PDB-4o53: Crystal Structure of Trichomonas vaginalis Triosephosphate Isomer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o53

タイトル

Crystal Structure of Trichomonas vaginalis Triosephosphate Isomerase Ile45-Leu mutant (Tvag_497370)

要素

Triosephosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / TIM barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lara-Gonzalez, S. / Montero-Moran, G.M. / Estrella-Hernandez, P. / Benitez-Cardoza, C.G. / Brieba, L.G.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Engineering mutants with altered dimer-monomer equilibrium reveal the existence of stable monomeric Triosephosphate isomerases
著者: Lara-Gonzalez, S. / Montero-Moran, G.M. / Estrella-Hernandez, P. / Benitez-Cardoza, C.G. / Brieba, L.G.

履歴

登録	2013年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o53.cif.gz	111.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o53.ent.gz	85.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o53.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4o53_validation.pdf.gz	396.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o53_full_validation.pdf.gz	396.4 KB	表示
XML形式データ	4o53_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	4o53_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/4o53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/4o53	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4o4vC 4o4wC 4o50C 4o52C 4o54C 4o57C 3qsr C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4unl-d 6nlh-4 4o50-1 1wyi-d 4y96-1 4o4w-1 4o4v-1 1r2t-d 6nee-d 4o52-1 6ooi-4 4o54-1 1btm-d 4owg-d 1sw7-d 6nlh-1 6jox-d 1su5-d 1tpu-d 1sq7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

A: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.891, 55.954, 105.157
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Triosephosphate isomerase 分子量: 27502.680 Da / 分子数: 1 / 変異: I45L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 遺伝子: TVAG_497370 / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star rossetaII / 参照: UniProt: A2EGX9, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Calcium acetate, 0.1M Sodium cacodylate, 18% PEG 8000, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5419 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年4月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5419 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→55.954 Å / Num. all: 19121 / Num. obs: 19121 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 16.93 Å² / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 18.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2-2.11	4.7	0.151	4.7	12609	2660	0.151	96.6
2.11-2.24	5.3	0.114	6.4	13855	2603	0.114	98.6
2.24-2.39	5.3	0.094	7.5	12934	2423	0.094	99
2.39-2.58	5.3	0.083	8.4	12269	2294	0.083	99.3
2.58-2.83	5.3	0.066	10.3	11346	2129	0.066	99.6
2.83-3.16	5.4	0.053	12.7	10420	1943	0.053	99.8
3.16-3.65	5.3	0.043	14.9	9244	1739	0.043	99.9
3.65-4.47	5.3	0.04	15	7761	1473	0.04	100
4.47-6.32	5.2	0.039	14.5	6114	1177	0.039	99.8
6.32-55.954	4.9	0.04	11.2	3303	680	0.04	98

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 30.58 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	55.95 Å
Translation	2.5 Å	49.4 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	dev_1396	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→49.396 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2197	1147	6.01 %	random
R_work	0.1646	-	-	-
obs	0.1679	19099	98.61 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 46.76 Å² / B_iso mean: 17.2255 Å² / B_iso min: 7.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→49.396 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1875	0	3	181	2059

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	1935
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.334	2611
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	298
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	341
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.291	680

