PDB-4oz1: Crystal structure of human CAPERalpha UHM bound to SF3b155 ULM5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4oz1

タイトル

Crystal structure of human CAPERalpha UHM bound to SF3b155 ULM5

要素

RNA-binding protein 39
Splicing factor 3B subunit 1

キーワード

TRANSCRIPTION / U2AF homology motif / UHM / protein-peptide complex / pre-mRNA splicing factor

機能・相同性

機能・相同性情報

RS domain binding / U11/U12 snRNP / B-WICH complex / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / U1 snRNP binding / RNA splicing, via transesterification reactions / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Loerch, S. / Kielkopf, C.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Cancer-relevant splicing factor CAPER alpha engages the essential splicing factor SF3b155 in a specific ternary complex.
著者: Loerch, S. / Maucuer, A. / Manceau, V. / Green, M.R. / Kielkopf, C.L.

履歴

登録	2014年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.2	2015年1月14日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords / symmetry Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text / _symmetry.Int_Tables_number
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4oz1.cif.gz	150 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4oz1.ent.gz	119.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4oz1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4oz1_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4oz1_full_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示
XML形式データ	4oz1_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	4oz1_validation.cif.gz	21.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/4oz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/4oz1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4oz0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4la9-2 5w5b-d 6eqt-2 4jai-d 2o1m-2 2og8-1 1xxl-1 2nrx-2 3va4-d 1vl5-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (2) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA-binding protein 39

B: RNA-binding protein 39

C: Splicing factor 3B subunit 1

ヘテロ分子

26.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.653, 52.410, 85.141
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	RNA-binding protein 39 / Hepatocellular carcinoma protein 1 / RNA-binding motif protein 39 / RNA-binding region-containing ...Hepatocellular carcinoma protein 1 / RNA-binding motif protein 39 / RNA-binding region-containing protein 2 / Splicing factor HCC1 分子量: 12660.332 Da / 分子数: 2 / 断片: 417-530 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAPER, CAPERalpha, FSAP59, HCC1, RBM39, RNPC2 / Variant: isoform B / プラスミド: pGEX-6p / 詳細 (発現宿主): TEV site / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: Q14498
#2: タンパク質・ペプチド	Splicing factor 3B subunit 1 分子量: 1306.470 Da / 分子数: 1 / 断片: 333-342 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75533

#1: タンパク質

RNA-binding protein 39 / Hepatocellular carcinoma protein 1 / RNA-binding motif protein 39 / RNA-binding region-containing ...

分子量: 12660.332 Da / 分子数: 2 / 断片: 417-530 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAPER, CAPERalpha, FSAP59, HCC1, RBM39, RNPC2 / Variant: isoform B / プラスミド: pGEX-6p / 詳細 (発現宿主): TEV site / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: Q14498

#2: タンパク質・ペプチド

Splicing factor 3B subunit 1

分子量: 1306.470 Da / 分子数: 1 / 断片: 333-342 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成)

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75533

-
非ポリマー , 4種, 305分子

#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.85 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.8 M sodium phosphate, 0.8 M potassium phosphate, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→34 Å / Num. obs: 37595 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 11.37 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 1.74→1.84 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 90.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PROTEUM PLUS		データ収集
PROTEUM PLUS		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX		精密化

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.74→33.989 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 16.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1805	3769	10.03 %	Random selection
R_work	0.1434	33826	-	-
obs	0.1472	37595	94.92 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 71 Å² / B_iso mean: 17.9033 Å² / B_iso min: 4.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.74→33.989 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1749	0	24	303	2076
B_iso mean	-	-	34.99	26.36	-
残基数	-	-	-	-	229

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1856
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.299	2545
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	285
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	335
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.156	656

