PDB-4or0: Crystal Structure of Bovine Serum Albumin in complex with naproxen

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4or0

タイトル

Crystal Structure of Bovine Serum Albumin in complex with naproxen

要素

Serum albumin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Bovine Serum Albumin / BSA / Helical protein possessing three domains / Fatty acids / hormones / metabolites / drugs / naproxen / plasma

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / RIGID BODY REFINEMENT OF THE NATIVE STRUCTURE / 解像度: 2.58 Å

データ登録者

Zielinski, K. / Bujacz, A. / Sekula, B. / Bujacz, G.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Structural studies of bovine, equine, and leporine serum albumin complexes with naproxen.
著者: Bujacz, A. / Zielinski, K. / Sekula, B.

履歴

登録	2014年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月10日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4or0.cif.gz	475.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4or0.ent.gz	399.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4or0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/4or0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/4or0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ot2C 4po0C 4f5sS 4jk4 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5osw-d 4la0-1 2bxb-2 4iw1-d 1e7a-2 1e7b-1 4luh-d 3lu7-1 2bxc-2 3lu6-2 6ocj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (10) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (9) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (9) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (8)

PDBのページ

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (10)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (9)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (9)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (8)

登録構造単位

A: Serum albumin

B: Serum albumin

ヘテロ分子

135 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Serum albumin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Serum albumin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	216.043, 44.897, 141.699
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.99, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Serum albumin / BSA 分子量: 66561.969 Da / 分子数: 2 / 断片: Mature form of BSA / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02769
#2: 化合物	ChemComp-NPS / (2S)-2-(6-methoxynaphthalen-2-yl)propanoic acid / NAPROXEN 分子量: 230.259 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₄O₃ / コメント: 抗炎症剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 18% MMEPEG 5000, 0.2M ammonium chloride, 0.1M MES 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月14日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR SI 111 プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.58→50 Å / Num. all: 40202 / Num. obs: 39630 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 64.591 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 20.46
反射シェル	解像度: 2.58→2.68 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.782 / Mean I/σ(I) obs: 2.78 / Num. unique all: 4252 / R_sym value: 0.915 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC	5.8.0049	位相決定

精密化

構造決定の手法: RIGID BODY REFINEMENT OF THE NATIVE STRUCTURE
開始モデル: PDB ENTRY 4F5S

4f5s

解像度: 2.58→42.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 28.982 / SU ML: 0.28 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.534 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25732	1244	3.1 %	RANDOM
R_work	0.183	-	-	-
all	0.18537	40202	-	-
obs	0.18537	38371	99.13 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.029 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.22 Å²	0 Å²	-1.38 Å²
2-	-	-0.39 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.58→42.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9290	0	119	99	9508

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	9637
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.053	1.99	13033
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.555	5	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.762	24.932	442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.637	15	1754
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.993	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.13	0.2	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	7204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.069	4.449	4654
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.155	6.659	5814
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.748	4.974	4983
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.136	38.228	14944

