PDB-5w5b: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis CRP-FNR family tr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w5b

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis CRP-FNR family transcription factor Cmr (Rv1675c), truncated construct

要素

HTH-type transcriptional regulator Cmr

キーワード

TRANSCRIPTION / transcription factor / CRP/FNR family / helix-turn-helix

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Cheung, J. / Cassidy, M. / Ginter, C. / Ranganathan, S. / Pata, D.J. / McDonough, K.A.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Novel structural features drive DNA binding properties of Cmr, a CRP family protein in TB complex mycobacteria.
著者: Ranganathan, S. / Cheung, J. / Cassidy, M. / Ginter, C. / Pata, J.D. / McDonough, K.A.

履歴

登録	2017年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5w5b.cif.gz	104.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5w5b.ent.gz	79.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5w5b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5w5b_validation.pdf.gz	422.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5w5b_full_validation.pdf.gz	423.5 KB	表示
XML形式データ	5w5b_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	5w5b_validation.cif.gz	14.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/5w5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/5w5b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5w5aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cow-d 2og8-1 4pp9-1 6tfv-2 4cqe-2 6eqt-2 5e4h-6 5e4h-8 3va4-d 6cad-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (9) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (5) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: HTH-type transcriptional regulator Cmr

ヘテロ分子

26.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.109, 72.530, 53.939
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	HTH-type transcriptional regulator Cmr 分子量: 26079.215 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 13-244 / 変異: none / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh) (結核菌) 株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: cmr, MT1714 / プラスミド: modified pMCSG9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WMH4
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.59 % / Mosaicity: 0.673 °
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1M di-ammonium hydrogen phosphate, 0.1M imidazole, 0.2M NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月7日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 20631 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Χ²: 1.339 / Net I/σ(I): 14.7 / Num. measured all: 107589

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.83	3.1	0.647	0.515	1	94.1
1.83-1.86	3.7	0.614	0.499	1	98.5
1.86-1.9	4.2	0.562	0.549	1	100
1.9-1.94	4.6	0.421	0.535	1	100
1.94-1.98	4.6	0.319	0.52	1	100
1.98-2.03	4.7	0.25	0.545	1	100
2.03-2.08	4.7	0.203	0.586	1	100
2.08-2.13	4.7	0.166	0.561	1	100
2.13-2.2	4.7	0.143	0.635	1	100
2.2-2.27	4.7	0.125	0.707	1	100
2.27-2.35	4.7	0.108	0.736	1	100
2.35-2.44	4.7	0.091	0.855	1	100
2.44-2.55	4.7	0.086	0.962	1	100
2.55-2.69	4.7	0.073	1.039	1	100
2.69-2.86	4.7	0.064	1.326	1	99.9
2.86-3.08	4.6	0.058	1.69	1	99.8
3.08-3.39	4.7	0.049	1.722	1	99.5
3.39-3.88	4.6	0.043	1.852	1	99.4
3.88-4.88	7.7	0.048	1.978	1	98.9
4.88-50	14.3	0.057	2.877	1	100

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE	2.15	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→43.88 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 23.24

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2185	1977	5.12 %
R_work	0.1733	-	-
obs	0.1755	38639	98.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.78 Å² / B_iso mean: 45.6 Å² / B_iso min: 23.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→43.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1731	0	1	90	1822
B_iso mean	-	-	50.03	48.23	-
残基数	-	-	-	-	224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1767
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.29	2399
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	279
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	315
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.251	664

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7948-1.8397	0.3542	122	0.3048	2254	2376	86
1.8397-1.8894	0.2943	153	0.275	2648	2801	100
1.8894-1.945	0.2667	150	0.2592	2615	2765	100
1.945-2.0078	0.2643	139	0.2202	2683	2822	100
2.0078-2.0796	0.2996	161	0.2108	2623	2784	100
2.0796-2.1628	0.2355	175	0.196	2621	2796	100
2.1628-2.2613	0.23	152	0.2001	2635	2787	100
2.2613-2.3805	0.275	131	0.1885	2645	2776	100
2.3805-2.5296	0.2354	112	0.1887	2674	2786	100
2.5296-2.7249	0.1914	147	0.1901	2643	2790	100
2.7249-2.9991	0.2584	143	0.187	2667	2810	100
2.9991-3.4329	0.2548	143	0.1821	2623	2766	100
3.4329-4.3245	0.1851	151	0.1445	2639	2790	100
4.3245-43.8928	0.1619	98	0.1418	2692	2790	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9682	0.0542	-0.3227	3.0269	-0.9329	3.8695	-0.113	0.1569	-0.0763	-0.1878	0.1024	-0.0237	0.1024	-0.1077	0.0247	0.1713	-0.0179	0.0196	0.2249	-0.0004	0.2444	-7.5629	21.9815	21.4882
2	1.7212	1.4264	-0.7841	4.8932	-0.8284	2.2481	-0.1192	-0.0263	-0.0923	-0.1278	0.1346	0.0424	0.2092	-0.0523	0.0083	0.2393	0.0017	-0.0032	0.2542	0.0057	0.2897	-6.3037	24.2295	20.4649
3	6.3688	0.6464	1.0153	4.5311	-0.3493	6.0274	0.0352	-0.1532	0.3387	0.0026	-0.0518	0.2292	-0.1781	-0.3195	0.0141	0.2775	0.0079	-0.0053	0.2914	-0.0594	0.2608	-14.2272	31.2807	43.938

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 21 through 76 )	A	21 - 76
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 77 through 167 )	A	77 - 167
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 168 through 244 )	A	168 - 244

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