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- PDB-4z4w: Crystal structure of GII.10 P domain in complex with 4.7mM fucose -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4z4w | ||||||
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Title | Crystal structure of GII.10 P domain in complex with 4.7mM fucose | ||||||
![]() | Capsid protein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / fucose / norovirus / protruding domain | ||||||
Function / homology | ![]() Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Beta Barrel / Mainly Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Koromyslova, A.D. / Leuthold, M.M. / Hansman, G.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: The sweet quartet: Binding of fucose to the norovirus capsid. Authors: Koromyslova, A.D. / Leuthold, M.M. / Bowler, M.W. / Hansman, G.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 213 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 454.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 31.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 48.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4z4rC ![]() 4z4sC ![]() 4z4tC ![]() 4z4uC ![]() 4z4vC ![]() 4z4yC ![]() 4z4zC ![]() 3onuS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 34506.660 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Protruding domain, UNP residues 224-538 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Sugar | ChemComp-FUL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: sodium nitrate, bis-tris propane, PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Feb 20, 2015 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.984463 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→43.41 Å / Num. obs: 63989 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.07013 / Net I/σ(I): 16.61 |
Reflection shell | Resolution: 1.798→1.863 Å / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.2337 / Mean I/σ(I) obs: 5.99 / Rejects: 0 / % possible all: 94.25 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3ONU Resolution: 1.8→43.4 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: NONE / σ(F): 0.73 / Phase error: 18.53 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 64.32 Å2 / Biso mean: 17.9218 Å2 / Biso min: 3.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→43.4 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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