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- PDB-4o9h: Structure of Interleukin-6 in complex with a Camelid Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o9h
タイトルStructure of Interleukin-6 in complex with a Camelid Fab fragment
要素
  • Heavy Chain of the Camelid Fab fragment 61H7
  • Interleukin-6
  • Light Chain of the Camelid Fab fragment 61H7
キーワードIMMUNE SYSTEM / IL6: all alpha protein / Fab: all beta protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of astrocyte activation / glucagon secretion / positive regulation of interleukin-21 production / regulation of glucagon secretion / hepatic immune response / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of primary miRNA processing / germinal center B cell differentiation / interleukin-6 receptor complex ...regulation of astrocyte activation / glucagon secretion / positive regulation of interleukin-21 production / regulation of glucagon secretion / hepatic immune response / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of primary miRNA processing / germinal center B cell differentiation / interleukin-6 receptor complex / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / positive regulation of extracellular matrix disassembly / hepatocyte proliferation / regulation of microglial cell activation / response to peptidoglycan / neutrophil apoptotic process / interleukin-6 receptor binding / positive regulation of B cell activation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / inflammatory response to wounding / T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / negative regulation of collagen biosynthetic process / endocrine pancreas development / positive regulation of acute inflammatory response / regulation of neuroinflammatory response / vascular endothelial growth factor production / negative regulation of chemokine production / T follicular helper cell differentiation / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of leukocyte chemotaxis / cell surface receptor signaling pathway via STAT / neutrophil mediated immunity / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of platelet aggregation / negative regulation of bone resorption / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / CD163 mediating an anti-inflammatory response / positive regulation of immunoglobulin production / Interleukin-6 signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / maintenance of blood-brain barrier / negative regulation of fat cell differentiation / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-10 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / monocyte chemotaxis / humoral immune response / positive regulation of interleukin-10 production / Transcriptional Regulation by VENTX / negative regulation of lipid storage / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of angiogenesis / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to glucocorticoid / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of chemokine production / positive regulation of glial cell proliferation / regulation of insulin secretion / liver regeneration / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of translation / cytokine activity / acute-phase response / response to activity / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Post-translational protein phosphorylation / growth factor activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of miRNA transcription / platelet activation / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to virus / cellular response to hydrogen peroxide / neuron cellular homeostasis / neuron projection development / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of tumor necrosis factor production / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / glucose homeostasis / cellular response to lipopolysaccharide / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / positive regulation of MAPK cascade / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen
類似検索 - 分子機能
Interleukin-6 / Interleukin-6/G-CSF/MGF family / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins ...Interleukin-6 / Interleukin-6/G-CSF/MGF family / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Llama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Klarenbeek, A. / Blanchetot, C. / Schragel, G. / Sadi, A.S. / Ongenae, N. / Hemrika, W. / Wijdenes, J. / Spinelli, S. / Desmyter, A. / Cambillau, C. ...Klarenbeek, A. / Blanchetot, C. / Schragel, G. / Sadi, A.S. / Ongenae, N. / Hemrika, W. / Wijdenes, J. / Spinelli, S. / Desmyter, A. / Cambillau, C. / Hultberg, A. / Kretz-rommel, A. / Dreier, T. / De haard, H.J.W. / Roovers, R.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Combining residues of naturally-occurring Camelid somatic affinity variants yields ultra-potent human therapeutic IL-6 antibodies
著者: Klarenbeek, A. / Blanchetot, C. / Schragel, G. / Sadi, A.S. / Ongenae, N. / Hemrika, W. / Wijdenes, J. / Spinelli, S. / Desmyter, A. / Cambillau, C. / Hultberg, A. / Kretz-Rommel, A. / ...著者: Klarenbeek, A. / Blanchetot, C. / Schragel, G. / Sadi, A.S. / Ongenae, N. / Hemrika, W. / Wijdenes, J. / Spinelli, S. / Desmyter, A. / Cambillau, C. / Hultberg, A. / Kretz-Rommel, A. / Dreier, T. / De haard, H.J.W. / Roovers, R.C.
履歴
登録2014年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Other
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-6
H: Heavy Chain of the Camelid Fab fragment 61H7
L: Light Chain of the Camelid Fab fragment 61H7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1713
ポリマ－67,1713
非ポリマー00
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.210, 47.470, 148.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-6 / IL-6 / B-cell stimulatory factor 2 / BSF-2 / CTL differentiation factor / CDF / Hybridoma growth ...IL-6 / B-cell stimulatory factor 2 / BSF-2 / CTL differentiation factor / CDF / Hybridoma growth factor / Interferon beta-2 / IFN-beta-2


