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- PDB-4nj6: PB1 Domain of AtARF7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nj6
タイトルPB1 Domain of AtARF7
要素Auxin response factor 7
キーワードPROTEIN BINDING / PB1 domain / Beta-grasp fold
機能・相同性
機能・相同性情報


callus formation / lateral root formation / response to ethylene / blue light signaling pathway / lateral root development / gravitropism / phototropism / leaf development / response to auxin / auxin-activated signaling pathway ...callus formation / lateral root formation / response to ethylene / blue light signaling pathway / lateral root development / gravitropism / phototropism / leaf development / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Auxin response factor domain / Auxin response factor / Auxin response factor ancillary domain / AUX/IAA domain / AUX/IAA family / B3 DNA binding domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA-binding domain profile. / B3 DNA binding domain / DNA-binding pseudobarrel domain superfamily ...Auxin response factor domain / Auxin response factor / Auxin response factor ancillary domain / AUX/IAA domain / AUX/IAA family / B3 DNA binding domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA-binding domain profile. / B3 DNA binding domain / DNA-binding pseudobarrel domain superfamily / : / PB1 domain profile. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Auxin response factor 7
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Korasick, D.A. / Westfall, C.S. / Lee, S.G. / Nanao, M. / Jez, J.M. / Strader, L.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2014
タイトル: Molecular basis for AUXIN RESPONSE FACTOR protein interaction and the control of auxin response repression.
著者: Korasick, D.A. / Westfall, C.S. / Lee, S.G. / Nanao, M.H. / Dumas, R. / Hagen, G. / Guilfoyle, T.J. / Jez, J.M. / Strader, L.C.
履歴
登録2013年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Auxin response factor 7
B: Auxin response factor 7
C: Auxin response factor 7
D: Auxin response factor 7
E: Auxin response factor 7
F: Auxin response factor 7
G: Auxin response factor 7
H: Auxin response factor 7
I: Auxin response factor 7
J: Auxin response factor 7
K: Auxin response factor 7
L: Auxin response factor 7
M: Auxin response factor 7
N: Auxin response factor 7
O: Auxin response factor 7
P: Auxin response factor 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,19516
ポリマ-174,19516
非ポリマー00
8,827490
1
A: Auxin response factor 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8871
ポリマ-10,8871
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Auxin response factor 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8871
ポリマ-10,8871
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Auxin response factor 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8871
ポリマ-10,8871
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Auxin response factor 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8871
ポリマ-10,8871
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Auxin response factor 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8871
ポリマ-10,8871
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Auxin response factor 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8871
ポリマ-10,8871
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Auxin response factor 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8871
ポリマ-10,8871
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
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8
H: Auxin response factor 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8871
ポリマ-10,8871
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Auxin response factor 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8871
ポリマ-10,8871
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
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10
J: Auxin response factor 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8871
ポリマ-10,8871
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
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11
K: Auxin response factor 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8871
ポリマ-10,8871
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
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12
L: Auxin response factor 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8871
ポリマ-10,8871
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
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13
M: Auxin response factor 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8871
ポリマ-10,8871
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
14
N: Auxin response factor 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8871
ポリマ-10,8871
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
15
O: Auxin response factor 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8871
ポリマ-10,8871
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
16
P: Auxin response factor 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8871
ポリマ-10,8871
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)150.591, 150.591, 183.616
