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万見
- PDB-4nn6: Cytokine receptor complex - Crystal form 1B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nn6
タイトルCytokine receptor complex - Crystal form 1B
要素
  • Cytokine receptor-like factor 2
  • Interleukin-7 receptor subunit alpha
  • Thymic stromal lymphopoietin
キーワードCYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR / four helical bundle fold / CHR domains / TSLP cytokine signaling / TSLPR and IL-7Ralpha receptors / cell surface / CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 1 production / interleukin-7 receptor binding / positive regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / interleukin-7 receptor activity / positive regulation of mast cell activation / Interleukin-7 signaling / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT ...positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 1 production / interleukin-7 receptor binding / positive regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / interleukin-7 receptor activity / positive regulation of mast cell activation / Interleukin-7 signaling / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / interleukin-7-mediated signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of interleukin-5 production / positive regulation of interleukin-13 production / negative regulation of T cell apoptotic process / cellular homeostasis / cytokine receptor activity / regulation of cell size / hemopoiesis / B cell proliferation / T cell differentiation / positive regulation of interleukin-10 production / homeostasis of number of cells / lymph node development / defense response to fungus / coreceptor activity / positive regulation of chemokine production / cytokine activity / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of interleukin-6 production / cell morphogenesis / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of inflammatory response / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / : / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymic stromal lymphopoietin / Immunoglobulin-like - #1870 / Thymic stromal lymphopoietin / Thymic stromal lymphopoietin superfamily / Thymic stromal lymphopoietin / IL-7Ralpha, fibronectin type III domain / Fibronectin type III domain / : / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain ...Thymic stromal lymphopoietin / Immunoglobulin-like - #1870 / Thymic stromal lymphopoietin / Thymic stromal lymphopoietin superfamily / Thymic stromal lymphopoietin / IL-7Ralpha, fibronectin type III domain / Fibronectin type III domain / : / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Cytokine receptor-like factor 2, domain 1 / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-7 receptor subunit alpha / Cytokine receptor-like factor 2 / Thymic stromal lymphopoietin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.545 Å
データ登録者Verstraete, K. / van Schie, L. / Savvides, S.N.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural basis of the proinflammatory signaling complex mediated by TSLP.
著者: Verstraete, K. / van Schie, L. / Vyncke, L. / Bloch, Y. / Tavernier, J. / Pauwels, E. / Peelman, F. / Savvides, S.N.
履歴
登録2013年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 1.22014年4月16日Group: Database references
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymic stromal lymphopoietin
B: Interleukin-7 receptor subunit alpha
C: Cytokine receptor-like factor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3543
ポリマ－63,3543
非ポリマー00
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.949, 75.157, 51.439
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Thymic stromal lymphopoietin / TSLP / Thymic stroma-derived lymphopoietin


分子量: 15109.947 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-140 / 変異: N123Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tslp / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9JIE6
#2: タンパク質 Interleukin-7 receptor subunit alpha / IL-7 receptor subunit alpha / IL-7R subunit alpha / IL-7R-alpha / IL-7RA


分子量: 25431.809 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain (UNP residues 21-239) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il7r, IL7RA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami B(DE3) / 参照: UniProt: P16872
#3: タンパク質 Cytokine receptor-like factor 2 / Cytokine receptor-like molecule 2 / CRLM-2 / Thymic stromal lymphopoietin protein receptor / TSLP ...Cytokine receptor-like molecule 2 / CRLM-2 / Thymic stromal lymphopoietin protein receptor / TSLP receptor / TSLPR / Type I cytokine receptor delta 1


分子量: 22812.354 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain (UNP residues 20-222) / 変異: N122Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crlf2, CRLF2 (TSLPR), Crlm2, Tpte2, Tslpr / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8CII9
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 14% PEG4000, 0.3 M sodium acetate, pH 4.5, 0.3 M calcium acetate, soaked in 18% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 0.3 M calcium acetate for 1 hour prior to cryoprotection, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 14% PEG4000, 0.3 M sodium acetate, pH 4.5, 0.3 M calcium acetate, soaked in 18% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 0.3 M calcium acetate for 1 hour prior to cryoprotection, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.545→50 Å / Num. all: 19531 / Num. obs: 19440 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 59.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.545→2.7 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.846 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. unique all: 3031 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.3_1479)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4NN5

