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Yorodumi- PDB-4nwp: Computationally Designed Two-Component Self-Assembling Tetrahedra... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4nwp | ||||||
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Title | Computationally Designed Two-Component Self-Assembling Tetrahedral Cage, T33-21, Crystallized in Space Group R32 | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / two-component / self-assembling / tetrahedron / designed protein cage / computational design / computational biology / protein engineering / multimerization / nanomaterial / nanostructure | ||||||
Function / homology | Function and homology information 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate delta-isomerase activity / catabolic process / transferase activity / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pyrococcus horikoshii (archaea) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | McNamara, D.E. / King, N.P. / Bale, J.B. / Sheffler, W. / Baker, D. / Yeates, T.O. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2014 Title: Accurate design of co-assembling multi-component protein nanomaterials. Authors: King, N.P. / Bale, J.B. / Sheffler, W. / McNamara, D.E. / Gonen, S. / Gonen, T. / Yeates, T.O. / Baker, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4nwp.cif.gz | 416.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4nwp.ent.gz | 343.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4nwp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4nwp_validation.pdf.gz | 506.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4nwp_full_validation.pdf.gz | 509.6 KB | Display | |
Data in XML | 4nwp_validation.xml.gz | 37.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4nwp_validation.cif.gz | 51.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/4nwp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/4nwp | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4nwnC 4nwoC 4nwqC 4nwrC 1wy1S 3e6qS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19316.582 Da / Num. of mol.: 4 Mutation: K85A, E88L, G89K, S92L, E95M, E126L, A130L, L133T, K140A, L143A, V144A, N147L, R148A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pyrococcus horikoshii (archaea) / Strain: OT3 / Gene: PH0671 / Plasmid: pET29b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: O58404 #2: Protein | Mass: 14346.274 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: A27K, A74I, Q78T, A79L, E82A, E86A, G90E, A112L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Strain: PAO1 / Gene: PA1966 / Plasmid: pET29b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9I2D8 #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-NH4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / pH: 5 Details: 100 mM citric acid pH 5.0, 800 mM (NH4)2 SO4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 1.0393 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 8, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0393 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→93.782 Å / Num. obs: 92425 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 9.75 % / Biso Wilson estimate: 37.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.99 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Redundancy: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 1.248 / Mean I/σ(I) obs: 2.74 / % possible all: 100 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1WY1 AND 3E6Q Resolution: 2.1→93.78 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.18 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.36 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→93.78 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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