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- PDB-4nrz: Crystal Structure of HIV-1 Neutralizing Antibody m66.6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nrz
タイトルCrystal Structure of HIV-1 Neutralizing Antibody m66.6
要素
  • M66.6 HEAVY CHAIN
  • M66.6 LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / Neutralizing Antibody / HIV-1 gp41 / Membrane Proximal External Region / MPER
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Ofek, G. / Yang, Y. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: J.Virol. / : 2014
タイトル: Structural Basis for HIV-1 Neutralization by 2F5-Like Antibodies m66 and m66.6.
著者: Ofek, G. / Zirkle, B. / Yang, Y. / Zhu, Z. / McKee, K. / Zhang, B. / Chuang, G.Y. / Georgiev, I.S. / O'Dell, S. / Doria-Rose, N. / Mascola, J.R. / Dimitrov, D.S. / Kwong, P.D.
履歴
登録2013年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月5日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: M66.6 HEAVY CHAIN
A: M66.6 HEAVY CHAIN
L: M66.6 LIGHT CHAIN
B: M66.6 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,62011
ポリマ-97,1634
非ポリマー4587
3,117173
1
H: M66.6 HEAVY CHAIN
L: M66.6 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8436
ポリマ-48,5812
非ポリマー2624
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
A: M66.6 HEAVY CHAIN
B: M66.6 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7785
ポリマ-48,5812
非ポリマー1963
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.160, 118.873, 80.033
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: 抗体 M66.6 HEAVY CHAIN


分子量: 25183.219 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab Heavy Chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 M66.6 LIGHT CHAIN


分子量: 23398.088 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab Light Chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 11% polyethylene glycol 8000, 0.05 M zinc acetate, 0.05 M sodium cacaodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年2月24日
放射モノクロメーター: SI220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→50 Å / Num. obs: 35882 / % possible obs: 85.7 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.43→2.47 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / % possible all: 50.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.42→30.19 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 1543 4.31 %
Rwork0.177 --
obs0.178 35840 84.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→30.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6719 0 7 173 6899
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086894
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1739364
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6962468
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661040
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061187
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4205-2.49860.3063710.23421555X-RAY DIFFRACTION43
2.4986-2.58780.32741070.23522038X-RAY DIFFRACTION56
2.5878-2.69140.29141050.23432392X-RAY DIFFRACTION65
2.6914-2.81380.28631260.23692798X-RAY DIFFRACTION76
2.8138-2.9620.2851420.22883364X-RAY DIFFRACTION90
2.962-3.14740.28381570.21873593X-RAY DIFFRACTION98
3.1474-3.39010.24671680.18773701X-RAY DIFFRACTION100
3.3901-3.73070.2131670.16683674X-RAY DIFFRACTION100
3.7307-4.26930.18781680.1543713X-RAY DIFFRACTION100
4.2693-5.37390.15311770.12873702X-RAY DIFFRACTION100
5.3739-30.19670.1851550.17283767X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0063-0.00350.00540.00070.0005-0.0020.0876-0.02450.0045-0.04040.066-0.0129-0.00760.0714-00.16190.00450.00820.1622-0.04150.198817.9417-42.8172-1.3373
2-0.0053-00.00570.0030.0115-0.01010.0989-0.0001-0.0424-0.03890.07230.01570.0213-0.0361-0-0.5578-0.2004-0.4904-0.369-0.2933-0.369212.6065-43.16027.1813
3-0.0690.00350.1013-0.030.0331-0.05540.0937-0.0765-0.05390.05430.08330.0891-0.12050.10050-0.6261-0.1912-0.7528-0.3888-0.4106-0.82567.4555-37.7557-1.1763
