PDB-4obt: Crystal structure of Arabidopsis thaliana cytosolic triose phosph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4obt

タイトル

Crystal structure of Arabidopsis thaliana cytosolic triose phosphate isomerase

要素

Triosephosphate isomerase, cytosolic

キーワード

ISOMERASE / TIM Barrel / Glycolysis / Citosolyc

機能・相同性

機能・相同性情報

plant-type cell wall / apoplast / plasmodesma / plant-type vacuole / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / chloroplast stroma / response to zinc ion / chloroplast / gluconeogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Lopez-Castillo, M. / Jimenez-Sandoval, P. / Lara-Gonzalez, S. / Brieba, L.G. / Baruch, N.

引用

ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Redox Regulation of Cytoplasmic and Chloroplastic Triosephosphate Isomerases from Arabidopsis thaliana.
著者: Lopez-Castillo, L.M. / Jimenez-Sandoval, P. / Baruch-Torres, N. / Trasvina-Arenas, C.H. / Diaz-Quezada, C. / Lara-Gonzalez, S. / Winkler, R. / Brieba, L.G.

履歴

登録	2014年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月25日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4obt.cif.gz	200.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4obt.ent.gz	161.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4obt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4obt_validation.pdf.gz	417.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4obt_full_validation.pdf.gz	418.9 KB	表示
XML形式データ	4obt_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	4obt_validation.cif.gz	32.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/4obt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/4obt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ohqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5bmw-d 4ywi-d 1r2r-1 1lzo-2 6nxq-1 5bmx-1 1vga-2 1m7p-d 1woa-1 3psv-d 4nvt-2 5bnk-d 6nlh-3 3ta6-d 2vfe-d 1lzo-1 6nxr-1 2vfg-2 1wob-1 6cg9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Triosephosphate isomerase, cytosolic

B: Triosephosphate isomerase, cytosolic

55 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.940, 84.590, 89.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Triosephosphate isomerase, cytosolic / TIM / Triose-phosphate isomerase 分子量: 27489.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 株: Columbia / 遺伝子: At3g55440, CTIMC, T22E16.100, TPI / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P48491, triose-phosphate isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Triosephosphate isomerase, cytosolic / TIM / Triose-phosphate isomerase

分子量: 27489.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: Columbia / 遺伝子: At3g55440, CTIMC, T22E16.100, TPI / プラスミド: pET28 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P48491, triose-phosphate isomerase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.95 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.09 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.09 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→38.97 Å / Num. all: 78790 / Num. obs: 78784 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -96.453 / Observed criterion σ(I): 15.478

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→38.97 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1889	2000	2.54 %
R_work	0.1662	-	-
obs	0.1668	78784	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.4893 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3655	0	0	372	4027

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3792
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.141	5187
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.237	1303
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	606
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	681

