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万見
- PDB-4nm4: Crystal structure of broadly neutralizing antibody CR8043 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nm4
タイトルCrystal structure of broadly neutralizing antibody CR8043
要素
  • Antibody CR8043, Heavy Chain
  • Antibody CR8043, Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immune recognition / Antibody / Fab / Immunoglobulin / Influenza hemagglutinin
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / immunoglobulin complex / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement ...IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / immunoglobulin complex / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / blood microparticle / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin kappa light chain / Ig-like domain-containing protein / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Lee, P.S. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014
タイトル: A common solution to group 2 influenza virus neutralization.
著者: Robert H E Friesen / Peter S Lee / Esther J M Stoop / Ryan M B Hoffman / Damian C Ekiert / Gira Bhabha / Wenli Yu / Jarek Juraszek / Wouter Koudstaal / Mandy Jongeneelen / Hans J W M Korse / ...著者: Robert H E Friesen / Peter S Lee / Esther J M Stoop / Ryan M B Hoffman / Damian C Ekiert / Gira Bhabha / Wenli Yu / Jarek Juraszek / Wouter Koudstaal / Mandy Jongeneelen / Hans J W M Korse / Carla Ophorst / Els C M Brinkman-van der Linden / Mark Throsby / Mark J Kwakkenbos / Arjen Q Bakker / Tim Beaumont / Hergen Spits / Ted Kwaks / Ronald Vogels / Andrew B Ward / Jaap Goudsmit / Ian A Wilson /
要旨: The discovery and characterization of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against influenza viruses have raised hopes for the development of monoclonal antibody (mAb)-based immunotherapy and the ...The discovery and characterization of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against influenza viruses have raised hopes for the development of monoclonal antibody (mAb)-based immunotherapy and the design of universal influenza vaccines. Only one human bnAb (CR8020) specifically recognizing group 2 influenza A viruses has been previously characterized that binds to a highly conserved epitope at the base of the hemagglutinin (HA) stem and has neutralizing activity against H3, H7, and H10 viruses. Here, we report a second group 2 bnAb, CR8043, which was derived from a different germ-line gene encoding a highly divergent amino acid sequence. CR8043 has in vitro neutralizing activity against H3 and H10 viruses and protects mice against challenge with a lethal dose of H3N2 and H7N7 viruses. The crystal structure and EM reconstructions of the CR8043-H3 HA complex revealed that CR8043 binds to a site similar to the CR8020 epitope but uses an alternative angle of approach and a distinct set of interactions. The identification of another antibody against the group 2 stem epitope suggests that this conserved site of vulnerability has great potential for design of therapeutics and vaccines.
履歴
登録2013年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references
改定 1.22017年6月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_name_com / entity_src_nat ...entity_name_com / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name ..._struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.entity_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Antibody CR8043, Light Chain
H: Antibody CR8043, Heavy Chain
M: Antibody CR8043, Light Chain
I: Antibody CR8043, Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6267
ポリマ－96,3074
非ポリマー3183
水1629
1
L: Antibody CR8043, Light Chain
H: Antibody CR8043, Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3664
ポリマ－48,1542
非ポリマー2122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19730 Å2
手法PISA
2
M: Antibody CR8043, Light Chain
I: Antibody CR8043, Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2603
ポリマ－48,1542
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.954, 68.634, 72.401
Angle α, β, γ (deg.)78.67, 78.93, 86.18
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 Antibody CR8043, Light Chain / Immunoglobulin kappa light chain EU


分子量: 24228.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX7, UniProt: P01834*PLUS
#2: 抗体 Antibody CR8043, Heavy Chain


分子量: 23924.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6N089, UniProt: S6C4S0*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月24日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 31483 / Num. obs: 31483 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.65→2.77 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 4065 / Rsym value: 0.515 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VGE

1vge


解像度: 2.65→44.447 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2317 1577 5.02 %RANDOM
Rwork0.1751 ---
obs0.1781 31427 97.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→44.447 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6720 0 21 9 6750
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096909
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3589383
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2662452
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0831049
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071189
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.73550.36421270.27782710X-RAY DIFFRACTION96
2.7355-2.83330.28371370.24912703X-RAY DIFFRACTION97
2.8333-2.94670.3091360.22642725X-RAY DIFFRACTION98
2.9467-3.08080.28361430.21912691X-RAY DIFFRACTION98
3.0808-3.24320.2691520.20952741X-RAY DIFFRACTION98
3.2432-3.44630.23751430.19312730X-RAY DIFFRACTION98
3.4463-3.71220.24951560.17322704X-RAY DIFFRACTION98
3.7122-4.08560.20371380.16012736X-RAY DIFFRACTION98
4.0856-4.67620.20611780.13452679X-RAY DIFFRACTION98
4.6762-5.88940.18951230.13232758X-RAY DIFFRACTION98
5.8894-44.45310.18821440.1562673X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69320.08870.30443.16170.99922.55140.0497-0.2687-0.22920.4898-0.0144-0.22020.59080.0223-0.0170.51320.0262-0.04430.29650.05060.310115.0744-3.63618.8547
21.3466-0.4007-0.00021.78770.20221.55920.12490.1885-0.1368-0.0146-0.2332-0.09930.00850.12240.06510.53390.0256-0.10320.30660.09610.34779.5842-12.373-15.2798
31.72240.55680.46632.40710.431.9638-0.0326-0.06380.1494-0.3631-0.0860.3917-0.0798-0.10350.10990.31030.0301-0.05460.2060.00570.30298.526815.662310.3069
41.8357-0.28230.76862.4129-0.44471.8949-0.0530.0135-0.0731-0.4323-0.14530.6546-0.1014-0.33410.15160.50850.0423-0.1390.3574-0.08580.4457-5.414-5.9674-16.1323
53.4874-0.10960.54571.0050.07782.06150.07150.6461-0.3581-0.3273-0.0535-0.29130.11320.4686-0.01450.34640.03280.09480.4749-0.02960.366744.428829.18084.6673
62.7905-0.15250.08632.7255-0.37390.96190.1273-0.46-0.02070.4798-0.0676-0.1376-0.05170.1127-0.0430.3083-0.03320.08050.4947-0.07040.292254.12931.68140.8641
72.60870.4580.1872.41890.80222.0585-0.1421-0.11610.2781-0.1980.00040.1945-0.1616-0.08380.12640.26920.04350.0030.2490.01020.315226.170737.294314.1689
83.272-0.09330.74712.69830.40372.4984-0.2216-0.20570.5180.11430.0252-0.1842-0.6168-0.14190.15630.48130.00940.00260.3677-0.09350.388649.639146.771540.6838
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain H and resid 1:121
2X-RAY DIFFRACTION2chain H and resid 122:215
3X-RAY DIFFRACTION3chain L and resid 1:114
4X-RAY DIFFRACTION4chain L and resid 115:213
5X-RAY DIFFRACTION5chain I and resid 1:121
6X-RAY DIFFRACTION6chain I and resid 122:215
7X-RAY DIFFRACTION7chain M and resid 1:114
8X-RAY DIFFRACTION8chain M and resid 115:213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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