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- PDB-4nj4: Crystal Structure of Human ALKBH5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nj4
タイトルCrystal Structure of Human ALKBH5
要素RNA demethylase ALKBH5
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / double-stranded beta helix / jelly-roll motif / dioxygenase / RNA demethylase / RNA / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-delta T cell proliferation / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / oxidative RNA demethylase activity / regulation of mRNA export from nucleus / regulation of mRNA processing / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / membraneless organelle assembly / paraspeckles ...gamma-delta T cell proliferation / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / oxidative RNA demethylase activity / regulation of mRNA export from nucleus / regulation of mRNA processing / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / membraneless organelle assembly / paraspeckles / mRNA destabilization / molecular condensate scaffold activity / mRNA processing / regulation of translation / spermatogenesis / cell differentiation / response to hypoxia / nuclear speck / Golgi apparatus / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA demethylase ALKBH5 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NITRATE ION / Chem-UN9 / RNA demethylase ALKBH5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Aik, W.S. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structure of human RNA N6-methyladenine demethylase ALKBH5 provides insights into its mechanisms of nucleic acid recognition and demethylation.
著者: Aik, W. / Scotti, J.S. / Choi, H. / Gong, L. / Demetriades, M. / Schofield, C.J. / McDonough, M.A.
履歴
登録2013年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Database references
改定 1.22014年5月21日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA demethylase ALKBH5
B: RNA demethylase ALKBH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,63112
ポリマ－57,4972
非ポリマー1,13410
水4,017223
1
A: RNA demethylase ALKBH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3306
ポリマ－28,7491
非ポリマー5825
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA demethylase ALKBH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3006
ポリマ－28,7491
非ポリマー5525
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.100, 82.660, 89.171
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-527-

HOH

詳細AUTHORS ALSO STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RNA demethylase ALKBH5 / Alkylated DNA repair protein alkB homolog 5 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 5


分子量: 28748.676 Da / 分子数: 2 / 断片: ALKBH5 residues 66-292 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABH5, ALKBH5, OFOXD1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q6P6C2, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q6P6C2, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

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非ポリマー , 5種, 233分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-UN9 / N-[(1-CHLORO-4-HYDROXYISOQUINOLIN-3-YL)CARBONYL]GLYCINE / [(1-クロロ-4-ヒドロキシ-3-イソキノリニル)カルボニルアミノ]酢酸


分子量: 280.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9ClN2O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE STARTING COMPOUND USED FOR CRYSTALLIZATION HAS A CHLORINE ATOM ON POSITION C7 WHICH IS ...THE STARTING COMPOUND USED FOR CRYSTALLIZATION HAS A CHLORINE ATOM ON POSITION C7 WHICH IS DEPARTING ATOM UPON REACTION WITH CYS 200 (SEE LINK RECORDS REMARK)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG 3350, 0.125 M potassium nitrate, 0.5 mM manganese (II) chloride, 2 mM UN9, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97889 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月29日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97889 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→50 Å / Num. all: 33289 / Num. obs: 33274 / % possible obs: 99.955 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 30.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Χ2: 1.139 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible allRmerge(I) obs
2.02-2.095.6232791.186100
2.09-2.186332801.2061000.781
2.18-2.276432391.25899.80.571
2.27-2.395.9533001.20299.90.438
2.39-2.545.66.333001.1821000.334
2.54-2.746.27.532921.1241000.262
2.74-3.025.99.633271.11000.19
3.02-3.456.412.233401.0471000.135
3.45-4.356.113.933791.00399.90.105
4.35-50616.535381.11499.90.09

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
GDAデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Ensemble of PDB entries 4IE5, 3S57, 2IUW, and 3THT

4ie5

3s57

2iuw

3tht


解像度: 2.02→44.99 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: Isotropic
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2181 2004 -6% random
Rwork0.1646 ---
obs-33233 94 %-
原子変位パラメータBiso max: 112.13 Å2 / Biso mean: 40.5322 Å2 / Biso min: 15.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→44.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3332 0 68 223 3623
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.19
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.017-2.06740.30491380.2658X-RAY DIFFRACTION223094.7
4.8593-44.99320.19991490.1657X-RAY DIFFRACTION254899.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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