分子量: 21137.156 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-212 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL6, IFNB2 / 発現宿主: mammalia (両生類) / 参照: UniProt: P05231
#2: 抗体 Heavy Chain of the Camelid Fab fragment 61H7


分子量: 23504.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Llama glama (ラマ) / 発現宿主: mammalia (両生類)
#3: 抗体 Light Chain of the Camelid Fab fragment 61H7


分子量: 22529.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Llama glama (ラマ) / 発現宿主: mammalia (両生類)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細IN THIS STRUCTURE, THE SEQUENCES OF THE H AND L CHAINS WERE NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT ...IN THIS STRUCTURE, THE SEQUENCES OF THE H AND L CHAINS WERE NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化温度: 277 K / pH: 5.5
詳細: 2M Ammonium sulfate, 0.15M Na citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月10日
詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI- MORPH MIRRORS PLUS CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL
放射モノクロメーター: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI- MORPH MIRRORS PLUS CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→45 Å / Num. obs: 28984 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 54.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.42→2.48 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.42→38.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU R Cruickshank DPI: 0.334 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 1446 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.217 28918 99.7 %-
all-28918 --
原子変位パラメータBiso mean: 65.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.9085 Å20 Å2-4.5705 Å2
2---30.2894 Å20 Å2
3---17.3809 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.396 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→38.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4207 0 0 278 4485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0094301HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.315853HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1412SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes91HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes625HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4301HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.28
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.19
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion0582SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact04822SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.5 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 140 5 %
Rwork0.2595 2662 -
all0.2604 2802 -
obs--99.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2592-2.03090.61820.0859-1.10310.7313-0.0086-0.01270.0097-0.02090.025-0.003-0.0031-0.0311-0.01640.00360.0817-0.0189-0.00030.03810.0008-30.86623.451115.8987
20.3964-0.57860.08680.5120.21330.3308-0.0102-0.01240.0118-0.01690.01980.01510.0098-0.0209-0.00960.00170.0517-0.0888-0.03770.06020.017-36.436424.37888.792
30.6221-0.5961-0.21310.1626-0.8281.26010.0013-0.0467-0.00120.0123-0.0131-0.00220.0009-0.02430.0118-0.00310.1193-0.01160.05240.0781-0.0716-24.638610.985442.5663
40.29030.2283-0.69560-0.74111.1365-0.00050.0040.01710.00230.0141-0.0139-0.0073-0.0091-0.0136-0.04210.0170.03490.05330.0409-0.0254-4.55541.706364.4494
50.7425-0.9301-0.35560.376-1.24380.3969-0.0017-0.0181-0.0036-0.0147-0.0152-0.00970.03620.01380.01690.00230.14260.0232-0.03730.08570.0303-8.23488.203728.568
61.4278-1.6233-0.44380-0.51010.0001-0.00090.0042-0.01510.00150.0041-0.00380.01110.0023-0.0033-0.03240.05080.05190.04640.0346-0.02086.9903-9.46659.0396
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|19 - A|92 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|93 - A|184 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ H|1 - H|111 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ H|112 - H|220 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ L|1 - L|110 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ L|111 - L|211 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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