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Yorodumi- PDB-4po0: Crystal Structure of Leporine Serum Albumin in complex with naproxen -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4po0 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Leporine Serum Albumin in complex with naproxen | ||||||
Components | Serum albumin | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Leporine Serum Albumin / LSA / helical protein possessing three domains. / Transport protein. / Fatty acids / hormones / metabolites / drugs / naproxen. / Plasma | ||||||
Function / homology | Function and homology information cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / fatty acid binding / oxygen binding / pyridoxal phosphate binding / protein-folding chaperone binding / blood microparticle ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / fatty acid binding / oxygen binding / pyridoxal phosphate binding / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Oryctolagus cuniculus (rabbit) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / RIGID BODY REFINEMENT OF THE NATIVE STRUCTURE / Resolution: 2.73 Å | ||||||
Authors | Zielinski, K. / Bujacz, A. / Sekula, B. / Bujacz, G. | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2014 Title: Structural studies of bovine, equine, and leporine serum albumin complexes with naproxen. Authors: Bujacz, A. / Zielinski, K. / Sekula, B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4po0.cif.gz | 244.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4po0.ent.gz | 199.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4po0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/4po0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/4po0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4or0C 4ot2C 4f5vS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 66173.562 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: UNP residues 25-608, Mature form of Leporine Serum Albumin Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Oryctolagus cuniculus (rabbit) / Strain: THORBECKE / References: UniProt: G1U9S2 | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 16% PEG 3350, 8% PPG 400, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M TRIS PH 7.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: EMBL/DESY, HAMBURG / Beamline: X13 / Wavelength: 0.8015 Å |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Dec 9, 2011 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR SI 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8015 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.73→50 Å / Num. all: 16862 / Num. obs: 16825 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.29 % / Biso Wilson estimate: 56.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 15.05 |
Reflection shell | Resolution: 2.73→2.83 Å / Redundancy: 7.33 % / Rmerge(I) obs: 0.972 / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / Num. unique all: 1706 / Rsym value: 0.0104 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: RIGID BODY REFINEMENT OF THE NATIVE STRUCTURE Starting model: PDB ENTRY 4F5V Resolution: 2.73→48.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 27.007 / SU ML: 0.274 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.395 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.87 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.73→48.11 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.73→2.801 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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