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- PDB-1mpg: 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE II FROM ESCHERICHIA COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mpg
タイトル3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE II FROM ESCHERICHIA COLI
要素3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE II
キーワードHYDROLASE / DNA GLYCOSYLASE / DNA REPAIR / BASE EXCISION / METHYLATION / ALKA
機能・相同性
機能・相同性情報


alkylated DNA binding / alkylbase DNA N-glycosylase activity / DNA-7-methyladenine glycosylase activity / DNA-3-methylguanine glycosylase activity / DNA-5-methylcytosine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-7-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / DNA alkylation repair ...alkylated DNA binding / alkylbase DNA N-glycosylase activity / DNA-7-methyladenine glycosylase activity / DNA-3-methylguanine glycosylase activity / DNA-5-methylcytosine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-7-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / DNA alkylation repair / protein-DNA complex / base-excision repair / DNA repair / DNA damage response / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal / AlkA N-terminal domain / AlkA N-terminal domain / DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain / DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain superfamily / Alkylbase DNA glycosidase, conserved site / Alkylbase DNA glycosidases alkA family signature. / : / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 ...DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal / AlkA N-terminal domain / AlkA N-terminal domain / DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain / DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain superfamily / Alkylbase DNA glycosidase, conserved site / Alkylbase DNA glycosidases alkA family signature. / : / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / Endonuclease III; domain 1 / DNA glycosylase / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-3-methyladenine glycosylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 多波長異常分散, 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Labahn, J. / Schaerer, O.D. / Long, A. / Ezaz-Nikpay, K. / Verdine, G.L. / Ellenberger, T.E.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: Structural basis for the excision repair of alkylation-damaged DNA.
著者: Labahn, J. / Scharer, O.D. / Long, A. / Ezaz-Nikpay, K. / Verdine, G.L. / Ellenberger, T.E.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: Three-Dimensional Structure of a DNA Repair Enzyme, 3-Methyladenine DNA Glycosylase II, from Escherichia Coli
著者: Yamagata, Y. / Kato, M. / Odawara, K. / Tokuno, Y. / Nakashima, Y. / Matsushima, N. / Yasumura, K. / Tomita, K.I. / Ihara, K. / Fujii, Y. / Nakabeppu, Y. / Sekiguchi, M. / Fujii, S.
履歴
登録1997年10月28日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE II
B: 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0354
ポリマ－62,8502
非ポリマー1842
水6,017334
1
A: 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5172
ポリマ－31,4251
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5172
ポリマ－31,4251
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.080, 75.770, 60.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99861, -0.05267, 0.00164), (0.0527, 0.99797, -0.03583), (0.00025, 0.03586, 0.99936)
ベクター: -26.43093, -40.12708, -1.96037)

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要素

#1: タンパク質 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE II / ALKA


分子量: 31425.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: ALKA / プラスミド: PKEN2ALKA / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): ALKA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XA90 / 参照: UniProt: P04395, DNA-3-methyladenine glycosylase II
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.61 %
結晶化pH: 7.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 4% PEG 8000, 50 MM NACL, 10 MM TRIS-CL (PH 7.5), 7.5 MM KPO4 (PH 5.9),0.1 MM EDTA, 1.5 MM DITHIOTHREITOL
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14-5 mg/mlprotein1drop
20.05 M1dropNaCl
30.01 MTris-Cl1drop
41.5 mMdithiothreitol1drop
50.05 mMEDTA1drop
60.0075 Mpotassium phosphate1drop
73-5 %(w/v)PEG80001drop
80.015 Mpotassium phosphate1reservoir
96-10 %(w/v)PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-13 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 45971 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Mean I/σ(I) obs: 12 / Rsym value: 0.133 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 318470

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 単一同系置換・異常分散
解像度: 1.8→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
詳細: CHAIN A AND CHAIN B WERE REFINED WITHOUT NCS RESTRAINTS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 4541 9.94 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.194 45059 98.7 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.89 Å20 Å22.15 Å2
2--3.67 Å20 Å2
3---2.32 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 30 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4406 0 12 334 4752
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.79
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.19
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.541.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.232
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.022
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.362.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 523 9.3 %
Rwork0.265 4909 -
obs--96.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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