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- PDB-4o6h: 2.8A crystal structure of Lymphocytic Choriomeningitis Virus Nucl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o6h
タイトル2.8A crystal structure of Lymphocytic Choriomeningitis Virus Nucleoprotein C-terminal Domain
要素Nucleoprotein
キーワードHYDROLASE / Exoribonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / hydrolase activity / ribonucleoprotein complex / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, arenaviridae / Nucleocapsid, N-terminal, Arenaviridae / Nucleocapsid, C-terminal, Arenaviridae / Nucleocapsid, C-terminal superfamily / Arenavirus nucleocapsid N-terminal domain / Arenavirus nucleocapsid C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / : / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者West, B.R. / Hastie, K.M. / Saphire, E.O.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of the LCMV nucleoprotein provides a template for understanding arenavirus replication and immunosuppression.
著者: West, B.R. / Hastie, K.M. / Saphire, E.O.
履歴
登録2013年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
E: Nucleoprotein
F: Nucleoprotein
G: Nucleoprotein
H: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,25428
ポリマ－211,2018
非ポリマー1,05320
水00
1
A: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0647
ポリマ－52,8002
非ポリマー2635
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
2
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子

C: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0647
ポリマ－52,8002
非ポリマー2635
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18850 Å2
手法PISA
3
E: Nucleoprotein
ヘテロ分子

G: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0647
ポリマ－52,8002
非ポリマー2635
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18480 Å2
手法PISA
4
F: Nucleoprotein
H: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0647
ポリマ－52,8002
非ポリマー2635
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.856, 94.403, 145.124
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 26400.145 Da / 分子数: 8 / 断片: C-Terminal Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)
株: Armstrong / 遺伝子: N / プラスミド: pET46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09992
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.35M potassium phosphate, 20% PEG 3350, cryoprotected with 20% glycerol, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月18日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→47.264 Å / Num. all: 60576 / Num. obs: 58941 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 1.6 / Observed criterion σ(I): 1.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3Q7C

3q7c


解像度: 2.8→47.264 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2612 2984 5.08 %Random
Rwork0.227 ---
all0.2287 58941 --
obs0.2287 58766 96.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.264 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12463 0 36 0 12499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312758
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67617317
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6224664
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0281930
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032272
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.84590.45361310.38852493X-RAY DIFFRACTION92
2.8459-2.8950.39631290.36022556X-RAY DIFFRACTION94
2.895-2.94760.37451410.33792573X-RAY DIFFRACTION94
2.9476-3.00430.37761290.32992590X-RAY DIFFRACTION94
3.0043-3.06560.33921270.30982585X-RAY DIFFRACTION95
3.0656-3.13220.37671450.29812596X-RAY DIFFRACTION95
3.1322-3.20510.37171580.30212580X-RAY DIFFRACTION95
3.2051-3.28520.32981440.30062625X-RAY DIFFRACTION97
3.2852-3.3740.35381330.27622641X-RAY DIFFRACTION97
3.374-3.47330.33541450.26112661X-RAY DIFFRACTION97
3.4733-3.58530.27381360.25432688X-RAY DIFFRACTION98
3.5853-3.71340.27181320.23952729X-RAY DIFFRACTION99
3.7134-3.86210.26261500.23422681X-RAY DIFFRACTION99
3.8621-4.03770.27441370.22732751X-RAY DIFFRACTION99
4.0377-4.25050.26811450.20852698X-RAY DIFFRACTION99
4.2505-4.51660.22781550.18452711X-RAY DIFFRACTION99
4.5166-4.8650.20181680.17832712X-RAY DIFFRACTION99
4.865-5.3540.21191640.19272714X-RAY DIFFRACTION100
5.354-6.12730.23181420.20782749X-RAY DIFFRACTION99
6.1273-7.71430.24061490.21522754X-RAY DIFFRACTION99
7.7143-47.27110.19141240.17822695X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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