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- PDB-4oiy: Crystal structure of Sec7p catalytic domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oiy
タイトルCrystal structure of Sec7p catalytic domain
要素Protein transport protein SEC7
キーワードPROTEIN TRANSPORT / sec7 domain / Guanine nucleotide exchange protein for ARF
機能・相同性
機能・相同性情報


COPI-coated vesicle membrane / Intra-Golgi traffic / intra-Golgi vesicle-mediated transport / regulation of ARF protein signal transduction / cytoplasm protein quality control / Golgi-associated vesicle / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / guanyl-nucleotide exchange factor activity / trans-Golgi network ...COPI-coated vesicle membrane / Intra-Golgi traffic / intra-Golgi vesicle-mediated transport / regulation of ARF protein signal transduction / cytoplasm protein quality control / Golgi-associated vesicle / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / guanyl-nucleotide exchange factor activity / trans-Golgi network / ER to Golgi transport vesicle membrane / late endosome / protein transport / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mon2/Sec7/BIG1-like, HDS / Sec7/BIG1-like, C-terminal domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HDS / BIG2 C-terminal domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, dimerisation and cyclophilin-binding domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, dimerisation and cyclophilin-binding domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 / Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 ...Mon2/Sec7/BIG1-like, HDS / Sec7/BIG1-like, C-terminal domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HDS / BIG2 C-terminal domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, dimerisation and cyclophilin-binding domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, dimerisation and cyclophilin-binding domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 / Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 / Annexin V; domain 1 - #20 / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / Annexin V; domain 1 / Armadillo-type fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosylation factor guanine nucleotide-exchange factor SEC7
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Qiu, B. / Zhang, K. / Sun, F.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2014
タイトル: C-terminal motif within Sec7 domain regulates guanine nucleotide exchange activity via tuning protein conformation
著者: Qiu, B. / Zhang, K. / Wang, S.L. / Sun, F.
履歴
登録2014年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein transport protein SEC7
B: Protein transport protein SEC7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8433
ポリマ－42,8192
非ポリマー241
水3,927218
1
A: Protein transport protein SEC7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4091
ポリマ－21,4091
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein transport protein SEC7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4342
ポリマ－21,4091
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.647, 68.961, 59.605
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein transport protein SEC7


分子量: 21409.445 Da / 分子数: 2 / 断片: SEC7 DOMAIN, UNP residues 824-1010 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: s288c / 遺伝子: SEC7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11075
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.99 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEGMME550, 50mM MgCl2, 100mM Tris-Cl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97913 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月16日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97913 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 58905 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2927 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R8M

1r8m


解像度: 1.5→36.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 1.437 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23683 2747 5 %RANDOM
Rwork0.21112 ---
all0.21243 58905 --
obs0.21243 51944 90.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20.1 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2930 0 1 218 3149
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0192985
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022886
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0161.9744015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.70636659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.495369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.76825.31145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.84315553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.8971514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2441
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02670
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 82 -
Rwork0.22 1423 -
obs--33.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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