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- PDB-4nz2: Crystal structure of CYP2C9 in complex with an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nz2
タイトルCrystal structure of CYP2C9 in complex with an inhibitor
要素Cytochrome P450 2C9
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / cytochrome P-450 / CYP2C9 / inhibitor / structure-based drug design / drug metabolism / monooxygenase / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonate 14,15-epoxygenase activity / arachidonate 11,12-epoxygenase activity / amide metabolic process / (S)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 7-monooxygenase / (R)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 6-monooxygenase activity / (S)-limonene 7-monooxygenase activity / (R)-limonene 6-monooxygenase activity / urea metabolic process ...arachidonate 14,15-epoxygenase activity / arachidonate 11,12-epoxygenase activity / amide metabolic process / (S)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 7-monooxygenase / (R)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 6-monooxygenase activity / (S)-limonene 7-monooxygenase activity / (R)-limonene 6-monooxygenase activity / urea metabolic process / omega-hydroxylase P450 pathway / Synthesis of (16-20)-hydroxyeicosatetraenoic acids (HETE) / organic acid metabolic process / organofluorine metabolic process / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / icosanoid biosynthetic process / monocarboxylic acid metabolic process / epoxygenase P450 pathway / caffeine oxidase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / Biosynthesis of maresin-like SPMs / monoterpenoid metabolic process / estrogen 2-hydroxylase activity / oxidative demethylation / steroid hydroxylase activity / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / estrogen metabolic process / long-chain fatty acid biosynthetic process / unspecific monooxygenase / Aspirin ADME / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / cholesterol metabolic process / xenobiotic metabolic process / monooxygenase activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2QJ / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 2C9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Branden, G. / Sjogren, T. / Xue, Y.
引用ジャーナル: Drug Discov Today / 年: 2014
タイトル: Structure-based ligand design to overcome CYP inhibition in drug discovery projects.
著者: Branden, G. / Sjogren, T. / Schnecke, V. / Xue, Y.
履歴
登録2013年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2C9
B: Cytochrome P450 2C9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,92010
ポリマ－108,3372
非ポリマー2,5838
水5,909328
1
A: Cytochrome P450 2C9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4605
ポリマ－54,1691
非ポリマー1,2914
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 2C9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4605
ポリマ－54,1691
非ポリマー1,2914
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.380, 164.380, 111.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome P450 2C9 / (R)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 7-monooxygenase / ...(R)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 7-monooxygenase / CYPIIC9 / Cytochrome P-450MP / Cytochrome P450 MP-4 / Cytochrome P450 MP-8 / Cytochrome P450 PB-1 / S-mephenytoin 4-hydroxylase


分子量: 54168.590 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-490 / 変異: K206E, I215V, C216Y, S220P, P221A, I222L, I223 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2C10, CYP2C9, CYP2C9 CYP2C10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 blue
参照: UniProt: P11712, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: P11712, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む, EC: 1.14.13.80, EC: 1.14.13.48, EC: 1.14.13.49

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非ポリマー , 5種, 336分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-2QJ / (2R)-N-{4-[(3-bromophenyl)sulfonyl]-2-chlorophenyl}-3,3,3-trifluoro-2-hydroxy-2-methylpropanamide


分子量: 486.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H12BrClF3NO4S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: PEG 4000, LiSO4, Tris-HCl, DTT, glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→48.467 Å / Num. obs: 63852 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 57.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.526 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. measured all: 18974 / Num. unique all: 4690 / % possible all: 99.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.21データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→48.467 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9302 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9208 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.263 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2348 3238 5.07 %RANDOM
Rwork0.2167 ---
obs0.2176 63852 99.62 %-
原子変位パラメータBiso max: 153.87 Å2 / Biso mean: 54.4935 Å2 / Biso min: 21.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.795 Å20 Å20 Å2
2---3.795 Å20 Å2
3---7.5901 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.389 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→48.467 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7432 0 162 328 7922
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2688SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes184HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1132HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7788HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion986SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9077SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7788HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10574HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.54
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3477 242 5.16 %
Rwork0.3241 4446 -
all0.3253 4688 -
obs-4688 99.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.774-0.4012-0.15160.7955-0.16171.3264-0.0632-0.03820.07310.02150.0464-0.0335-0.0494-0.02430.0168-0.11120.097-0.03110.0428-0.0328-0.0865-55.4525-48.919-20.8507
20.2553-0.11370.0251.31450.16591.7932-0.03930.02230.01230.03220.02010.02340.0329-0.07140.0192-0.13840.12310.00410.00550.0088-0.0356-20.8793-77.9792-30.4723
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A27 - 501
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B27 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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