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- PDB-4nwq: Computationally Designed Two-Component Self-Assembling Tetrahedra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nwq
タイトルComputationally Designed Two-Component Self-Assembling Tetrahedral Cage, T33-21, Crystallized in Space Group F4132
要素
  • Putative uncharacterized protein PH0671
  • Uncharacterized protein
キーワードPROTEIN BINDING / two-component / self-assembling / tetrahedron / designed protein cage / computational design / protein engineering / multimerization / nanomaterial / nanostructure / transferase / isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate delta-isomerase activity / corrinoid adenosyltransferase activity / catabolic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase / 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase / Hypothetical Protein Ta1238; Chain: A; / Cobalamin adenosyltransferase-like / Cobalamin adenosyltransferase-like / Corrinoid adenosyltransferase, PduO-type / Cobalamin adenosyltransferase / Cobalamin adenosyltransferase-like superfamily / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor ...5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase / 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase / Hypothetical Protein Ta1238; Chain: A; / Cobalamin adenosyltransferase-like / Cobalamin adenosyltransferase-like / Corrinoid adenosyltransferase, PduO-type / Cobalamin adenosyltransferase / Cobalamin adenosyltransferase-like superfamily / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cobalamin adenosyltransferase-like domain-containing protein / 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者McNamara, D.E. / King, N.P. / Bale, J.B. / Sheffler, W. / Baker, D. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Accurate design of co-assembling multi-component protein nanomaterials.
著者: King, N.P. / Bale, J.B. / Sheffler, W. / McNamara, D.E. / Gonen, S. / Gonen, T. / Yeates, T.O. / Baker, D.
履歴
登録2013年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein PH0671
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,72013
ポリマ－33,6632
非ポリマー1,05711
水28816
1
A: Putative uncharacterized protein PH0671
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)416,635156
ポリマ－403,95424
非ポリマー12,680132
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_545-z+1/2,x-1/2,-y1
crystal symmetry operation11_555y+1/2,-z,-x+1/21
crystal symmetry operation27_555-x+1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation29_545z,x-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation36_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation50_545-x+1/2,-y-1/2,z1
crystal symmetry operation54_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation58_545-y,z-1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation76_545x,-y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation79_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation81_545y+1/2,z-1/2,x1
Buried area70230 Å2
ΔGint-351 kcal/mol
Surface area111070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)272.180, 272.180, 272.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number210
Space group name H-MF4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

SO4

21A-201-

SO4

31A-205-

SO4

41B-201-

SO4

51B-201-

SO4

61B-206-

SO4

71B-206-

SO4

詳細The biological assembly is a protein cage with tetrahedral point group symmetry. One asymmetric unit contains one heterodimer, with each chain from a different homotrimer in the biological assembly.

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein PH0671


分子量: 19316.582 Da / 分子数: 1
変異: K85A, E88L, G89K, S92L, E95M, E126L, A130L, L133T, K140A, L143A, V144A, N147L, R148A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: PH0671 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O58404
#2: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 14346.274 Da / 分子数: 1 / 変異: A27K, A74I, Q78T, A79L, E82A, E86A, G90E, A112L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA1966 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I2D8
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / pH: 5.5
詳細: 100 mM bis-tris pH 5.5, 2.12 M (NH4)2 SO4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9716
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9716 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→96.23 Å / Num. obs: 21830 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19.77 % / Biso Wilson estimate: 68.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 20.91
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 20.03 % / Rmerge(I) obs: 1.277 / Mean I/σ(I) obs: 2.94 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.21 Å96.23 Å
Translation4.21 Å96.23 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WY1 AND 3E6Q

1wy1

3e6q


解像度: 2.8→96.23 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.196 2184 10.01 %
Rwork0.181 --
obs0.183 21829 100 %
all-21833 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 73.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→96.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2041 0 55 16 2112
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0012105
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.412846
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.177765
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.015335
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002355
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8002-2.86110.37431320.36451190X-RAY DIFFRACTION100
2.8611-2.92760.34081350.26751218X-RAY DIFFRACTION100
2.9276-3.00080.27581320.26581186X-RAY DIFFRACTION100
3.0008-3.0820.26251320.24181193X-RAY DIFFRACTION100
3.082-3.17270.22491340.21411205X-RAY DIFFRACTION100
3.1727-3.27510.21341340.2011204X-RAY DIFFRACTION100
3.2751-3.39220.21561340.19541209X-RAY DIFFRACTION100
3.3922-3.5280.20361350.17551207X-RAY DIFFRACTION100
3.528-3.68850.21340.17241211X-RAY DIFFRACTION100
3.6885-3.8830.16741360.16791223X-RAY DIFFRACTION100
3.883-4.12630.18851360.14861219X-RAY DIFFRACTION100
4.1263-4.44490.15681360.13371227X-RAY DIFFRACTION100
4.4449-4.89220.14661380.14151245X-RAY DIFFRACTION100
4.8922-5.60.18111390.16821248X-RAY DIFFRACTION100
5.6-7.05510.21921420.22241277X-RAY DIFFRACTION100
7.0551-96.2870.18411550.18061383X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.0071-1.2380.87914.05630.08925.0776-0.12-0.09370.70140.06510.04470.4566-0.7079-0.40470.07590.53360.09030.05470.3047-0.00270.541542.8789-37.901857.5298
21.98530.70690.23772.43320.03411.18910.03670.27740.2299-0.08270.11260.2188-0.0134-0.2457-0.12220.4012-0.07040.07520.58280.12080.497883.8271-39.529137.3051
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 23 through 169 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 2 through 122 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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