LS精密化シェル

解像度: 2.58→2.647 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	91	-
R_work	0.329	2713	-
obs	-	2713	94.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2694	0.4967	0.7395	0.9445	1.3979	3.4026	-0.0995	0.0456	-0.0767	-0.2827	0.1113	-0.1125	-0.139	0.5552	-0.0118	0.3255	0.01	-0.0256	0.1492	0.0679	0.1181	9.8605	20.0627	80.9214
2	1.7864	-1.2141	0.9676	2.6289	-0.4011	1.1589	0.0292	0.2844	-0.0229	-0.0868	-0.1545	-0.4402	-0.2438	0.5474	0.1253	0.1904	-0.1858	-0.0452	0.3732	0.117	0.184	23.0702	28.5767	94.9039
3	0.1608	-0.4151	0.2043	2.2158	-0.3172	0.3518	-0.1387	0.0512	0.0498	-0.0072	0.1214	0.1116	-0.2513	0.1661	0.0173	0.2409	-0.1519	-0.0723	0.1896	-0.017	0.1861	16.9001	34.6179	101.6847
4	1.641	-0.6082	-0.5826	1.1612	-0.0075	2.5308	0.0018	-0.0233	-0.0485	-0.1856	-0.1168	0.1042	-0.3077	-0.2705	0.1149	0.1933	0.0516	-0.0779	0.1921	-0.0687	0.1605	-6.1759	24.9486	101.1456
5	2.5084	1.1386	-0.9114	1.802	0.2429	3.6629	-0.0634	-0.0847	0.246	-0.3345	0.0233	-0.0012	-0.6414	-0.1882	0.0402	0.4081	0.1085	-0.1382	0.0506	-0.0686	0.1106	-2.9951	39.2956	99.1488
6	1.8524	2.1558	0.752	4.0073	0.2478	1.4091	0.072	-0.1612	0.1924	0.0828	-0.1938	0.1148	-0.1177	-0.5905	0.1217	0.0926	0.1128	-0.011	0.4443	-0.1328	0.1501	-20.2471	24.5927	114.0014
7	3.5211	-0.4461	-0.8631	0.0969	0.1744	1.9211	0.0541	-0.0623	-0.4126	0.0556	-0.0666	-0.0039	0.0514	-0.5198	0.0125	0.2117	-0.044	-0.0209	0.3925	-0.0006	0.2683	-14.2803	16.7163	117.4596
8	8.7511	1.7369	-0.5684	1.2615	0.4819	0.4402	0.3394	-0.2202	0.3804	0.427	-0.2263	-0.0219	0.2089	-0.0638	-0.1131	0.2201	0.0061	-0.0061	0.2751	0.0084	0.0554	-1.644	19.9391	127.3744
9	2.2826	-2.1917	-2.3231	3.7965	1.7225	2.5369	-0.1763	-0.2584	-0.1098	0.1015	0.1087	0.2132	0.1571	0.24	0.0676	0.1363	0.122	-0.0755	0.2496	0.0651	0.1849	18.0876	12.3673	121.3952
10	2.6026	-0.8131	-0.6685	1.8541	0.7875	0.4212	-0.022	-0.2926	-0.0616	0.0673	0.0395	-0.012	0.0132	0.1178	-0.0175	0.201	0.0517	-0.0433	0.1636	-0.0032	0.1654	11.2552	19.1042	115.3106
11	4.3539	-0.1489	2.2495	0.2082	-0.6277	2.688	0.2893	-0.7902	-0.8742	-0.0252	-0.0418	-0.0186	0.1777	-0.2456	-0.2475	0.2001	0.0052	-0.0314	0.1924	0.1435	0.3751	6.4014	5.799	117.4958
12	4.6155	0.9114	0.1787	2.2444	-1.1836	0.9712	-0.1497	-0.279	0.1164	-0.0098	0.1478	-0.1976	0.0833	-0.0673	0.0019	0.138	0.0786	-0.0428	0.1393	0.028	0.2194	30.8823	9.4846	117.1838
13	5.4702	-0.031	-0.9591	1.485	-0.3043	1.8704	-0.0437	-0.4505	0.3754	0.2924	0.2319	-0.2928	-0.0989	-0.0425	-0.1882	0.1062	0.1369	-0.0667	0.2439	-0.0702	0.149	37.9459	10.7165	125.9447
14	0.5751	-0.0087	1.2418	1.0361	-0.8574	3.4187	0.0067	-0.1929	0.0384	-0.1361	0.104	0.2523	-0.0136	-0.4808	-0.1107	0.2709	-0.0549	-0.0206	0.1461	-0.0519	0.1188	47.1024	28.016	70.0514
15	1.8588	-0.8598	0.2468	1.1721	-0.5697	2.8048	0.1904	-0.5284	-0.099	0.0526	-0.0379	0.2532	0.3504	-0.6125	-0.1525	0.2309	-0.2055	0.0093	0.4665	-0.0174	0.1153	43.919	19.4109	88.9978
16	0.0667	-0.1497	0.1374	0.5462	-0.0836	0.731	0.0187	-0.0515	-0.0462	-0.0301	0.2404	-0.047	0.4181	0.0466	-0.259	0.4621	-0.0455	-0.0732	0.2236	-0.0148	0.1718	52.8268	13.4415	91.1331
17	1.6024	0.7992	0.3386	2.1598	0.7238	1.1351	-0.0596	0.154	-0.1635	-0.0854	0.2989	-0.1829	-0.0208	0.3689	-0.2393	0.1631	0.0388	0.0069	0.2257	-0.1654	0.1381	71.598	23.2763	77.8932
