PDB-4z4w: Crystal structure of GII.10 P domain in complex with 4.7mM fucose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z4w

タイトル

Crystal structure of GII.10 P domain in complex with 4.7mM fucose

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / fucose / norovirus / protruding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus GII.10 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Koromyslova, A.D. / Leuthold, M.M. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: Virology / 年: 2015
タイトル: The sweet quartet: Binding of fucose to the norovirus capsid.
著者: Koromyslova, A.D. / Leuthold, M.M. / Bowler, M.W. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2015年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月3日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / diffrn_radiation_wavelength ...chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z4w.cif.gz	267.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z4w.ent.gz	213 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z4w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4z4w_validation.pdf.gz	454.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z4w_full_validation.pdf.gz	454.4 KB	表示
XML形式データ	4z4w_validation.xml.gz	31.2 KB	表示
CIF形式データ	4z4w_validation.cif.gz	48.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z4w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z4w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z4rC 4z4sC 4z4tC 4z4uC 4z4vC 4z4yC 4z4zC 3onuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hzb-d 3onu-d 4z4z-d 5hza-d 3q39-d 4z4v-d 4z4t-d 3ony-2 3q6q-d 1uvm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

ヘテロ分子

69.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.290, 79.344, 69.576
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.780, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	LYS	LYS	chain A	A	A	225 - 538	2 - 315
2	SER	SER	chain B	B	B	224 - 538	1 - 315

#1: タンパク質

Capsid protein

分子量: 34506.660 Da / 分子数: 2 / 断片: Protruding domain, UNP residues 224-538 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Norovirus GII.10 (ウイルス) / プラスミド: pMBP / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F4T5

#2: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#3: 糖

ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス

タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₅

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 814 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.05 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: sodium nitrate, bis-tris propane, PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.984463 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月20日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984463 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→43.41 Å / Num. obs: 63989 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.07013 / Net I/σ(I): 16.61
反射シェル	解像度: 1.798→1.863 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.2337 / Mean I/σ(I) obs: 5.99 / Rejects: 0 / % possible all: 94.25

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.13 Å	43.41 Å
Translation	7.13 Å	43.41 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ONU

3onu

解像度: 1.8→43.4 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0.73 / 位相誤差: 18.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1909	6023	5.02 %
R_work	0.1546	114025	-
obs	0.1564	63970	94.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.32 Å² / B_iso mean: 17.9218 Å² / B_iso min: 3.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→43.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4756	0	23	814	5593
B_iso mean	-	-	20.44	28.37	-
残基数	-	-	-	-	622

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4971
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.148	6821
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	768
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	902
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.251	1764

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2795	X-RAY DIFFRACTION	6.344	TORSIONAL
1	2	B	2795	X-RAY DIFFRACTION	6.344	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7984-1.8188	0.2768	165	0.2905	3117	3282	77
1.8188-1.8402	0.2786	196	0.2662	3724	3920	92
1.8402-1.8627	0.2938	202	0.2325	3793	3995	93
1.8627-1.8862	0.2569	193	0.2213	3798	3991	94
1.8862-1.9111	0.2939	191	0.2184	3714	3905	94
1.9111-1.9372	0.2173	193	0.191	3832	4025	94
1.9372-1.9649	0.2175	205	0.1734	3816	4021	95
1.9649-1.9942	0.1807	205	0.1593	3932	4137	96
1.9942-2.0254	0.1815	200	0.1545	3838	4038	96
2.0254-2.0586	0.1942	205	0.1517	3858	4063	96
2.0586-2.0941	0.1732	207	0.1532	3900	4107	96
2.0941-2.1322	0.1859	207	0.1526	3810	4017	96
2.1322-2.1732	0.2151	204	0.1533	3923	4127	96
2.1732-2.2176	0.1879	206	0.1577	3856	4062	96
2.2176-2.2658	0.2135	199	0.1704	3754	3953	93
2.2658-2.3185	0.1735	206	0.154	3854	4060	95
2.3185-2.3765	0.2062	194	0.148	3755	3949	94
2.3765-2.4407	0.2149	197	0.1526	3713	3910	92
2.4407-2.5125	0.2051	207	0.1505	3830	4037	94
2.5125-2.5936	0.1719	200	0.1454	3725	3925	92
2.5936-2.6863	0.2112	203	0.1481	3860	4063	96
2.6863-2.7938	0.1614	207	0.1453	3934	4141	97
2.7938-2.921	0.1922	205	0.1445	3884	4089	96
2.921-3.0749	0.2021	205	0.1552	3862	4067	96
3.0749-3.2675	0.1877	205	0.1473	3880	4085	96
3.2675-3.5197	0.1712	201	0.1463	3795	3996	94
3.5197-3.8737	0.1729	197	0.1391	3771	3968	93
3.8737-4.4337	0.1436	206	0.1249	3757	3963	93
4.4337-5.5842	0.1625	202	0.1188	3812	4014	94
5.5842-43.4234	0.1769	210	0.1478	3928	4138	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7852	-0.1251	-0.0097	0.8288	0.1298	1.3644	-0.03	0.0504	0.0827	-0.0361	-0.0026	0.0043	-0.1118	0.0695	0.0143	0.075	-0.0123	-0.0104	0.0503	0.0129	0.0574	73.6955	8.9861	11.0081
2	0.8637	-0.0268	-0.1922	0.7912	-0.1349	0.8211	-0.023	0.0203	0.0969	0.0109	0.0397	0.0385	-0.1537	-0.0738	-0.0045	0.0731	0.0064	-0.0059	0.0422	0.0075	0.0684	66.6552	9.1445	17.0969
3	1.182	0.2226	-0.228	0.4652	-0.1049	1.1588	-0.0764	0.1978	-0.1253	-0.1947	0.0503	-0.0853	0.1127	0.1879	0.0365	0.1605	-0.0197	0.0339	0.1842	-0.0019	0.0861	81.0358	-2.576	-5.981
4	1.4476	0.2853	0.0334	1.0857	-0.1215	0.842	0.0499	0.0298	-0.1323	0.0221	-0.0005	-0.0374	0.1071	0.0236	-0.0238	0.0731	0.0072	-0.0134	0.0415	0.0032	0.0702	82.6483	-9.7116	23.0678
5	1.0694	-0.298	0.2524	0.8439	-0.198	0.6333	-0.0101	-0.1339	-0.209	0.0543	0.0471	0.063	0.0893	-0.0807	-0.0206	0.0809	-0.0115	0.006	0.0623	0.0296	0.0924	72.1813	-11.793	29.1661
6	1.4539	-0.1029	-0.2333	0.671	0.1785	0.9889	0.0481	0.0563	0.0339	-0.0098	0.0138	-0.2292	-0.0633	0.1725	-0.0421	0.0727	-0.0051	-0.0079	0.0845	-0.0051	0.1243	98.8364	0.1694	23.5006

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 225 through 332 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 333 through 455 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 456 through 538 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 224 through 327 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 328 through 426 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 427 through 538 )	B

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)