[日本語] English
万見
- PDB-4qqi: Crystal structure of ANKRA2-RFX7 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qqi
タイトルCrystal structure of ANKRA2-RFX7 complex
要素
  • Ankyrin repeat family A protein 2
  • DNA-binding protein RFX7
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


low-density lipoprotein particle receptor binding / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of protein-containing complex assembly / histone deacetylase binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / 遺伝子発現の調節 / 細胞骨格 / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ubiquitin protein ligase binding ...low-density lipoprotein particle receptor binding / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of protein-containing complex assembly / histone deacetylase binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / 遺伝子発現の調節 / 細胞骨格 / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ubiquitin protein ligase binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
RFX-like DNA-binding protein / RFX DNA-binding domain / DNA-binding RFX-type winged-helix domain / RFX-type winged-helix DNA-binding domain profile. / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats ...RFX-like DNA-binding protein / RFX DNA-binding domain / DNA-binding RFX-type winged-helix domain / RFX-type winged-helix DNA-binding domain profile. / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / DNA-binding protein RFX7 / Ankyrin repeat family A protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Xu, C. / Tempel, W. / Dong, A. / Mackenzie, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of ANKRA2-RFX7 complex
著者: Xu, C. / Tempel, W. / Mackenzie, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J.
履歴
登録2014年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22015年4月29日Group: Database references
改定 1.32019年12月18日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.type / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ankyrin repeat family A protein 2
X: DNA-binding protein RFX7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,31218
ポリマ－22,9282
非ポリマー38416
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area10720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.459, 102.325, 32.566
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AX

#1: タンパク質 Ankyrin repeat family A protein 2 / RFXANK-like protein 2


分子量: 20927.602 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 142-313 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANKRA2, ANKRA / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9H9E1
#2: タンパク質・ペプチド DNA-binding protein RFX7 / Regulatory factor X 7 / Regulatory factor X domain-containing protein 2


分子量: 2000.364 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 85-101 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2KHR2

-
非ポリマー , 4種, 95分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 11 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M sodium hepes, 2.0 M ammonium sulfate, 2% PEG 400, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: R-Axis / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→37.73 Å / Num. obs: 17145 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.01 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
2.02-2.076.32.17196113793.8
9.04-37.735.534.7131324098.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.3.6データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3so8

3so8


解像度: 2.03→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / WRfactor Rfree: 0.2258 / WRfactor Rwork: 0.1818 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.7444 / SU B: 6.041 / SU ML: 0.152 / SU R Cruickshank DPI: 0.1858 / SU Rfree: 0.1765 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: ARP/WARP was used for phase improvement and automated model building. COOT and MOLPROBITY were also used during refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2686 853 5.1 %RANDOM
Rwork0.2188 ---
obs0.2213 16738 98.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.46 Å2 / Biso mean: 24.7826 Å2 / Biso min: 5.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3 Å20 Å2-0 Å2
2---1.7 Å20 Å2
3----1.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1455 0 34 79 1568
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191520
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3821.9712073
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79333289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3475195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.82625.71463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.99415244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.464153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021725
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1692.314778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1512.307776
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1963.45970
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.082 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 64 -
Rwork0.266 1153 -
all-1217 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る