18	3.7766	1.2741	0.3684	2.3827	-0.911	3.2705	0.1967	0.2157	-0.5719	-0.0598	0.2169	-0.0994	0.5429	0.397	-0.4137	0.3916	0.1291	-0.1589	0.1506	-0.1073	0.2147	67.9546	8.8434	77.9292
19	3.2951	2.0033	-1.0982	5.974	0.4088	2.2019	-0.2803	0.029	-0.1595	0.1721	0.4964	-0.8029	0.1146	0.1787	-0.2161	0.0822	0.1302	-0.0872	0.3874	-0.2811	0.2774	90.3086	23.445	81.1035
20	3.5713	0.1798	-0.9316	3.6319	-1.4857	0.9963	0.0835	0.1061	0.314	0.7392	0.1557	-0.2105	-0.2678	0.2008	-0.2391	0.225	0.0678	-0.1512	0.546	-0.3141	0.4203	87.2272	31.4542	87.1605
21	9.174	1.4441	-8.2645	0.8604	-1.7991	7.8924	-0.07	-0.2357	-0.0282	0.1461	-0.0452	-0.2149	-0.0059	0.3093	0.1151	0.2473	0.0056	-0.1482	0.2523	-0.0929	0.1811	82.1186	27.9442	102.4735
22	5.0761	-0.2355	1.2003	5.7513	2.2946	1.2561	0.0408	-0.5576	0.3319	0.5333	0.0499	-0.3521	0.2517	-0.0708	-0.0907	0.3585	0.1038	-0.049	0.238	-0.0724	0.0477	62.4256	35.54	108.4346
23	2.1882	-1.0722	0.4124	2.6796	0.618	1.4877	-0.0341	-0.0741	-0.0104	0.4369	0.1945	-0.0746	0.4556	0.0273	-0.1604	0.3502	0.0699	-0.0949	0.1774	-0.0955	0.1442	64.7951	28.8452	99.492
24	4.3933	0.6493	-1.2611	1.9007	2.3228	4.0171	-0.1402	-0.1532	0.2647	-0.3238	0.6009	-0.1489	-0.3553	0.8678	-0.4607	0.215	-0.0174	-0.0493	0.3041	-0.1213	0.2184	69.9041	42.3856	98.8889
25	2.3932	1.6869	-1.2211	3.8836	-1.6024	1.716	-0.3888	-0.2739	0.1229	-0.0414	0.4786	0.3441	0.3509	0.1601	-0.0898	0.3789	0.0715	0.0325	0.3021	-0.0222	0.2163	49.1162	38.254	111.8622
26	5.6608	1.358	0.0481	1.7953	-0.8311	2.0566	-0.2239	-0.0903	-0.176	0.0084	0.1428	0.0255	0.1872	0.2936	0.081	0.1353	0.1569	-0.0379	0.2059	-0.0217	0.0939	47.3081	36.6354	122.5614

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	107 - 147
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	148 - 198
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	199 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	251 - 295
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	296 - 336
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	337 - 366
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	367 - 398
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	399 - 417
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	418 - 468
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	469 - 497
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	498 - 537
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	538 - 583
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	2 - 106
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	107 - 147
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	148 - 198
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	199 - 250
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	251 - 295
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	296 - 336
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	337 - 366
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	367 - 398
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	399 - 417
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	418 - 468
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	469 - 497
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	498 - 537
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	538 - 583

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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