[日本語] English
万見
- PDB-6q3r: ASPERGILLUS ACULEATUS GALACTANASE -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q3r
タイトルASPERGILLUS ACULEATUS GALACTANASE
要素Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase
キーワードHYDROLASE / ASPERGILLUS ACULEATUS galactanase complex with galactobiose
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase / arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase activity / glucosidase activity / pectin catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 53 / Glycosyl hydrolase family 53 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4beta-beta-galactobiose / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-PG6 / TRIETHYLENE GLYCOL / Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus aculeatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Muderspach, S.J. / Torpenholt, S. / Lo Leggio, L. / Poulsen, J.C.N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Structure of Aspergillus aculeatus beta-1,4-galactanase in complex with galactobiose.
著者: Torpenholt, S. / Poulsen, J.C.N. / Muderspach, S.J. / De Maria, L. / Lo Leggio, L.
履歴
登録2018年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase
B: Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,90337
ポリマ－73,5512
非ポリマー4,35235
水3,999222
1
A: Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,09020
ポリマ－36,7751
非ポリマー2,31519
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,81317
ポリマ－36,7751
非ポリマー2,03716
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)200.200, 200.200, 106.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-510-

CA

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase / Endo-1 / 4-beta-galactanase / Galactanase


分子量: 36775.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aspergillus aculeatus (カビ)
参照: UniProt: P48842, arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose / 4beta-beta-galactobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-galactobiose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2112h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 8種, 253分子

#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H3O2
#9: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#10: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 microL of AaGAL stock at 7.3 mg/ml concentration in 50 mM acetate pH 4.0 mixed with 3 microL reservoir solution equilibrated over 1.0 mL reservoir consisting of 0.1 M calcium chloride, 0.1 ...詳細: 1 microL of AaGAL stock at 7.3 mg/ml concentration in 50 mM acetate pH 4.0 mixed with 3 microL reservoir solution equilibrated over 1.0 mL reservoir consisting of 0.1 M calcium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 4.5 and 30 % PEG 3000 at room temperature.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.03973 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03973 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→50 Å / Num. obs: 29998 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 15.9 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 2.69→2.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.595 / Num. unique obs: 2095 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FOB

1fob


解像度: 2.69→47.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 9.14 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.401 / ESU R Free: 0.259 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21056 1517 5.1 %RANDOM
Rwork0.1449 ---
obs0.14825 28480 98.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.737 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å2-0 Å20 Å2
2--0.04 Å2-0 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→47.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5196 0 277 222 5695
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.025603
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025052
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7661.9897627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.031311691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5045672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.10225.602241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.87315805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.0011510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2874
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021197
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5283.8152679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5143.8122675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7225.7123343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7215.7133344
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.274.2092924
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2684.2092924
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0486.1534282
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.10531.9286513
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.10531.9346514
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.687→2.756 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 81 -
Rwork0.219 2013 -
obs--94.41 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る