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- PDB-4ow8: Crystal structure of kinase domain of PknA from Mtb -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ow8
タイトルCrystal structure of kinase domain of PknA from Mtb
要素Serine/threonine-protein kinase PknA
キーワードTRANSFERASE / PknA / kinase / drug target / Mtb
機能・相同性
機能・相同性情報


biological process involved in interaction with host => GO:0051701 / peptidyl-threonine autophosphorylation / : / negative regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of catalytic activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of catalytic activity / positive regulation of DNA binding / membrane => GO:0016020 / regulation of cell shape ...biological process involved in interaction with host => GO:0051701 / peptidyl-threonine autophosphorylation / : / negative regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of catalytic activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of catalytic activity / positive regulation of DNA binding / membrane => GO:0016020 / regulation of cell shape / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / extracellular region / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain ...Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase PknA / Serine/threonine-protein kinase PknA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Ravala, S.K. / Singh, S. / Yadav, G.S. / Karthikeyan, S. / Chakraborti, P.K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
CSIR インド
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: Evidence that phosphorylation of threonine in the GT motif triggers activation of PknA, a eukaryotic-type serine/threonine kinase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Ravala, S.K. / Singh, S. / Yadav, G.S. / Kumar, S. / Karthikeyan, S. / Chakraborti, P.K.
履歴
登録2014年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22015年3月4日Group: Database references
改定 1.32015年3月11日Group: Database references
改定 1.42015年4月22日Group: Database references
改定 1.52017年11月22日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords / struct_site / symmetry
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text / _struct_site.details / _symmetry.Int_Tables_number
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PknA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6373
ポリマ－30,4491
非ポリマー1882
水1,54986
1
A: Serine/threonine-protein kinase PknA
ヘテロ分子

A: Serine/threonine-protein kinase PknA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2746
ポリマ－60,8982
非ポリマー3764
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area2350 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area23610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.139, 58.412, 78.867
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

SO4

21A-421-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PknA


分子量: 30449.021 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain (UNP residues 1-283) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: MT0018,MTCY10H4.15c,RV0015c,pknA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: P65726, UniProt: P9WI83*PLUS, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.25 M NaCl, 1.1 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年10月24日 / 詳細: Varimax Optics
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→46.84 Å / Num. all: 15916 / Num. obs: 15916 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 2.03→2.14 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 10.3 / Rsym value: 0.238 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1O6Y

1o6y


解像度: 2.03→46.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 6.247 / SU ML: 0.171 / Data cutoff high absF: 46.84 / Data cutoff low absF: 2.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2749 791 5 %RANDOM
Rwork0.22601 ---
obs0.22846 15124 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20.99 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.03→46.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2037 0 11 86 2134
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192089
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.381.9852842
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79234679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2255274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.02722.59777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.70615323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.311518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02446
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3282.3171102
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3282.3161101
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1463.4641374
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1453.4651375
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2582.449987
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2512.448983
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0333.6171463
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.6418.0622345
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.63618.0612345
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.083 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 54 -
Rwork0.348 1127 -
obs--97.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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