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
Auxin response factor 7 / Auxin-responsive protein IAA21/IAA23/IAA25 / Protein BIPOSTO / Protein NON-PHOTOTROPIC HYPOCOTYL 4 ...Auxin-responsive protein IAA21/IAA23/IAA25 / Protein BIPOSTO / Protein NON-PHOTOTROPIC HYPOCOTYL 4 / Protein TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 5


分子量: 10887.215 Da / 分子数: 16 / 断片: PB1 Domain (UNP Residues 1036-1126) / 変異: K1042A, D1092A, D1096A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ARF7, BIP, IAA21, IAA23, IAA25, NPH4, TIR5, At5g20730, T1M15.130
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P93022
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6.5
詳細: 25% PEG-6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月1日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→33.7 Å / Num. obs: 59901 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→33.65 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 1946 3.25 %
Rwork0.209 --
obs0.211 59901 98.7 %
all-60680 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.52 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0334 Å2-0 Å20 Å2
2---0.0334 Å2-0 Å2
3---0.0668 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→33.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11186 0 0 490 11676
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811374
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27215366
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1484210
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0961671
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052006
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.45960.34771440.28744133X-RAY DIFFRACTION99
2.4596-2.52610.34851400.28844202X-RAY DIFFRACTION100
2.5261-2.60040.36491360.27394126X-RAY DIFFRACTION100
2.6004-2.68430.33271410.26874186X-RAY DIFFRACTION99
2.6843-2.78020.34721280.25364187X-RAY DIFFRACTION99
2.7802-2.89140.31781420.24044170X-RAY DIFFRACTION99
2.8914-3.02290.3281470.22744137X-RAY DIFFRACTION99
3.0229-3.18220.28741440.22444145X-RAY DIFFRACTION99
3.1822-3.38140.28761400.2164122X-RAY DIFFRACTION99
3.3814-3.64220.2971470.21044138X-RAY DIFFRACTION99
3.6422-4.00820.25311290.19934152X-RAY DIFFRACTION98
4.0082-4.5870.18861370.16034109X-RAY DIFFRACTION98
4.587-5.77430.21951540.17214088X-RAY DIFFRACTION98
5.7743-33.65640.26411170.19274060X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.1444-2.13171.33421.0189-1.82515.5632-0.20070.34450.146-0.2593-0.1012-0.4191-0.9270.4862-2.33230.1831-0.04560.11210.4702-0.20230.3933127.8176124.455133.8633
23.21552.91790.45666.55053.63396.5520.3316-0.4281-1.10460.8411-0.3827-0.95220.690.18030.10760.2517-0.0128-0.01010.2490.05690.3624120.2454115.577937.4367
37.83551.2113-2.51977.9934-1.39034.11580.591-1.69130.54041.59040.0083-0.0472-0.2343-0.5207-0.57290.4877-0.07110.03390.5282-0.0270.2715118.2479125.746443.4778
43.35292.7734-4.01496.2441-4.35335.323-0.39140.5430.1034-0.40390.4874-0.38130.7536-0.2357-0.06620.2381-0.0697-0.00240.2933-0.0170.28112.7327127.381928.5317
55.8113-1.0097-1.40546.403-6.76768.26730.16461.1692-0.4769-0.84920.96050.56720.2531-0.90140.22590.2999-0.12690.07120.4973-0.03150.3065113.3454118.750927.4756
68.5722-4.10410.2518.30630.90238.4638-0.3939-0.43411.17040.60280.7464-0.8393-0.93790.5847-0.570.2094-0.02610.0140.3639-0.02010.4671120.8256134.602337.5473
73.50544.34762.256.58240.36896.81090.3713-0.5099-0.7601-0.4395-0.0695-0.23990.5801-0.1279-0.16810.41140.0699-0.0380.32840.10630.385195.9483143.098713.9006
87.01190.62697.39765.06110.37037.8382-0.102-1.251-0.00360.2334-0.27040.57230.2254-0.66350.33220.33510.11580.12890.42520.08420.254485.0043148.651713.1093
94.90330.9162.30423.87731.56975.8639-0.00810.34790.8153-0.2798-0.2386-0.3158-1.12460.01270.33710.44090.06230.11990.27480.15030.561792.8377156.33098.2585
108.47174.0573-7.70521.9644-3.499.0006-0.74920.2288-3.9512-1.826-0.03072.74792.9244-2.40020.12520.7626-0.30180.05870.5507-0.20331.246294.2279137.6734-1.6615
118.849-0.7852.16677.50641.8086.54510.06260.5737-0.0685-0.1955-0.13180.14120.03640.44720.07950.29870.07720.05350.30040.06660.218692.5751147.10522.5419
121.8314-2.0941-3.68915.57242.56618.92580.17470.04610.8467-0.4825-0.0747-0.1473-0.3318-0.3243-0.07330.24540.00950.01260.2824-0.09680.2483130.821895.422833.4542
136.5849-2.8926-1.82066.10951.3218.0714-0.10190.1872-1.245-0.0748-0.05330.8150.6891-0.65250.07650.258-0.0951-0.00950.3403-0.10410.3297125.407587.92341.7321
146.59312.9401-0.6794.00913.07964.61080.117-0.396-0.22390.7795-0.0649-0.22090.07690.5304-0.11750.37050.0215-0.060.3543-0.04050.2205135.1292.694445.0483
157.50741.71630.06176.7032-0.14458.16520.133-0.4870.37680.1588-0.14650.3981-0.2943-0.2467-0.02940.2617-0.02580.02750.1648-0.02040.2591131.787298.36245.6068
166.01651.99540.9964.18520.00393.88210.1428-0.1627-0.72310.3040.08180.40540.3811-0.2134-0.00690.3235-0.05050.030.2450.12560.3743101.4006108.480845.9945
178.21580.9695-1.60694.20490.90766.31680.3304-0.06010.62050.02290.28740.061-0.1788-0.1572-0.53440.3127-0.120.04680.280.09710.366796.1021116.665944.2255
