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- PDB-4xcx: METHYLTRANSFERASE DOMAIN OF SMALL RNA 2'-O-METHYLTRANSFERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xcx
タイトルMETHYLTRANSFERASE DOMAIN OF SMALL RNA 2'-O-METHYLTRANSFERASE
要素Small RNA 2'-O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / SAH / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


small RNA 2'-O-methyltransferase / small RNA 2'-O-ribose methyltransferase activity / piRNA processing / RNA methyltransferase activity / RNA methylation / siRNA processing / O-methyltransferase activity / P granule / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / RNA binding ...small RNA 2'-O-methyltransferase / small RNA 2'-O-ribose methyltransferase activity / piRNA processing / RNA methyltransferase activity / RNA methylation / siRNA processing / O-methyltransferase activity / P granule / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / RNA binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / HENMT1 C-terminal domain / 3'-RNA ribose 2'-O-methyltransferase, Hen1 / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Small RNA 2'-O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Walker, J.R. / Zeng, H. / Dong, A. / Li, Y. / Wernimont, A. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Brown, P.J. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of human C1ORF59 in complex with SAH
著者: Walker, J.R. / Zeng, H. / Dong, A. / Li, Y. / Wernimont, A. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Brown, P.J. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2014年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22015年2月25日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _audit_author.name / _citation_author.name ..._audit_author.name / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small RNA 2'-O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7312
ポリマ－28,3471
非ポリマー3841
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.025, 166.025, 74.478
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Small RNA 2'-O-methyltransferase / HEN1 methyltransferase homolog 1


分子量: 28347.062 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 14-262 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HENMT1, C1orf59 / プラスミド: PET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon Plus RIL
参照: UniProt: Q5T8I9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 2.4 M NACL, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.6,4% 1,3-PROPANEDIOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→35 Å / Num. obs: 14604 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 80.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 1.095 / Net I/av σ(I): 24.25 / Net I/σ(I): 24.25 / Num. measured all: 180091
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.84-2.9411.70.7312.0813920.8820.2090.7630.82495.7
2.94-3.0612.30.57714120.9340.1650.6020.85398.1
3.06-3.212.60.40314440.9620.1150.420.85399
3.2-3.3712.70.26814360.9870.0760.280.87699.4
3.37-3.5812.70.20314580.9930.0580.2121.01799.1
3.58-3.8512.70.12414530.9960.0350.1291.08699.5
3.85-4.2412.60.09414610.9980.0270.0981.12798.9
4.24-4.8512.50.06714690.9990.0190.0691.3498.9
4.85-6.1112.20.07415030.9980.0210.0771.70498.6
6.11-3511.50.03915760.9990.0110.041.2297

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JWG

3jwg


解像度: 2.84→33.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8825 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8796 / SU R Cruickshank DPI: 0.726 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.306 / SU Rfree Blow DPI: 0.243 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.245
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2491 737 5.07 %RANDOM
Rwork0.2251 ---
obs0.2263 14545 98.54 %-
原子変位パラメータBiso max: 186.82 Å2 / Biso mean: 93.03 Å2 / Biso min: 57.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-25.7195 Å20 Å20 Å2
2--25.7195 Å20 Å2
3----51.439 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.575 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.84→33.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1690 0 26 17 1733
Biso mean--85.89 70.77 -
残基数----216
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d705SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes39HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes503HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3326HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion227SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3650SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3326HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5968HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.87
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.53
LS精密化 シェル解像度: 2.84→3.07 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2934 138 4.79 %
Rwork0.2623 2746 -
all0.2639 2884 -
obs--98.54 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.9105 Å / Origin y: 98.0601 Å / Origin z: 9.4459 Å
111213212223313233
T0.3035 Å20.075 Å20.2321 Å2-0.2376 Å2-0.2504 Å2--0.6827 Å2
L3.3923 °2-0.5618 °2-0.8275 °2-2.2629 °2-0.4357 °2--1.8037 °2
S0.1763 Å °0.242 Å °0.302 Å °-0.291 Å °0.152 Å °-0.7905 Å °-0.1389 Å °-0.0008 Å °-0.3283 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|26 - A|400 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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