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.2395	132	0.2047	5420	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.6844	0.2039	145	0.1868	5403	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6844-1.7339	0.2119	146	0.188	5428	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7339-1.7899	0.2017	123	0.1741	5457	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7899-1.8539	0.1716	154	0.1607	5428	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8539-1.9281	0.2033	144	0.1666	5421	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9281-2.0158	0.2038	134	0.1663	5473	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0158-2.1221	0.1879	147	0.167	5438	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1221-2.255	0.1917	149	0.1651	5469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.255-2.4291	0.1797	141	0.1671	5504	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4291-2.6735	0.2128	145	0.1752	5467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6735-3.0603	0.1992	138	0.1761	5526	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0603-3.8551	0.1876	149	0.1641	5598	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8551-38.9815	0.1615	153	0.1486	5752	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6293	-0.0291	-0.0969	0.7605	-0.1328	0.8488	0.0139	-0.0642	0.0208	-0.0409	-0.0366	-0.0417	0.0397	0.1368	0.0262	0.1175	-0.0079	-0.018	0.1527	0.0267	0.1608	-6.5799	-13.1352	5.9818
2	0.3533	-0.0407	-0.1737	0.3864	-0.6057	3.7047	-0.0086	0.033	0.1079	-0.0062	-0.0292	-0.0753	-0.2246	0.1479	0.0212	0.1969	-0.0477	-0.0518	0.1989	0.0336	0.2106	-4.2858	-0.3392	14.4053
3	0.3708	-0.0002	-0.2113	0.4412	0.0459	0.742	0.0151	0.0155	0.0628	0.0718	-0.048	0.0456	-0.1118	-0.0282	0.0349	0.1097	-0.0073	-0.013	0.1449	0.022	0.1469	-14.9733	-10.8338	11.0168
4	0.7284	0.0811	-0.1641	0.6801	-0.0069	1.1799	-0.0822	0.0005	-0.1031	0.0512	-0.0585	-0.0787	0.1873	0.0148	0.0964	0.0931	0.0134	0.0161	0.1218	0.0078	0.1411	-13.6866	-25.4537	7.9243
5	0.9274	0.1208	-0.3111	1.0495	0.1157	0.3073	-0.052	-0.1577	-0.0728	-0.0954	-0.0323	-0.0497	0.1548	0.092	0.0699	0.1195	0.038	0.0264	0.2331	0.0189	0.1645	-5.0697	-25.1676	2.2243
6	2.9047	0.9234	0.5882	1.8089	0.2881	1.85	0.1291	0.2035	-0.2015	-0.2696	-0.069	-0.0433	0.3242	0.1126	-0.012	0.153	0.0101	0.0143	0.1754	-0.0117	0.1565	-7.666	-28.1948	-8.3164
7	0.2406	0.0119	-0.1189	0.7793	0.1884	0.7232	-0.0632	0.048	-0.0169	-0.0864	0.0115	-0.251	-0.0458	0.3082	0.0543	0.1117	-0.0059	-0.0029	0.2221	0.0319	0.188	-1.3925	-16.2931	0.1899
8	2.0269	0.3631	-0.2411	2.9616	0.8336	1.8744	-0.0967	0.2571	0.0885	-0.1986	0.0066	-0.3313	-0.1015	0.2298	0.0111	0.128	-0.0206	-0.0047	0.2697	0.0726	0.2583	0.878	-7.192	0.3002
9	0.7322	-0.033	-0.2102	0.1436	-0.1549	0.7124	-0.0412	0.011	-0.0316	0.3808	-0.0671	0.1838	0.0801	-0.0415	-0.0073	0.35	-0.0122	0.0682	0.1485	-0.0145	0.1607	-27.1022	-16.6749	36.543
10	0.3231	-0.0567	-0.8107	0.5217	1.0524	4.7958	0.1176	-0.0724	0.0259	0.0131	-0.2373	0.1768	-0.0596	-0.2021	0.0651	0.1692	-0.0132	0.0288	0.2128	-0.0623	0.2314	-33.4208	-5.5797	27.9644
11	0.5238	-0.1499	-0.355	0.4682	0.1932	0.4968	0.0612	-0.0293	0.1376	0.2408	-0.0843	0.0407	-0.0058	-0.0442	0.0308	0.2001	-0.0192	0.0383	0.153	-0.0148	0.1543	-24.4498	-8.4236	34.1112
12	0.5919	-0.0446	-0.1956	0.782	0.1472	0.9353	-0.0583	-0.0484	-0.0355	0.3264	-0.0058	-0.0615	0.2387	0.188	0.0584	0.2205	0.0222	-0.0193	0.1668	0.0235	0.1342	-12.3926	-20.9714	29.4426
13	0.2687	-0.3121	-0.1616	0.4151	0.0775	0.241	-0.1188	-0.214	-0.2468	0.8092	-0.048	0.1169	0.5582	0.1485	-0.1062	0.7301	-0.0259	0.0682	0.1565	0.0332	0.2423	-19.5615	-30.1769	39.8101
14	0.2393	0.1568	-0.0128	0.1797	-0.068	0.1398	-0.0301	0.1072	0.0254	0.1069	-0.004	0.0956	0.0628	-0.0423	-0.1905	0.8752	-0.2333	0.4322	0.1406	0.1375	0.221	-32.9181	-32.4285	42.5534
15	0.0245	-0.1128	-0.0083	0.8539	-0.5193	1.0012	-0.1627	-0.14	-0.1113	0.927	-0.1892	0.517	0.5258	-0.1617	-0.6701	0.7742	-0.0316	0.1622	0.2474	-0.0107	0.1221	-27.682	-23.5755	44.5176
16	1.0632	-0.3096	-0.5115	1.8471	0.3529	1.7906	-0.0366	-0.158	-0.0366	0.2998	-0.1202	0.2468	0.1632	-0.1602	0.036	0.3187	-0.1343	0.2012	0.2116	-0.1877	0.3029	-36.3902	-13.4378	41.8552

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:15)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 16:31)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 32:79)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 80:153)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 154:181)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 182:200)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 201:239)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 240:252)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 1:15)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 16:31)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 32:65)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 66:119)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 120:169)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 170:188)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 189:239)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 240:252)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)