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万見
- PDB-4nmy: Crystal Structure of the Thiamin-bound form of Substrate-binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nmy
タイトルCrystal Structure of the Thiamin-bound form of Substrate-binding Protein of ABC Transporter from Clostridium difficile
要素ABC-type transport system, extracellular solute-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta structure / SBP fold
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
NMT1/THI5 family / SsuA/THI5-like / NMT1/THI5 like / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VIB / ABC-type transport system, extracellular solute-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.896 Å
データ登録者Kim, Y. / Zhou, M. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Thiamin-bound form of Substrate-binding Protein of ABC Transporter from Clostridium difficile
著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2013年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC-type transport system, extracellular solute-binding protein
B: ABC-type transport system, extracellular solute-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2564
ポリマ－68,7262
非ポリマー5312
水7,548419
1
A: ABC-type transport system, extracellular solute-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6282
ポリマ－34,3631
非ポリマー2651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ABC-type transport system, extracellular solute-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6282
ポリマ－34,3631
非ポリマー2651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.529, 76.867, 154.901
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ABC-type transport system, extracellular solute-binding protein


分子量: 34362.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD630_19790 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 gold / 参照: UniProt: Q187U0
#2: 化合物 ChemComp-VIB / 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM / THIAMIN, VITAMIN B1 / 3-(2-メチル-4-アミノピリミジン-5-イルメチル)-4-メチル-5-(2-ヒドロキシエチル)チアゾ-ル-3-イウム


分子量: 265.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H17N4OS / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.66 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium succinate pH7.5, 0.96 % LDAO, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 47478 / Num. obs: 47478 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 19.33 Å2 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2273 / Rsym value: 0.581 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXS位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1161)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.896→38.433 Å / SU ML: 0.19 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.48 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 2368 5.05 %random
Rwork0.164 ---
obs0.166 46934 98.25 %-
all-46934 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.896→38.433 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4766 0 36 419 5221
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084918
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0976662
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3761816
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077718
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004848
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.8965-1.93520.26711180.2182089220780
1.9352-1.97720.27951550.212493264896
1.9772-2.02320.26311350.19722596273199
2.0232-2.07380.30291300.192619274999
2.0738-2.12990.2461440.187826102754100
2.1299-2.19260.22611320.17912640277299
2.1926-2.26330.24271560.17392607271399
2.2633-2.34420.19661260.173126592785100
2.3442-2.43810.21641400.172226152755100
2.4381-2.5490.21021240.167926692793100
2.549-2.68330.24841340.17126622796100
2.6833-2.85140.22971320.174426792811100
2.8514-3.07150.18011290.172426982827100
3.0715-3.38040.19911570.173326622819100
3.3804-3.86920.19321350.152727192854100
3.8692-4.87320.15151610.124527142875100
4.8732-38.44140.15321600.14152835299599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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