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.74-1.762	0.2619	111	0.2405	930	1041	70
1.762-1.7852	0.2488	123	0.2349	1041	1164	80
1.7852-1.8097	0.2492	116	0.2101	1110	1226	83
1.8097-1.8355	0.2595	129	0.2173	1109	1238	86
1.8355-1.8629	0.2447	138	0.1927	1210	1348	90
1.8629-1.892	0.2461	131	0.197	1174	1305	91
1.892-1.923	0.2098	139	0.187	1252	1391	93
1.923-1.9562	0.2496	140	0.1882	1251	1391	94
1.9562-1.9918	0.1997	138	0.166	1232	1370	96
1.9918-2.0301	0.2133	135	0.1567	1305	1440	96
2.0301-2.0715	0.1768	146	0.1447	1248	1394	97
2.0715-2.1165	0.1871	143	0.151	1291	1434	98
2.1165-2.1658	0.17	136	0.1378	1305	1441	99
2.1658-2.2199	0.1772	158	0.1432	1281	1439	98
2.2199-2.2799	0.1836	146	0.1315	1313	1459	99
2.2799-2.347	0.1463	140	0.1366	1307	1447	99
2.347-2.4227	0.1928	158	0.1307	1268	1426	99
2.4227-2.5093	0.1936	138	0.1365	1330	1468	99
2.5093-2.6097	0.1769	139	0.1302	1322	1461	99
2.6097-2.7285	0.2363	133	0.134	1326	1459	100
2.7285-2.8722	0.1629	161	0.1344	1304	1465	100
2.8722-3.0521	0.179	132	0.1334	1316	1448	100
3.0521-3.2876	0.1489	146	0.1234	1337	1483	100
3.2876-3.6181	0.1508	143	0.1158	1308	1451	100
3.6181-4.1408	0.1469	140	0.1109	1323	1463	100
4.1408-5.214	0.1265	163	0.1078	1314	1477	100
5.214-33.9959	0.1765	147	0.1684	1319	1466	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1086	-1.6094	1.3159	2.6381	-1.4623	2.5952	0.1031	0.1764	-0.0538	-0.1614	-0.1547	0.0924	0.301	0.1395	0.0313	0.1028	-0.0075	0.0172	0.0566	-0.0029	0.0897	5.8429	-55.4622	100.5807
2	0.6041	0.6505	-0.5556	7.1154	-5.3938	4.0886	0.0278	0.0175	0.0557	-0.0001	0.0209	0.0583	-0.0546	-0.102	-0.1207	0.0591	-0.0019	-0.0066	0.0554	0.0059	0.0836	-2.2132	-50.0555	106.2485
3	1.0813	0.4187	-0.6413	1.8931	-1.5073	4.8634	0.0172	0.0474	0.0304	-0.0396	0.0198	-0.0563	-0.0692	0.0663	-0.0362	0.0298	0.006	-0.0005	0.0317	-0.0034	0.0611	6.3046	-54.0977	107.9351
4	7.4072	2.5038	7.1818	1.598	2.3233	8.1003	-0.0422	0.1466	-0.0935	-0.1199	0.1154	0.0501	-0.041	0.0596	-0.0803	0.1397	-0.0007	0.0191	0.0477	0.0006	0.1044	3.9528	-62.0912	101.4117
5	4.0557	-2.7303	2.3827	4.5872	-0.3217	6.5446	0.0829	-0.418	0.0986	0.2271	0.0129	-0.5129	-0.3887	0.3363	-0.0147	0.0931	-0.039	-0.0291	0.1034	-0.0035	0.1602	18.2856	-51.4556	110.3019
6	8.4466	2.9851	-4.6001	9.7751	3.4403	6.0987	-0.0843	-0.4998	0.1422	0.3395	0.0916	-0.3979	-0.3946	0.762	0.0088	0.1072	-0.0263	-0.0325	0.1296	0.0017	0.1385	15.5866	-45.558	112.0465
7	4.6446	3.0544	2.2739	3.667	0.2762	8.7723	-0.0099	-0.5115	0.2816	0.0346	0.1148	0.0749	-0.3064	-0.2712	-0.1397	0.1732	0.0016	0.0078	0.0877	-0.0151	0.1051	3.3827	-45.0699	118.5196
8	2.7865	-0.1314	1.0005	5.5217	-2.8325	5.9414	-0.0826	-0.2105	0.0448	0.1071	0.1829	0.2301	-0.1074	-0.254	0.0004	0.052	0.0053	0.007	0.0825	-0.0174	0.0549	24.868	-49.2984	95.4755
9	7.8052	-4.1758	-4.4104	3.6286	5.1236	7.9777	-0.2811	-0.4488	-0.1385	0.3004	0.4081	-0.1801	0.3614	0.15	-0.033	0.1181	0.0064	-0.0341	0.1154	0.0396	0.1501	36.7371	-64.4729	100.74
10	7.425	-6.1844	6.7669	5.5343	-5.0252	7.0949	0.2576	0.1257	-0.2022	-0.1193	-0.0595	0.1046	0.3805	0.2202	-0.1412	0.1206	0.0256	0.009	0.0946	-0.0159	0.0594	27.4368	-60.0155	88.6463
11	2.9408	0.046	1.1515	1.8525	-0.7184	3.01	-0.0361	-0.1191	0.0397	0.1688	0.0059	-0.1474	0.017	0.1876	0.0113	0.0685	0.0153	-0.0026	0.0597	-0.0166	0.0566	26.6302	-50.4	90.8666
12	2.7724	3.1654	-1.7492	6.9046	-2.6924	2.2884	-0.0572	-0.0129	0.0971	0.1362	0.1632	0.288	0.0179	-0.1152	-0.0748	0.0712	0.0228	-0.0054	0.0891	-0.0091	0.0407	24.1868	-49.1172	95.4114
13	1.7218	0.8955	1.0904	3.8253	3.7753	4.3994	-0.0673	0.2635	-0.038	-0.2097	0.2203	-0.1825	-0.129	0.5237	-0.0706	0.0688	0.0094	0.0034	0.1659	-0.0115	0.0867	32.7703	-50.2896	81.5014
14	3.2138	-2.863	3.1778	4.8626	-3.5758	5.1058	-0.1176	0.1703	-0.7399	0.4499	0.0175	0.4164	0.8736	-0.1673	0.0067	0.3061	0.0354	0.0454	0.2577	0.0341	0.2285	21.0394	-65.3377	96.7429
15	0.8577	0.5717	1.7729	3.9972	8.8543	2	0.2311	-0.2238	0.5548	-0.3915	0.263	-0.7223	-0.7569	-0.1548	-0.5173	0.3279	0.0825	0.1337	0.2215	0.0319	0.6091	-2.899	-63.593	116.5648

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 412 through 435 )	A	0
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 436 through 450 )	A	0
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 451 through 485 )	A	0
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 486 through 501 )	A	0
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 502 through 508 )	A	0
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 509 through 513 )	A	0
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 514 through 522 )	A	0
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 414 through 427 )	B	0
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 428 through 435 )	B	0
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 436 through 450 )	B	0
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 451 through 485 )	B	0
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 486 through 508 )	B	0
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 509 through 523 )	B	0
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 335 through 342 )	C	0
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resid 2 through 2 )	A	603

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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