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- PDB-4nwn: Computationally Designed Two-Component Self-Assembling Tetrahedra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nwn
タイトルComputationally Designed Two-Component Self-Assembling Tetrahedral Cage T32-28
要素
  • Propanediol utilization: polyhedral bodies pduT
  • Uncharacterized protein
キーワードPROTEIN BINDING / two-component / self-assembling / tetrahedron / designed protein cage / computational design / protein engineering / multimerization / nanomaterial / nanostructure
機能・相同性Periplasmic metal-binding protein Tp34-type / Periplasmic metal-binding protein Tp34-type superfamily / Fe2+ transport protein / metal ion binding / Iron transporter / Uncharacterized protein / :
機能・相同性情報
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者McNamara, D.E. / King, N.P. / Bale, J.B. / Sheffler, W. / Baker, D. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Accurate design of co-assembling multi-component protein nanomaterials.
著者: King, N.P. / Bale, J.B. / Sheffler, W. / McNamara, D.E. / Gonen, S. / Gonen, T. / Yeates, T.O. / Baker, D.
履歴
登録2013年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Propanediol utilization: polyhedral bodies pduT
C: Uncharacterized protein
D: Propanediol utilization: polyhedral bodies pduT
E: Uncharacterized protein
F: Propanediol utilization: polyhedral bodies pduT
G: Uncharacterized protein
H: Propanediol utilization: polyhedral bodies pduT
I: Uncharacterized protein
J: Propanediol utilization: polyhedral bodies pduT
K: Uncharacterized protein
L: Propanediol utilization: polyhedral bodies pduT
M: Uncharacterized protein
N: Propanediol utilization: polyhedral bodies pduT
O: Uncharacterized protein
P: Propanediol utilization: polyhedral bodies pduT
Q: Uncharacterized protein
R: Propanediol utilization: polyhedral bodies pduT
S: Uncharacterized protein
T: Propanediol utilization: polyhedral bodies pduT
U: Uncharacterized protein
V: Propanediol utilization: polyhedral bodies pduT
W: Uncharacterized protein
X: Propanediol utilization: polyhedral bodies pduT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)446,92724
ポリマ－446,92724
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)246.010, 246.010, 290.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The biological assembly is a protein cage with tetrahedral point group symmetry that comprises the contents of one asymmetric units.

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 19928.221 Da / 分子数: 12
変異: R114L, S145L, N148A, N149A, T152A, V153T, E156L, S157A, E160A, R167A, V169I
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
株: 81-176 / 遺伝子: CJE1831, CJJ81176_1650, PduT, stm2054 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: K8VQB8
#2: タンパク質
Propanediol utilization: polyhedral bodies pduT


分子量: 17315.658 Da / 分子数: 12
変異: E71A, K73A, T75A, R82T, N114T, E116A, Y120L, K147V, D149T, K151F
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: STm5 / 遺伝子: B581_12628, cjj81176_1650 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1W1R1, UniProt: A0A0H3PA01*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 200 mM ammonium acetate, 24% (v/v) (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→93.927 Å / Num. all: 60851 / Num. obs: 59814 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 183.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 13.08
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
4.5-4.627.450.9742.113217132171432197.3
4.62-4.747.510.822.513243932439431899.4
4.74-4.887.510.7012.973146531465418999.1
4.88-5.037.50.6953.043041030410405699
5.03-5.27.390.5463.752912929189394299
5.2-5.387.320.4654.362784927849380398.9
5.38-5.587.180.4474.482647626476368798.7
5.58-5.816.80.4044.812376323763349597.9
5.81-6.076.980.3575.472366323663339097.9
6.07-6.367.640.3196.392476724767324298.8
6.36-6.717.540.2388.432339023390310498.7
6.71-7.117.480.17311.232176921769291298.4
7.11-7.67.350.11216.62044820448278398.6
7.6-8.217.120.07224.361824318243256197.8
8.21-96.490.04932.81511415114232996.5
9-10.067.560.04141.381627216272215297.9
10.06-11.627.40.03448.521416514165191397.9
11.62-14.237.180.02954.681171111711163197.8
14.23-20.126.450.02754.9880798079125295.1
20.12-93.9277.070.02368.275187518773495.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Model of 24-mer based on 3LZL and 3N79