186.58972.4518-0.11054.4431-0.44726.34680.3899-0.68660.68310.695-0.18470.58740.0191-0.1367-0.16560.3536-0.110.09350.35740.08720.237497.1741118.030550.6048
196.5793-2.32994.43888.5406-4.99647.71160.07470.1574-0.0487-0.47850.12710.5211-0.59441.0648-0.15130.3263-0.05890.08050.3514-0.00380.2136124.4391140.79230.4623
207.55213.8553-7.29356.669-5.67569.10950.1064-1.04210.5270.01380.28910.0351-0.19841.86190.26880.3116-0.17520.07530.45010.00450.317124.3443138.013413.6539
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 1039:1050)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 1051:1071)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 1072:1091)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 1092:1104)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 1105:1113)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 1114:1126)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 1038:1050)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 1051:1071)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 1072:1091)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 1092:1096)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESSEQ 1097:1126)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND (RESSEQ 1038:1050)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND (RESSEQ 1051:1071)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND (RESSEQ 1072:1096)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND (RESSEQ 1097:1126)
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN D AND (RESSEQ 1039:1071)
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN D AND (RESSEQ 1072:1096)
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN D AND (RESSEQ 1097:1126)
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN E AND (RESSEQ 1040:1050)
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN E AND (RESSEQ 1051:1060)
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN E AND (RESSEQ 1061:1071)
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN E AND (RESSEQ 1072:1104)
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN E AND (RESSEQ 1105:1125)
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN F AND (RESSEQ 1039:1050)
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN F AND (RESSEQ 1051:1060)
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN F AND (RESSEQ 1061:1071)
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN F AND (RESSEQ 1072:1096)
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN F AND (RESSEQ 1097:1118)
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN F AND (RESSEQ 1119:1126)
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN G AND (RESSEQ 1039:1086)
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN G AND (RESSEQ 1087:1104)
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN G AND (RESSEQ 1105:1126)
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN H AND (RESSEQ 1039:1085)
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN H AND (RESSEQ 1086:1126)
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN I AND (RESSEQ 1038:1050)
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN I AND (RESSEQ 1051:1060)
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN I AND (RESSEQ 1061:1071)
38X-RAY DIFFRACTION38CHAIN I AND (RESSEQ 1072:1096)
39X-RAY DIFFRACTION39CHAIN I AND (RESSEQ 1097:1125)
40X-RAY DIFFRACTION40CHAIN J AND (RESSEQ 1039:1050)
41X-RAY DIFFRACTION41CHAIN J AND (RESSEQ 1051:1071)
42X-RAY DIFFRACTION42CHAIN J AND (RESSEQ 1072:1096)
43X-RAY DIFFRACTION43CHAIN J AND (RESSEQ 1097:1123)
44X-RAY DIFFRACTION44CHAIN K AND (RESSEQ 1038:1050)
45X-RAY DIFFRACTION45CHAIN K AND (RESSEQ 1051:1060)
46X-RAY DIFFRACTION46CHAIN K AND (RESSEQ 1061:1071)
47X-RAY DIFFRACTION47CHAIN K AND (RESSEQ 1072:1091)
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49X-RAY DIFFRACTION49CHAIN K AND (RESSEQ 1105:1126)
50X-RAY DIFFRACTION50CHAIN L AND (RESSEQ 1039:1045)
51X-RAY DIFFRACTION51CHAIN L AND (RESSEQ 1046:1071)
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53X-RAY DIFFRACTION53CHAIN L AND (RESSEQ 1092:1096)
54X-RAY DIFFRACTION54CHAIN L AND (RESSEQ 1097:1126)
55X-RAY DIFFRACTION55CHAIN M AND (RESSEQ 1038:1045)
56X-RAY DIFFRACTION56CHAIN M AND (RESSEQ 1046:1071)
57X-RAY DIFFRACTION57CHAIN M AND (RESSEQ 1072:1104)
58X-RAY DIFFRACTION58CHAIN M AND (RESSEQ 1105:1125)
59X-RAY DIFFRACTION59CHAIN N AND (RESSEQ 1039:1050)
60X-RAY DIFFRACTION60CHAIN N AND (RESSEQ 1051:1060)
61X-RAY DIFFRACTION61CHAIN N AND (RESSEQ 1061:1091)
62X-RAY DIFFRACTION62CHAIN N AND (RESSEQ 1092:1104)
63X-RAY DIFFRACTION63CHAIN N AND (RESSEQ 1105:1126)
64X-RAY DIFFRACTION64CHAIN O AND (RESSEQ 1040:1050)
65X-RAY DIFFRACTION65CHAIN O AND (RESSEQ 1051:1071)
66X-RAY DIFFRACTION66CHAIN O AND (RESSEQ 1072:1096)
67X-RAY DIFFRACTION67CHAIN O AND (RESSEQ 1097:1125)
68X-RAY DIFFRACTION68CHAIN P AND (RESSEQ 1039:1050)
69X-RAY DIFFRACTION69CHAIN P AND (RESSEQ 1051:1091)
70X-RAY DIFFRACTION70CHAIN P AND (RESSEQ 1092:1096)
71X-RAY DIFFRACTION71CHAIN P AND (RESSEQ 1097:1113)
72X-RAY DIFFRACTION72CHAIN P AND (RESSEQ 1114:1126)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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