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万見
- PDB-4p23: J809.B5 TCR bound to IAb/3K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p23
タイトルJ809.B5 TCR bound to IAb/3K
要素
  • 3K peptide and MHC IAb beta chain,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain
  • H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
  • J809.B5 TCR V alpha chain (Va2.8)
  • J809.B5 TCR V beta chain (Vb8.2)
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR MHC peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / antigen processing and presentation of peptide antigen / B cell affinity maturation / protein antigen binding / positive regulation of T cell differentiation / antigen processing and presentation / response to type II interferon / toxic substance binding ...positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / antigen processing and presentation of peptide antigen / B cell affinity maturation / protein antigen binding / positive regulation of T cell differentiation / antigen processing and presentation / response to type II interferon / toxic substance binding / multivesicular body / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / cellular response to type II interferon / adaptive immune response / early endosome / lysosome / immune response / external side of plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain / H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Stadinski, B.D. / Huseby, E.S. / Trenh, P. / Stern, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health 米国
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2014
タイトル: Effect of CDR3 Sequences and Distal V Gene Residues in Regulating TCR-MHC Contacts and Ligand Specificity.
著者: Stadinski, B.D. / Trenh, P. / Duke, B. / Huseby, P.G. / Li, G. / Stern, L.J. / Huseby, E.S.
履歴
登録2014年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 2.02023年12月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: J809.B5 TCR V alpha chain (Va2.8)
B: J809.B5 TCR V beta chain (Vb8.2)
C: H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
D: 3K peptide and MHC IAb beta chain,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4094
ポリマ－94,4094
非ポリマー00
水6,467359
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11340 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area36160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)239.121, 73.514, 65.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.580, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-215-

HOH

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要素

#1: タンパク質 J809.B5 TCR V alpha chain (Va2.8)


分子量: 22311.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 J809.B5 TCR V beta chain (Vb8.2)


分子量: 26758.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain / IAalpha


分子量: 20242.615 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 27-405 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Aa
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P14434
#4: タンパク質 3K peptide and MHC IAb beta chain,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain


分子量: 25095.957 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 31-219 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14483
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 100mM NaCitrate pH5.8 100mM NaCacodylate pH5.8 10% PEG4K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→41 Å / Num. obs: 53984 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 1.098 / Net I/av σ(I): 22.118 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 311303
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.24-2.285.30.46226080.58595.8
2.28-2.325.50.48426060.4994.9
2.32-2.365.40.4726290.50195.8
2.36-2.415.20.43626340.49396.6
2.41-2.475.70.3926510.52695.9
2.47-2.525.60.32326490.52697
2.52-2.595.60.28426270.55696.4
2.59-2.665.30.23326740.58796.5
2.66-2.735.50.20826780.60796.9
2.73-2.825.60.18126690.65797.3
2.82-2.925.40.1426690.76697.3
2.92-3.045.70.12226970.86598.5
3.04-3.185.90.127361.01698.9
3.18-3.355.80.08327351.28899
3.35-3.5660.06827511.54499.7
3.56-3.836.30.06127671.76599.9
3.83-4.216.50.05427551.97199.9
4.21-4.826.40.04327961.971100
4.82-6.076.30.04427991.944100
6.07-416.30.04128542.09299.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKLデータ削減
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RDT

3rdt


解像度: 2.25→39.851 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2121 2601 5.07 %Random selection
Rwork0.1643 ---
obs0.1668 51290 94.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.19 Å2 / Biso mean: 44.1886 Å2 / Biso min: 19.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→39.851 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6377 0 0 359 6736
Biso mean---47.43 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.428-0.8086-0.32111.58120.58851.6983-0.1306-0.0748-0.20430.15430.1236-0.00960.16020.0811-0.00310.20780.00090.01320.17350.01330.272246.6258-41.9855-14.0334
22.4656-0.34730.07511.94740.46622.11640.1197-0.1947-0.26650.08630.024-0.0860.3170.1288-0.0960.35910.0058-0.03930.28430.0350.449676.3571-41.4048-32.0585
32.19290.4875-0.61921.24550.19221.31680.1171-0.13030.045-0.03010.0787-0.2554-0.18710.2042-0.15140.2572-0.03380.02760.2105-0.04140.300850.1348-19.5102-8.949
41.6704-0.57620.45952.58560.68131.5497-0.0029-0.06680.0865-0.12540.0452-0.063-0.055-0.0245-0.01490.2812-0.0281-0.02170.17070.00430.319772.175-25.0118-31.5621
51.48-0.2026-0.73321.09640.06372.11620.02060.2521-0.0862-0.0133-0.0584-0.0057-0.0597-0.31510.03540.20710.0379-0.0140.3249-0.01680.221322.978-26.26482.1496
61.5451-0.2324-0.68312.033-0.20522.08080.0769-0.20410.19840.2351-0.00550.0735-0.3949-0.0419-0.03690.27650.02880.01620.2946-0.04170.211218.7777-12.467125.526
72.3947-0.6093-0.08391.92950.31262.1649-0.2891-0.5741-0.22670.18690.11090.20770.32030.1830.17050.29380.05330.02860.39450.09250.29098.3136-33.043338.5084
81.9955-0.83720.96213.6266-3.416.1531-0.04550.29770.1085-0.1429-0.4405-0.47720.21440.01840.31210.24370.0570.00850.27390.00310.198428.6484-27.6864-2.1694
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 2:110)A2 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 113:201)A113 - 201
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resseq 1:109)B1 - 109
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 115:238)B115 - 238
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resseq 1:81) or chain 'D' and (resseq 6:93)C0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resseq 84:178)C84 - 178
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resseq 96:191)D96 - 191
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resseq -25:-13)D-25 - -13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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