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- PDB-4ouu: anti-MT1-MMP monoclonal antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ouu
タイトルanti-MT1-MMP monoclonal antibody
要素
  • anti_MT1-MMP Heavy chain
  • anti_MT1-MMP light chain
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Israel Structural Proteomics Center / ISPC / Immunoglobulin fold
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Udi, Y. / Grossman, M. / Solomonov, I. / Dym, O. / Rozenberg, H. / Koziol, A. / Cuniasse, P. / Dive, V. / Arroyo, A.G. / Irit, S. / Israel Structural Proteomics Center (ISPC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Inhibition mechanism of membrane metalloprotease by an exosite-swiveling conformational antibody.
著者: Udi, Y. / Grossman, M. / Solomonov, I. / Dym, O. / Rozenberg, H. / Moreno, V. / Cuniasse, P. / Dive, V. / Arroyo, A.G. / Sagi, I.
履歴
登録2014年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references
改定 1.22015年1月28日Group: Database references
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: anti_MT1-MMP Heavy chain
B: anti_MT1-MMP Heavy chain
L: anti_MT1-MMP light chain
A: anti_MT1-MMP light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2404
ポリマ－98,2404
非ポリマー00
水00
1
H: anti_MT1-MMP Heavy chain
L: anti_MT1-MMP light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1202
ポリマ－49,1202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
2
B: anti_MT1-MMP Heavy chain
A: anti_MT1-MMP light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1202
ポリマ－49,1202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.140, 52.6, 127.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.68, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11H
21B
12L
22A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALVALVALHA2 - 2162 - 216
21VALVALVALVALBB2 - 2162 - 216
12ASPASPASNASNLC1 - 2171 - 217
22ASPASPASNASNAD1 - 2171 - 217

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: 抗体 anti_MT1-MMP Heavy chain


分子量: 24995.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 anti_MT1-MMP light chain


分子量: 24124.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M Potassium Formate 20% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97628 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→64 Å / Num. all: 79143 / Num. obs: 26041 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.075
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.525 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→52.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 11.892 / SU ML: 0.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25271 1314 5.1 %RANDOM
Rwork0.1965 ---
obs0.19933 24702 97.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.328 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→52.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6276 0 0 0 6276
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.026481
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.025843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6121.9468868
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9413.00213409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8285865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.71522.783212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.71515930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0651528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21028
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021491
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11H107750.05
12B107750.05
21L109320.09
22A109320.09
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 104 -
Rwork0.326 1812 -
obs--98.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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