3lzl

3n79


解像度: 4.5→93.927 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.6573 / SU ML: 0.95 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 39.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3429 5981 10 %RANDOM
Rwork0.2971 ---
obs0.3017 59810 98.31 %-
all-60851 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 577.77 Å2 / Biso mean: 216.1558 Å2 / Biso min: 52.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.5→93.927 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20307 0 0 0 20307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00320475
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54628509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0163623
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044243
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.6054627
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
4.4992-4.55030.37851920.375817251917172595
4.5503-4.60380.41841980.3465177819761778100
4.6038-4.660.38022010.351218092010180999
4.66-4.7190.40431980.346717821980178299
4.719-4.78110.37931980.344117901988179099
4.7811-4.84650.38521990.331617831982178399
4.8465-4.91580.38491980.340917891987178999
4.9158-4.98920.40511960.351417571953175799
4.9892-5.06710.41651990.361417991998179999
5.0671-5.15020.41482050.349618412046184199
5.1502-5.2390.41241960.347617601956176099
5.239-5.33420.37012010.362718102011181099
5.3342-5.43680.4061960.350817671963176799
5.4368-5.54780.42321990.359317921991179299
5.5478-5.66840.40851990.349417891988178999
5.6684-5.80020.42491960.373217631959176397
5.8002-5.94530.42361950.373617621957176297
5.9453-6.1060.42542000.354517971997179799
6.106-6.28560.41672000.362717971997179799
6.2856-6.48850.41811990.331817891988178998
6.4885-6.72030.40822010.337718092010180999
6.7203-6.98930.32662010.316318102011181099
6.9893-7.30730.31931980.272117821980178298
7.3073-7.69240.28582020.257818162018181698
7.6924-8.17410.28982000.227418052005180598
8.1741-8.80470.24671970.202817731970177396
8.8047-9.690.23782000.202818022002180298
9.69-11.09020.24852030.21418252028182598
11.0902-13.96520.3042050.237218402045184098
13.9652-93.94780.39092090.371918882097188896
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.34150.1569-1.20963.6634-0.85142.8809-0.06460.426-0.99670.31440.04691.8851-0.4704-0.26880.01981.15670.20120.20240.3181-0.60840.5144139.2699-34.075567.9931
25.58872.24541.50114.26491.1342.2968-0.24132.10170.56080.52780.65840.4757-0.05080.4494-0.05530.863-0.06870.20561.39770.27921.353157.0791-39.778744.558
33.95980.61061.18044.0311.36760.7284-0.61260.88590.19110.22591.0314-0.4671-1.61450.0498-0.02263.06580.3566-0.08560.86820.4270.5048138.8186-0.719872.2998
42.4684-1.0181-1.23974.3282-0.80455.7631-0.8234-0.2514-0.61050.78030.11990.7651-1.02880.08741.50592.3114-0.2453-0.35450.74560.25012.437128.943927.113170.5792
51.73582.7337-0.73528.94820.69961.1556-0.19510.34250.1951-2.0553-0.4092-0.77090.1109-0.39390.19921.80260.1317-0.13620.75320.17460.8162114.5921-20.003285.6558
60.98810.4631-0.11182.83380.35822.7197-0.12240.0767-0.6887-0.31070.745-0.52551.4544-0.02790.95652.4764-0.38421.44730.4080.72540.371791.479-39.334285.7493
73.3935-2.2173-0.0117.4296-4.89394.2236-0.37940.62330.6207-0.30130.0859-0.81781.4489-0.430.15691.61910.0399-0.00392.4056-0.64111.2878139.5506-46.7336-1.1239
81.4118-1.2353-0.04893.81540.90554.8014-0.47810.6053-0.29910.7270.5340.71130.66010.07410.56440.79450.1206-0.11742.0324-0.7741.521146.4331-58.139926.349
91.68880.89460.54090.46840.58110.9031-1.06450.4858-0.4675-0.4373-0.53551.1275-0.2904-1.3182-2.43331.0436-0.6575-0.66731.691-2.67942.0562121.1924-31.5467-24.8015
101.420.53460.21783.57910.31951.07660.8659-0.4271-0.036-1.6574-0.5305-1.0499-0.99521.17320.63842.0034-0.34051.05242.7701-0.10112.1515133.4044-3.6882-27.92
113.7545-0.46762.3092.33870.36592.9301-0.2042-0.82530.48481.01140.7528-1.5130.16750.9826-0.00750.65990.6783-0.28812.1104-1.55470.9173108.9303-58.2355-8.4963