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.091	0.2351	137	0.1654	2141	2278	96
2.091-2.2013	0.2314	139	0.1564	2184	2323	98
2.2013-2.3392	0.2258	142	0.1505	2219	2361	98
2.3392-2.5198	0.2364	141	0.1673	2212	2353	99
2.5198-2.7734	0.25	143	0.1715	2240	2383	99
2.7734-3.1746	0.2197	145	0.1755	2260	2405	100
3.1746-3.9994	0.1882	146	0.1659	2304	2450	100
3.9994-49.4112	0.2176	154	0.16	2392	2546	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2786	-0.0674	-0.1742	0.1333	-0.1936	0.5393	0.0374	0.0507	0.0085	-0.0561	-0.2673	0.254	-0.0728	-0.1609	-0.002	0.1216	0.0065	-0.0141	0.1797	-0.0432	0.1458	-14.9736	23.544	-15.0934
2	0.1679	0.043	0.0205	0.1637	-0.1131	0.1013	-0.0913	0.3344	0.2638	-0.0686	-0.0156	0.062	-0.1716	-0.1418	-0.0001	0.1623	0.052	-0.0075	0.2337	0.0028	0.1985	-25.013	31.5342	-13.591
3	0.0356	-0.0486	0.1046	0.0881	-0.1873	0.4314	0.0342	0.2321	-0.2759	-0.0295	-0.0239	0.2737	0.3448	-0.2584	0.0057	0.1764	0.008	-0.0331	0.3262	-0.09	0.2392	-25.8797	18.1364	-23.3363
4	0.1647	-0.1069	-0.0312	0.4261	0.5046	0.7857	-0.0231	0.1006	0.004	0.1008	-0.0532	0.0846	0.057	-0.114	0.0004	0.1203	-0.0118	0.014	0.1197	-0.02	0.1188	-14.9189	20.7197	-4.56
5	0.3942	-0.0969	0.2637	0.4481	0.2438	0.5882	-0.1511	-0.0069	0.1236	0.0534	0.0868	-0.202	0.1535	0.107	-0.001	0.1818	0.0123	0.0121	0.1412	0.0014	0.1562	-1.9018	16.8611	-1.8309
6	0.2289	0.0355	0.3564	0.2424	0.1661	0.6034	0.0394	-0.0912	-0.147	0.0771	-0.0808	-0.0314	0.0427	0.0797	0.0001	0.1319	0.0035	-0.0153	0.1482	-0.0211	0.1404	0.0386	17.6113	-13.7628
7	0.2958	-0.179	-0.5529	0.1684	0.4404	1.213	-0.1773	0.1852	-0.383	0.1069	0.1979	-0.0784	0.2193	0.2786	0.0271	0.1644	0.0181	-0.0086	0.239	-0.0293	0.3112	8.2457	13.7399	-15.6443
8	0.7824	-0.0643	0.1664	0.6618	0.628	0.7683	-0.0791	0.0817	-0.0548	0.0514	0.0784	-0.0808	0.0983	0.0267	0.0006	0.1404	0.0194	0.0097	0.1105	-0.0233	0.1486	-0.9834	13.0395	-18.1364
9	0.2169	-0.1636	0.3098	0.1295	-0.173	0.8555	-0.1989	-0.1984	-0.2066	0.2215	0.2219	0.0534	0.5261	0.1004	0.0391	0.2563	0.0257	0.0473	0.1489	-0.0034	0.2006	-4.6838	1.5963	-16.3215
10	0.1453	0.102	0.0019	0.0626	0.0095	0.2621	-0.0641	0.217	0.0097	-0.0485	-0.0467	0.0115	-0.0362	-0.0273	0.0001	0.1222	0.0172	0.0028	0.1655	-0.0002	0.1562	-9.576	19.4391	-24.8531
11	0.6068	0.5634	0.0528	0.6561	0.2325	0.2647	0.0071	0.3006	0.163	-0.3705	-0.0722	0.3092	-0.3171	0.3054	0.0127	0.2076	0.0178	-0.0289	0.2437	-0.0536	0.1531	-19.0751	25.8118	-24.4343
12	0.0279	-0.1087	0.1311	0.4681	-0.5512	0.6541	0.0133	0.2346	-0.2049	-0.2113	0.0861	-0.0385	0.1953	-0.1835	0.0495	0.1036	-0.0353	0.0075	0.224	-0.0803	0.1241	-16.5769	14.6371	-28.7032

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 2:17)	A	2 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 18:26)	A	18 - 26
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 27:35)	A	27 - 35
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 36:98)	A	36 - 98
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 99:118)	A	99 - 118
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 119:133)	A	119 - 133
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 134:149)	A	134 - 149
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 150:195)	A	150 - 195
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 196:206)	A	196 - 206
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 207:237)	A	207 - 237
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 238:243)	A	238 - 243
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 244:252)	A	244 - 252

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見 (Yorodumi)