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- PDB-3fdj: The structure of a DegV family protein from Eubacterium eligens. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fdj
タイトルThe structure of a DegV family protein from Eubacterium eligens.
要素DegV family protein
キーワードstructural genomics / unknown function / DegV / gut microbiome / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


DegV, N-terminal domain, peripheral subdomain / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 - #10 / Dihydroxyacetone kinase; domain 1 / DegV / DegV, C-terminal domain / Uncharacterised protein, DegV family COG1307 / DegV domain profile. / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 / : / Rubrerythrin, domain 2 ...DegV, N-terminal domain, peripheral subdomain / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 - #10 / Dihydroxyacetone kinase; domain 1 / DegV / DegV, C-terminal domain / Uncharacterised protein, DegV family COG1307 / DegV domain profile. / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 / : / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / DegV family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Eubacterium eligens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Hendricks, R. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of a DegV family protein from Eubacterium eligens.
著者: Cuff, M.E. / Hendricks, R. / Freeman, L. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DegV family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3616
ポリマ－30,7401
非ポリマー6225
水5,711317
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.445, 57.445, 186.558
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DegV family protein


分子量: 30739.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ASSEMBLY.20070618:0-0:0-0 (zvnW5vjFOAACMF8NLOPRFTmWH60:01:1-275) GENE
由来: (組換発現) Eubacterium eligens (バクテリア)
遺伝子: ASSEMBLY.20070618:0-0:0-0 (zvnW5vjFOAACMF8NLOPRFTmWH60:01:1-275)
プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D0VX07*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 322分子

#2: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2M sodium acetate, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942,0.97929
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月19日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979421
20.979291
Reflection冗長度: 7.7 % / Av σ(I) over netI: 19.87 / 数: 232515 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Χ2: 1.46 / D res high: 1.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 30039 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.885098.310.0813.2896.8
3.884.8899.810.0732.5787
3.393.8899.910.0892.6257.2
3.083.3999.910.1012.1817.4
2.863.0810010.1131.8247.7
2.692.8610010.1241.4937.8
2.552.6910010.1341.3557.9
2.442.5510010.1521.2027.9
2.352.4410010.1631.167.9
2.272.3510010.1730.9968
2.22.2710010.1941.0128
2.132.210010.2150.9668
2.082.1310010.2410.988
2.032.0810010.2760.9488
1.982.0310010.3290.9078
1.941.9810010.3971.2138
1.91.9410010.4881.0487.9
1.861.910010.5781.1348
1.831.8610010.711.3357.9
1.81.8310010.8041.2527.8
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 30039 / Num. obs: 30039 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Χ2: 1.461 / Net I/σ(I): 19.873
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.804 / Num. unique all: 1451 / Χ2: 1.252 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.8 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.289 / FOM acentric: 0.318 / FOM centric: 0.13 / 反射: 29850 / Reflection acentric: 25156 / Reflection centric: 4694
Phasing MAD set

最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 50 Å

IDR cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
11.8110.30.200251564694
20.980.9443.959.60.390.31117232841
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
111.5-501.3510.60.4005388
16.5-11.51.7610.70.400362244
14.53-6.51.6810.60.400961372
13.47-4.531.2110.50.4001845525
12.82-3.471.5110.40.3003023663
12.37-2.822.0410.40.2004490807
12.05-2.371.9110.30.1006229929
11.8-2.052.510.20.10081931066
211.5-500.970.943851.10.990.555388
26.5-11.50.920.844454.60.790.61362244
24.53-6.50.960.8949.964.80.560.41961372
23.47-4.530.980.9558.978.20.380.271845524
22.82-3.470.980.9644.857.70.380.273015660
22.37-2.820.980.9737.247.90.330.234422794
22.05-2.370.990.9937.963.70.260.151065159
21.8-2.0500000000
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se18.676670.2470.5540.0480
2Se21.009930.0850.5290.0220
3Se17.957770.2020.3390.0060
4Se52.80426-0.0530.4880.0510
5Se29.45503-0.0040.3440.0710
6Se25.13630.107-0.0540.0620
7Se27.298150.5050.6060.0830
8Se32.102980.0420.4310.1010
9Se29.809220.3290.6350.0050
10Se25.642550.2450.5520.049-0.162
11Se24.522110.0870.5310.021-0.133
12Se25.795820.2020.340.006-0.17
13Se56.59305-0.0510.4890.052-0.156
14Se36.29259-0.0040.3450.072-0.165
15Se24.821840.106-0.0520.062-0.15
16Se24.58460.5050.6070.083-0.187
17Se49.889660.0440.430.101-0.105
18Se59.252870.3340.6350.003-0.19
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
11.5-500.4210.6450.2861415388
6.5-11.50.5520.6630.387606362244
4.53-6.50.5050.5830.3011333961372
3.47-4.530.4290.4860.22723701845525
2.82-3.470.4060.4520.19836863023663
2.37-2.820.360.40.13652974490807
2.05-2.370.2480.2820.01971586229929
1.8-2.050.1470.1660925981931066
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 29850
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
7.47-10058.60.793501
5.84-7.4746.90.866506
5.01-5.8453.80.889561
4.46-5.0152.20.903608
4.05-4.46560.905677
3.74-4.0555.60.884745
3.49-3.7457.90.877778
3.29-3.4955.80.873827
3.12-3.2955.40.863880
2.97-3.1258.10.875918
2.84-2.9760.60.863950
2.73-2.8458.70.876987
2.63-2.7357.10.8651027
2.54-2.6358.80.8741074
2.46-2.5459.20.8831106
2.38-2.4660.80.8871118
2.31-2.3859.50.8861167
2.25-2.3162.60.8861200
2.19-2.2565.50.8791214
2.14-2.19660.8751238
2.09-2.1466.60.8731310
2.04-2.0970.60.8751291
2-2.0468.40.8681350
1.96-270.20.8621356
1.92-1.9675.30.8471356
1.88-1.9274.10.851410
1.85-1.8873.90.8241409
1.8-1.8576.50.7752286

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→48.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 4.447 / SU ML: 0.063 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.105
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 1512 5.1 %RANDOM
Rwork0.16 ---
all0.162 29849 --
obs0.162 29849 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 57.6 Å2 / Biso mean: 15.938 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2099 0 41 317 2457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222243
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3741.9923016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.873.0033714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6655293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.85324.83993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.95515413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5381513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02424
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7341.51416
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2141.5589
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45222271
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.843827
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3644.5745
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 123 -
Rwork0.226 1990 -
all-2113 -
obs--97.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0077-0.1169-0.04281.5618-0.04940.7317-0.00940.0844-0.0332-0.1608-0.02530.12790.036-0.01810.03470.06370.0104-0.02250.0098-0.00730.015814.2854-2.508235.2832
21.2873-0.2108-0.03581.7889-0.00790.82390.01310.00090.0785-0.021-0.0238-0.0044-0.08670.00270.01070.06850.0031-0.01180.0005-0.00060.007113.902118.277838.2921
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 148
2X-RAY DIFFRACTION2A149 - 275

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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