4-0.0036-0.00490.0020.00740.00520.00080.06460.01290.0115-0.04230.0522-0.0733-0.0288-0.029800.17660.0609-0.07030.0407-0.08110.2101-6.0288-51.2545-21.809
50.0016-0.00240.0020.00970.00880.00160.08640.02440.00140.03460.0098-0.04880.0134-0.0368-00.14270.145-0.15070.1162-0.02120.1243-10.2172-47.8497-20.7743
6-0.0015-0.00430.00430.00620.0015-0.00290.04290.03520.0003-0.00510.0482-0.0551-0.0173-0.041800.15840.1019-0.03960.0413-0.12790.2284-6.5732-54.2431-29.3223
70.002-0.0030.00330.00390.00360.002-0.02620.0194-0.0229-0.0226-0.02050.0216-0.02730.035800.0433-0.03350.00410.10250.00060.1768-2.2305-21.3884-55.9983
80.00460.0057-0.0041-0.0020.0014-0.00040.0259-0.0037-0.0487-0.00910.0218-0.00740.01480.0226-0-0.3423-0.1013-0.0995-0.083-0.2481-0.4189-13.6226-22.5715-56.2831
90.0009-0.00070.00010.0009-0.00110.00130.00310.02490.0238-0.00540.00480.00030.0005-0.01400.13910.0018-0.00450.1703-0.00160.1921-18.2315-15.8515-63.3475
100.00210.02330.0068-0.032-0.00050.00290.13940.005-0.0109-0.14820.09840.0226-0.0832-0.03890-0.4125-0.09610.17520.0673-0.0218-0.1002-16.6129-22.799-58.5991
11-0.00410.0184-0.0019-0.02280.00170.00370.1640.0350.0395-0.0606-0.0246-0.0233-0.1304-0.00360-0.254-0.2431-0.2265-0.1112-0.2122-0.0933-1.8096-15.7958-45.1136
120.010.0029-0.0054-0.00270.00030.00070.0008-0.0348-0.0179-0.0222-0.03840.0037-0.00950.0131-0-0.0849-0.0511-0.07310.25280.0030.009111.267-12.3143-34.1794
130.02080.0016-0.01-0.0042-0.00180.00480.04070.0041-0.00260.0320.02670.0087-0.0430.0529-0-0.11190.0291-0.02560.40610.03370.037712.8889-12.2654-30.8076
140.003-0.005-0.0064-0.00030.00350.0037-0.0595-0.01650.0115-0.0616-0.02440.0754-0.0131-0.0054-00.07060.0611-0.00290.1803-0.04270.1035-8.0656-25.65111.615
150.0067-0.00080.00280.004-0.00620.0045-0.01820.088-0.0094-0.00960.0014-0.01-0.02650.033300.1335-0.01940.0896-0.0986-0.2443-0.2272.9938-23.31733.1287
160.0010.00070.00040.001-0.00120.0018-0.03450.01190.0088-0.02630.03480.0088-0.00820.000900.1016-0.0145-0.00750.0847-0.01020.0676-2.1251-18.08985.7699
17-0.0013-0.00210.005-0.0014-0.0036-0.0027-0.02480.0354-0.00390.04380.00030.02930.01920.0071-0-0.118-0.0579-0.2502-0.02760.0308-0.29810.6525-27.21121.8069
18-00.00240.00130.0002-0.00090.0004-0.0011-0.00780.00280.0141-0.01310.0107-0.01780.0151-00.0458-0.0899-0.06440.07560.01590.0954-15.3186-28.7548-11.7265
190.00310.003-0.00180.0012-0.00110.0018-0.00430.0003-0.0111-0.004-0.0098-0.0074-0.0185-0.002400.1929-0.028-0.03950.0947-0.12440.237-18.1828-57.8795-20.1946
20-0.00510.00210.00350.00120.00350.0030.0608-0.0105-0.023-0.00630.05730.0061-0.0271-0.0027-00.2373-0.05530.078-0.0768-0.1767-0.0854-20.2529-45.0322-11.9727
21-0.00120.0023-0.0009-0.00110.00010.0008-0.0273-0.0013-0.00830.0222-0.01110.0202-0.0014-0.010400.2257-0.08670.02970.2334-0.040.1053-21.2297-52.5162-6.4268
22-0.0010.0080.02490.004-0.00960.0004-0.00380.0163-0.04840.0714-0.03140.08140.00180.041300.2173-0.06510.0303-0.03340.0510.132-19.2588-49.5318-13.4715
230.00360.0011-0.002500.0016-0.00030.08850.0078-0.0031-0.00210.0540.01470.0069-0.0279-00.2911-0.04220.13490.3039-0.07850.4419-29.3414-47.0496-15.2836
240.0040.0008-0.0045-0.0025-0.0035-0.0001-0.04350.01690.02520.02320.00550.0428-0.00170.0132-00.11520.0282-0.02630.20040.0030.1322-22.9881-13.9846-34.0229
250.0015-0.0013-0.0031-00.00260.0083-0.00090.02160.0017-0.0004-0.0081-0.0160.0201-0.01300.02450.03040.06950.0646-0.0720.0612-24.3443-19.6001-42.036
260.00140.002-0.00010.0014-0.00060.00160.0029-0.01-0.0120.0149-0.006-0.02050.0129-0.0009-00.0782-0.0254-0.0150.174-0.03010.0692-28.513-26.9718-38.8768
27-0.0014-0.0048-0.0013-0.0031-0.00260.0016-0.0049-0.0092-0.02720.0182-0.0309-0.0370.0180.0123-00.0862-0.01090.01420.11580.03140.039-22.9178-23.1928-31.0998
28-0.0001-0.0011-0-0.0038-00.00050.03220.02770.01740.0198-0.0028-0.0112-0.0097-0.02250-0.02480.04050.06410.0026-0.0589-0.0577-23.0129-16.5007-46.769