123.5781.2501-2.45272.11440.57982.93920.00061.04720.9003-1.27710.71710.6006-0.4476-0.81910.72441.9140.0599-1.30541.6292-1.29223.133578.9894-57.7238-12.3681
134.1399-1.0291.15343.6013-0.62941.4246-0.42650.29040.73940.19190.48620.9549-0.4193-0.50650.46231.37940.77540.30380.87131.22382.5571111.419643.95929.3521
143.95690.43970.65652.7196-1.18412.60150.09310.73410.01631.3527-0.6931-1.81980.0170.82790.87781.6177-0.19970.49380.57950.67722.1205135.408138.82645.7915
151.62850.80960.73371.9016-0.25543.76770.3627-0.11120.0372-1.0811-1.0339-0.00090.3371-0.4178-0.29682.89410.9350.08842.25840.0610.2915117.311133.9699-2.0889
161.34320.09640.86772.70761.991.98730.63430.38221.862-2.77470.32561.24860.1423-1.0767-0.23512.72360.57130.95183.15961.39843.0163115.121517.5292-27.2079
172.3409-0.48110.73741.47350.62112.92750.39191.6762-0.8792-0.8472-0.6022-0.545-0.61071.4143-0.51071.8596-0.1175-0.1373.03350.04450.3585.349638.88198.4549
180.81441.4035-0.47553.7137-1.3050.4543-0.6370.9204-0.9333-0.3870.4570.89550.1671.86540.45781.69570.3844-0.18412.9709-0.70611.54960.390635.545124.9979
191.1698-0.66550.03311.93831.25325.269-0.38140.1549-0.4961-0.021.55020.80030.3506-1.27231.18812.4225-0.16951.55631.17940.10672.790454.495-35.768354.0393
202.8842-1.46640.40652.30971.2553.9640.7354-1.0074-0.08030.8084-0.06441.30260.08180.178-0.10551.5834-0.36541.2271.7284-0.38691.725966.6108-27.381680.1575
210.1209-0.0909-0.05190.91190.82990.754-0.4360.2467-0.1381-0.02780.14250.43330.9085-0.56920.01343.56940.4448-1.2011.738-2.01213.509148.8854-36.91521.0089
223.3886-0.3927-0.19463.3954-1.16928.2351-0.96810.7176-2.28410.1101-0.32680.5863-0.68670.14980.29981.2773-0.23430.20111.7766-0.76653.005263.922-61.706811.0418
230.6916-0.78530.67223.7961-0.99545.4743-0.6075-3.09671.72110.50721.2541-0.33790.64571.590.16311.5481-0.21960.12143.1684-1.0872.311943.9618-8.455737.7709
244.41390.4368-2.83314.1118-2.82083.9153-0.00091.71390.4916-0.71961.56030.7970.68320.5326-1.28741.71370.5286-0.67692.2453-0.8142.60844.501613.735116.9009
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 183 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 2 through 158 )B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 2 through 184 )C0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 2 through 158 )D0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 2 through 184 )E0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 2 through 158 )F0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid 2 through 184 )G0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 2 through 158 )H0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'I' and (resid 2 through 183 )I0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'J' and (resid 2 through 158 )J0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'K' and (resid 2 through 184 )K0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 2 through 158 )L0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'M' and (resid 2 through 182 )M0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'N' and (resid 2 through 158 )N0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'O' and (resid 2 through 183 )O0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'P' and (resid 2 through 158 )P0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'Q' and (resid 2 through 184 )Q0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'R' and (resid 2 through 158 )R0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'S' and (resid 2 through 184 )S0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'T' and (resid 2 through 158 )T0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'U' and (resid 2 through 184 )U0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'V' and (resid 2 through 158 )V0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'W' and (resid 2 through 184 )W0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'X' and (resid 2 through 158 )X0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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