041
4	0.0164	0.0245	-0.0162	0.0219	-0.0046	-0.0053	-0.0135	0.3513	0.3356	-0.0847	0.031	0.0926	0.0175	0.2334	0.0012	0.1613	0.0193	0.0384	0.329	0.0096	0.2052	33.7285	-0.3868	10.686
5	0.0181	-0.0176	0.0011	0.0073	-0.0044	0.0119	-0.0511	-0.0523	0.0136	-0.0528	-0.0122	-0.0216	-0.0884	-0.0132	-0	0.14	0.006	-0.0021	0.1199	0.0053	0.1309	22.0076	1.9184	21.0789
6	0.0131	0.0092	-0.0181	-0.0138	-0.0019	0.0076	0.0506	-0.062	0.0699	0.0049	0.042	0.023	0.0048	0.0203	0	0.105	-0.0093	0.0172	0.1404	-0.0093	0.136	21.9442	3.2106	27.2548
7	0.0116	0.0039	-0.0095	0.0119	-0.0218	0.0116	0.0833	-0.1556	-0.1074	0.0331	-0.0473	-0.0718	0.1026	0.1699	-0	0.1527	0.0139	-0.0291	0.2372	-0.0036	0.1768	29.4112	-7.6414	36.3279
8	0.0005	0.0228	0.0052	-0.007	0.021	0.0289	0.0537	0.0755	-0.1232	-0.0352	0.0238	-0.0155	0.0405	0.1029	-0	0.13	0.0277	0.0062	0.1527	-0.0181	0.1689	23.6585	-11.1169	18.2591
9	0.0657	-0.0019	0.0443	0.0563	0.0177	0.1082	0.0992	-0.1498	-0.1597	0.0438	-0.0585	0.0924	0.0367	0.0055	0.0161	0.1311	-0.0397	-0.0203	0.1237	0.0153	0.2198	1.3027	-14.8845	28.5622
10	0.2318	0.0905	-0.1584	0.0427	-0.0468	0.3225	0.1321	0.1026	-0.2775	0.0653	0.0387	0.0744	0.2577	-0.1315	0.0384	0.2175	-0.0003	-0.054	0.1493	-0.0292	0.251	5.9954	-19.1647	21.1177
11	0.0297	-0.0395	0.0092	0.0894	-0.0009	0.1459	0.1812	0.0694	-0.1499	-0.1147	0.0472	0.0047	0.1016	0.0614	0.0344	0.1968	0.0322	-0.0474	0.1063	-0.0241	0.2166	17.3638	-20.4512	20.9971
12	0.0419	-0.0441	-0.034	0.0528	-0.0455	0.0563	-0.0301	-0.0007	-0.0986	-0.0048	0.0401	0.0311	0.0088	0.0218	0.0001	0.1266	0.006	-0.0038	0.1139	0.0089	0.1365	4.5341	-8.6487	25.6888

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 225 through 327 )	A	225 - 327
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 328 through 455 )	A	328 - 455
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 456 through 538 )	A	456 - 538
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 224 through 233 )	B	224 - 233
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 234 through 241 )	B	234 - 241
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 242 through 251 )	B	242 - 251
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 252 through 261 )	B	252 - 261
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 262 through 282 )	B	262 - 282
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 283 through 301 )	B	283 - 301
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 302 through 317 )	B	302 - 317
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 318 through 327 )	B	318 - 327
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 328 through 343 )	B	328 - 343

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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