290.00080.0012-0.0009-0.00170.0011-00.0145-0.01240.01010.00680.02750.00120.0079-0.000400.1162-0.02060.00240.1282-0.03890.1389-12.2967-13.3062-22.8417
30-0.00050.0012-0.00570.0014-0.0031-0.00760.0545-0.0352-0.01550.0120.09520.0318-0.06330.023-00.1116-0.23370.24780.00630.03540.15094.8784-0.4988-27.4982
31-0.00070.0004-0.00190.00020.00020.0014-0.0135-0.00940.0024-0.0104-0.0047-0.00280.0277-0.0025-00.22040.01770.08850.083-0.02260.15870.29426.167-32.3463
320.00050.0001-0.00010.00080.00020.00060.0013-0.00080.00250.00530.0164-0.00030.00180.0154-00.1469-0.00440.04170.07690.10780.0754-4.7598-16.1804-25.0626
330.0005-0.0006-0.00420.00110.00180.0002-0.0223-0.00530.00880.016-0.005-0.00820.00830.0053-00.2726-0.050.14740.0759-0.01340.15589.53557.1083-33.4098
340.0021-0.0032-0.0050.00350.0035-0.0005-0.0027-0.0106-0.00920.01530.01340.00990.01140.00100.2285-0.04710.22670.1035-0.00770.27592.57887.5284-24.2455
350.0009-0.0003-0.00360.0030.0053-0.00430.013-0.0116-0.01040.00080.0340.0265-0.01770.0036-00.3609-0.09820.14410.3028-0.13920.48271.56374.8922-19.1777
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 1:32 )H1 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 33:87 )H33 - 87
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 88:134 )H88 - 134
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 135:157 )H135 - 157
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN H AND RESID 158:189 )H158 - 189
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN H AND RESID 190:214 )H190 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 1:17 )A1 - 17
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 18:52 )A18 - 52
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 53:66 )A53 - 66
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 67:100 )A67 - 100
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 101:134 )A101 - 134
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 135:157 )A135 - 157
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 158:214 )A158 - 214
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN L AND RESID 1:18 )L1 - 18
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN L AND RESID 19:61 )L19 - 61
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN L AND RESID 62:75 )L62 - 75
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN L AND RESID 76:101 )L76 - 101
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN L AND RESID 102:113 )L102 - 113
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN L AND RESID 114:128 )L114 - 128
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN L AND RESID 129:150 )L129 - 150
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN L AND RESID 151:163 )L151 - 163
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN L AND RESID 164:197 )L164 - 197
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN L AND RESID 198:213 )L198 - 213
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN B AND RESID 1:18 )B1 - 18
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN B AND RESID 19:48 )B19 - 48
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN B AND RESID 49:69 )B49 - 69
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN B AND RESID 70:83 )B70 - 83
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN B AND RESID 84:101 )B84 - 101
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN B AND RESID 102:113 )B102 - 113
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN B AND RESID 114:150 )B114 - 150
31X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN B AND RESID 151:163 )B151 - 163
32X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN B AND RESID 164:174 )B164 - 174
33X-RAY DIFFRACTION33( CHAIN B AND RESID 175:188 )B175 - 188
34X-RAY DIFFRACTION34( CHAIN B AND RESID 189:198 )B189 - 198
35X-RAY DIFFRACTION35( CHAIN B AND RESID 199:212 )B199 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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