4nn5


解像度: 2.545→42.449 Å / SU ML: 0.39 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC + TLS / 交差検証法: FREE R / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 32.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2966 979 5.04 %RANDOM
Rwork0.2587 ---
obs0.2606 19427 99.49 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 87.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.545→42.449 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3362 0 0 3 3365
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033457
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.864723
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3671150
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034551
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004600
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.545-2.67880.31681400.35072537X-RAY DIFFRACTION98
2.6788-2.84660.37331360.32962601X-RAY DIFFRACTION100
2.8466-3.06630.3031370.3062587X-RAY DIFFRACTION100
3.0663-3.37480.31441410.27742623X-RAY DIFFRACTION100
3.3748-3.86290.27581330.26232632X-RAY DIFFRACTION100
3.8629-4.86570.271460.22132661X-RAY DIFFRACTION100
4.8657-42.45470.30441460.24492807X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.90294.10232.24628.83094.82252.6568-0.46880.5994-1.116-1.56720.5843-0.85520.67131.1792-0.35641.09440.2140.1051.5511-0.30291.261323.599111.374-10.5308
27.39094.5358-3.66778.3269-0.32615.37940.724-1.4654-0.99730.4975-0.55950.33950.4225-0.7118-0.11010.4371-0.2115-0.11740.99890.27510.653915.076816.88452.3721
33.8161-0.124.25320.18750.61397.98931.0476-0.329-1.61470.02760.54510.95352.8206-1.1826-0.81020.9558-0.5058-0.45581.29160.21341.6688.287.0305-3.9875
44.4243.4643-0.2027.8048-0.25134.7388-0.23591.09830.073-1.75920.76280.93110.7466-0.46690.38690.5107-0.2952-0.20660.8960.06230.627612.556317.8336-7.7996
53.87011.84221.78054.0255.55127.90160.02170.8175-1.24420.6260.894-0.15332.43910.1898-0.42370.9873-0.2523-0.45810.81140.35271.059211.25497.34351.8357
65.75381.1330.44736.95331.7615.0440.4371-0.49570.6514-1.4024-0.64031.8548-1.7492-1.4912-0.08971.01580.4239-0.15951.0557-0.1760.730310.790240.623-3.2179
71.9197-1.69890.2431.5308-0.1061.0813-0.5106-1.21911.00550.0449-0.33480.667-1.3198-1.72430.16620.45730.5536-0.49041.8345-0.44341.0236.87838.4686-2.7239
80.440.20930.85316.22533.42635.08690.0909-0.04970.05160.1167-0.2760.4252-0.2089-1.17360.10110.4165-0.07530.05620.63370.01950.459218.618837.088812.6949
92.9789-0.0366-0.44436.89421.44385.0678-0.03480.37450.25471.02160.2461-0.8689-0.1228-0.5216-0.23410.6941-0.0946-0.04450.44880.06460.560527.233943.47425.4321
101.47571.1047-0.68247.6076.7257.61110.02650.35390.18370.72920.1989-0.12460.5319-0.1459-0.29210.5830.02-0.02870.6170.11460.49921.989739.562318.1331
114.9967-0.38340.82313.6972.09432.32050.5571-0.575-1.7925-0.91750.23930.19411.639-0.6086-0.68661.9075-0.138-0.49510.90880.23981.468218.6654-9.599917.3701
123.12350.26920.87153.65220.94035.1670.3161-0.0861-0.1818-0.16920.0329-0.036-0.0971-0.8365-0.3770.73060.0328-0.12530.53530.18020.703427.21614.701521.7192
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 22 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 46 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 47 through 84 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 85 through 117 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 118 through 139 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 37 through 81 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 82 through 103 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 104 through 171 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 172 through 209 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 210 through 232 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 30 through 90 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 91 through 211 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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