+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3n79 | ||||||
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Title | PduT C38S Mutant from Salmonella enterica Typhimurium | ||||||
Components | PduT | ||||||
Keywords | ELECTRON TRANSPORT / FeS Cluster / BMC shell protein / Pdu / Carboxysome | ||||||
Function / homology | Function and homology information propanediol degradation polyhedral organelle / propanediol catabolic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Crowley, C.S. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2010 Title: Structural Insight into the Mechanisms of Transport across the Salmonella enterica Pdu Microcompartment Shell. Authors: Crowley, C.S. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Kopstein, J.S. / Bobik, T.A. / Yeates, T.O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3n79.cif.gz | 87.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3n79.ent.gz | 65.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3n79.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/3n79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/3n79 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20222.355 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C38S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) Gene: pduT, STM2054 / Plasmid: pET22b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9XDM8 |
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#3: Chemical | ChemComp-CL / |
#4: Chemical | ChemComp-NA / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 1.3M LiSO4, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9793 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 20, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→20 Å / Num. obs: 25637 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26.251 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 26.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: SAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.5→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / SU ML: 0.2 / σ(F): 0.18 / Phase error: 21.33 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.175 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 80.88 Å2 / Biso mean: 24.438 Å2 / Biso min: 8.63 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 19.6806 Å / Origin y: 39.1018 Å / Origin z: 12.8509 Å
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Refinement TLS group |
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